Lợi ích rõ rệt nhất là việc góp phần đơn giản hóa thủ tục hành chính, giảm thời gian và chi phí cho hải quan và doanh nghiệp (DN). Nếu trước đây, DN mất khoảng 30 phút để làm thủ tục nộp thuế cho hàng hóa XNK thì nay giảm còn khoảng 5 đến 7 phút. Ngoài ra, DN có thể nộp tiền tại nhiều điểm khác nhau, trong và ngoài giờ hành chính, nộp vào ngày nghỉ, sử dụng các dịch vụ thanh toán hiện đại (qua Internet, ATM, thư bảo lãnh…) rất thuận tiện. Theo Tổng cục Hải quan, chỉ riêng trong tháng 11/2014, số thu ngân sách qua hệ thống các ngân hàng thương mại đạt 10.499 tỉ đồng với 68.100 giao dịch của 63.200 tờ khai.