Cụ thể, quỹ nhà do Công ty quản lý và phát triển nhà Hà Nội và Công ty đầu tư phát triển nhà - đô thị (Bộ Quốc phòng) còn khoảng 20.000 căn, đã tiếp nhận khoảng 7.000 đơn mua nhà; UBND các quận, huyện, thị xã quản lý 22.000 hộ gia đình đang ở quỹ nhà cơ quan tự quản, nhưng số lượng nộp đơn mua nhà không đáng kể .
Theo đánh giá của Sở Xây dựng, qua 15 năm thực hiện, thành phố Hà Nội đã có nhiều biện pháp quyết liệt nên công tác bán nhà theo Nghị định 61/CP đã đạt được những kết quả khả quan. Tuy nhiên, do quỹ nhà ở thuộc sở hữu Nhà nước quá lớn, tính chất lại phức tạp nên khối lượng còn lại đến thời điểm này tương đối lớn, lại nằm rải rác, đan xen gây khó khăn cho công tác quản lý.
Một tồn tại nữa là do quỹ nhà các cơ quan tự quản bị buông lỏng quản lý từ nhiều năm nên hồ sơ gốc bị thất lạc, không còn cơ quan hoặc còn nhưng cơn quan không chịu hợp tác; người sử dụng nhà, đất đã cơi nới lấn chiếm, nay ngại làm hồ sơ vì sợ sẽ xảy ra tranh chấp, khiếu kiện.
Trong khi đó, ở một số địa phương, UBND các quận, huyện, thị xã chưa tập trung chỉ đạo quyết liệt công tác cấp giấy chứng nhận; bộ máy cán bộ Phòng Tài nguyên - Môi trường còn thiếu, chưa thống nhất (thậm chí một số nơi giao nhiệm vụ cấp giấy chứng nhận cho phòng Xây dựng đô thị)?
Bên cạnh đó, một số lý do khiến người dân “thờ ơ” với việc mua nhà 61/CP là do hoàn cảnh kinh tế khó khăn và cho rằng việc mua nhà theo Nghị định 61/CP là tự nguyện, không có tính bắt buộc; một số hộ khiếu nại, yêu cầu không phải nộp tiền sử dụng đất vì đã ở trước ngày 15/10/1993...
Về công tác cấp giấy chứng nhận cho các trường hợp đã hoàn tất thủ tục mua nhà, do khi triển khai cấp theo mẫu mới phát sinh một số vướng mắc, Sở Xây dựng đã kịp thời đưa ra những biện pháp tháo gỡ khó khăn, yêu cầu các đơn vị bán nhà hoàn chỉnh hồ sơ cấp giấy chứng nhận chuyển sang UBND các quận, huyện, thị xã trước ngày 30/7/2010 để triển khai thực hiện
