Mang thắc mắc về việc chuẩn hóa mã số thuế cá nhân, đại diện công ty Goertek Vina băn khoăn: “Không phải chỉ chủ trương, mà chính DN cũng mong muốn thực hiện đồng bộ hóa dữ liệu để chuẩn hóa mã số thuế cá nhân trùng với mã định danh trên căn cước công dân. Tuy nhiên, hiện DN gặp khó trong rà soát, đồng bộ, bởi vậy, mong được cơ quan thuế hỗ trợ”, đại diện Goertek Vina đề nghị.
Với câu hỏi này, ông Đặng Ngọc Minh cho biết hiện ngành Thuế đã quản lý 75 triệu mã số thuế cá nhân. “Về cơ bản, các mã số thuế này đã chuẩn, Bộ Tài chính sẽ ban hành thông tư hướng dẫn chuyển đổi để thực hiện. Những trường hợp chưa chuyển đổi, chưa khớp, Tổng cục Thuế sẽ phối hợp với Bộ Công an để làm cho khớp. DN sẽ không phải thực hiện, mà ngành Thuế sẽ hỗ trợ để đối chiếu”, ông Minh cho biết.
Một câu hỏi đáng chú ý đó là về việc thu thuế vãng lai. Bà Tăng Thị Thu Huyền đến từ Tổng công ty Tư vấn thiết kế giao thông vận tải cho biết hiện đang có sự chồng chéo giữa các quy định khiến cho DN chưa biết cách nộp thuế đối với thu nhập vãng lai. Cụ thể, tại công ty nơi bà Huyền làm việc, khi thực hiện khảo sát tư vấn thiết kế ở các địa phương, phải kê khai và khấu trừ thuế tại tỉnh, song mã ngành trong quy định lại không thuộc nhóm phải nộp thuế thu nhập vãng lai. Vì thế, DN “kẹt” giữa chủ đầu tư và kho bạc nhà nước - nơi khấu trừ thuế vãng lai. Vậy mong có hướng dẫn để có cơ sở làm việc với ban ngành địa phương. Đối với câu hỏi này, đại diện Tổng cục Thuế cho biết theo quy định, trường hợp cụ thể này sẽ không phải nộp thuế thu nhập vãng lai, và yêu cầu DN làm việc trực tiếp với cơ quan thuế để được hướng dẫn.
Một vấn đề gây bức xúc trong cộng đồng DN thời gian qua vẫn tiếp tục được phản ánh tại hội nghị đó là chậm hoàn thuế. Theo đại diện Công ty Xuất nhập khẩu toàn cầu An Phát, chuyên về xuất nhập khẩu tinh bột sắn, thì ngành nghề kinh doanh của công ty cũng như quá trình hoạt động đều giống các DN khác trong nước, thế nhưng trong khi các công ty khác được hoàn thuế, thì 4 năm nay, An Phát vẫn “đội đơn” xin được hoàn thuế.
“Dù công ty đã làm đầy đủ thủ tục. Nếu cứ như thế này, liệu chúng tôi có sống được không? 4 điều kiện hoàn thuế chúng tôi đều đã đáp ứng đủ về mặt pháp lý. Vậy chúng tôi có được hoàn thuế không, đề nghị ngành Thuế trả lời rõ ràng, tạo điều kiện cho DN làm ăn. Chứ 4 năm rồi, không được hoàn khiến chúng tôi kiệt quệ vì bị giam tiền”, đại diện An Phát kiến nghị.
Trước bức xúc này, ông Đặng Ngọc Minh cho rằng đây không phải là lần đầu tiên lãnh đạo ngành Thuế nhận được phản ánh của An Phát về việc bị chậm hoàn thuế, và ngay kỳ đối thoại với DN lần trước, An Phát cũng đã đưa ra phản ánh này. “Sở dĩ cơ quan thuế chưa hoàn thuế cho An Phát là căn cứ vào đánh giá rủi ro từ phía đối tác bên nước ngoài. Những vướng mắc này cũng đã được gửi Cục thuế Hà Nội. Quan điểm của tôi là công ty nên vận dụng quyền về tố tụng hành chính, và ngành Thuế sẽ thực hiện theo đúng quy định. Cơ quan hành chính sẽ thực hiện, tuân thủ theo những phán quyết, nếu có”, ông Minh trả lời.
Trong khi đó, cũng kêu ca về việc ngành Thuế chậm trễ, công ty Astra Visteon Vĩnh Phúc cho biết có nhà máy hoạt động ở Khu công nghiệp Bình Xuyên 2, theo quy định thì được ưu đãi thuế thu nhập DN. Tuy nhiên, do thủ tục bị trục trặc, nên phải làm đơn xin ưu đãi, nhưng từ năm 2020 đến nay vẫn chưa có câu trả lời. Ngoài ra, một loạt những câu hỏi thắc mắc khác xung quanh việc hóa đơn bị bỏ sót được kê khai vào kỳ hiện tại khi phát hiện thì có được tính không, hay việc hóa đơn “vênh” nhau giữa ngày lập và ngày ký thì giải quyết như thế nào, rồi việc có được kê khai chi phí khi tính thuế thu nhập DN đối với những trường hợp đi công tác nhưng không có chứng từ, không có xác nhận giấy đi đường không, đặc biệt là những băn khoăn về việc xuất hóa đơn điện tử cho mỗi lần bán hàng tại các trạm xăng…
Ghi nhận những thắc mắc của DN, Thứ trưởng Bộ Tài chính Cao Anh Tuấn khẳng định Bộ Tài chính luôn lắng nghe và đồng hành, tạo thuận lợi tối đa cho người dân, DN. “Qua hội nghị này, cũng như trong thời gian tới, Bộ Tài chính hy vọng tiếp tục nhận được nhiều sự đóng góp thẳng thắn, xây dựng của cộng đồng DN về chính sách và thủ tục hành chính thuế, hải quan của Việt Nam, nhằm tiếp tục cải cách, hoàn thiện theo hướng ngày càng minh bạch, cụ thể hơn, giúp người nộp thuế thực hiện chính sách thuế được đầy đủ, nhanh chóng và thuận tiện, góp phần khuyến khích đầu tư, khuyến khích xuất khẩu và phù hợp với thông lệ quốc tế, cam kết quốc tế trong quá trình hội nhập kinh tế khu vực và thế giới của Việt Nam” – Thứ trưởng Cao Anh Tuấn bày tỏ.
Kiến nghị giảm gánh nặng thủ tục thuế cho doanh nghiệp 
