Theo Bộ Y tế, Thông tư này áp dụng cho các dịch vụ khám chữa bệnh bảo hiểm y tế (BHYT), do ngân sách nhà nước thanh toán, theo yêu cầu và khám bệnh, chữa bệnh không thuộc phạm vi do quỹ BHYT chi trả.
Dự thảo Thông tư quy định phương pháp định giá đối với dịch vụ khám bệnh, dịch vụ giường bệnh và dịch vụ kỹ thuật trong khám bệnh, chữa bệnh.
Việc điều chỉnh giá khám, chữa bệnh dựa trên nguyên tắc bù đắp chi phí thực hiện khám bệnh, chữa bệnh, phù hợp với quan hệ cung cầu dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, khả năng chi trả của người bệnh, bảo toàn vốn và có tích lũy theo quy định của pháp luật. Đồng thời, khuyến khích các đơn vị cung ứng nâng cao chất lượng dịch vụ.
Cụ thể, giá khám, chữa bệnh được xác định bao gồm: Giá thành toàn bộ dịch vụ, lợi nhuận dự kiến (nếu có) và nghĩa vụ tài chính (nếu có).
Giá thành toàn bộ dịch vụ được tính, gồm chi phí nhân công (chi phí thu nhập bình quân tăng thêm và chi quỹ dự phòng để ổn định thu nhập viên chức, người lao động được kết cấu vào giá dịch vụ khám, chữa bệnh theo quy định…); chi phí trực tiếp (chi phí thuốc, hóa chất, máu, chế phẩm, công cụ, dụng cụ; nhiên liệu điện nước, xử lý chất thải); chi phí khấu hao thiết bị y tế, tài sản cố định theo quy định; chi phí quản lý là các chi phí gián tiếp để thực hiện dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh (duy tu, bảo dưỡng thiết bị y tế, tài sản cố định; kiểm định, hiệu chuẩn tài sản; chi phí bảo vệ môi trường, kiểm soát nhiễm khuẩn, chi phí quản lý chất lượng; chi phí đồng phục, trang phục, bảo hộ lao động…).
Dự thảo Thông tư quy định tích lũy hoặc lợi nhuận (nếu có) không quá 10% tổng chi phí cấu thành giá.
Các nghĩa vụ tài chính nếu có gồm: Các khoản phí, lệ phí, thuế; thuế sử dụng đất/chi phí thuê đất dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh, dịch vụ và các nghĩa vụ tài chính khác.
Trước đó, Bộ Y tế đã có thông tin phản hồi về ý kiến của các bộ, ngành đối với lộ trình thực hiện giá dịch vụ khám, chữa bệnh sau khi thay đổi mức lương cơ sở từ 1,49 triệu đồng lên 1,8 triệu đồng/tháng.
Bộ Y tế cho hay, giá dịch vụ khám, chữa bệnh bao gồm chi phí trực tiếp, chi phí tiền lương, chi phí quản lý và chi phí khấu hao trang thiết bị và cơ sở vật chất. Tuy nhiên, hiện nay, giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh mới được tính 2 yếu tố là chi phí trực tiếp và chi phí tiền lương.
Như vậy, với cách tính mới trong dự thảo Thông tư nói trên, giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh bao gồm 4 yếu tố, trong đó quy định giá thành toàn bộ dịch vụ đã bao gồm cả chi phí quản lý, chi phí khấu hao trang thiết bị cơ sở thì giá khám, chữa bệnh, viện phí chắc chắn sẽ tăng.
Thời gian qua, nhiều bệnh viện kêu giá viện phí chưa được "tính đúng, tính đủ" nên còn nhiều khó khăn. Tuy nhiên, cũng có nhiều ý kiến cho rằng, việc "tính đúng, tính đủ" giá viện phí là cần thiết, nhưng cần phải có lộ trình tăng phù hợp.
Cách tính theo Thông tư mới, Bộ Y tế khẳng định, người nghèo, đồng bào dân tộc thiểu số, các đối tượng chính sách xã hội được BHYT thanh toán 100% nên không bị ảnh hưởng.
Ngày đầu tiên tăng viện phí ở bệnh viện: Chưa có tác động gì 
Tính đúng, tính đủ giá viện phí để vận hành hoạt động của bệnh viện công có hiệu quả 
