Kết luận điều tra bổ sung lần này theo yêu cầu của Viện KSND Tối cao nhằm làm rõ việc chuyển số tiền gần 2,3 tỷ đồng cho ông Nguyễn Bi, nguyên Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty CP Vifon; việc chia thưởng cho 7 cá nhân 290 ngàn USD; về phiếu thu khoản tiền Công ty TNHH xay lúa mì Việt Nam chuyển cho Công ty CP Vifon và phiếu thu khống số 372/3. Đồng thời làm rõ việc Công ty CP Vifon chi thừa cho đại lý nước ngoài.
Quá trình điều tra bổ sung cho thấy: Trong 2 ngày 22 và 23/3/2006, Công ty CP Vifon đã có hai lệnh chi chuyển tiền vào tài khoản của Mai Long Thanh Tùng (là con rể ông Nguyễn Bi), gần 2,3 tỷ đồng với nội dung thanh toán tiền huy động vốn, nhưng tại cơ quan điều tra, Tùng và vợ là Nguyễn Thị Thanh Huyền khai không gửi tiền huy động vốn vào Công ty.
Mặc dù ông Nguyễn Bi khai không chỉ đạo cấp dưới chiếm đoạt tiền Công ty chuyển vào tài khoản của con rể, nhưng lại quanh co chối tội, không khớp với tài liệu, chứng từ, sổ sách đã thu thập được; không phù hợp với lời khai của Nguyễn Thanh Huyền, nguyên Phó Tổng giám đốc; Đàm Tú Liên, nguyên Kế toán trưởng; Dương Thị Mẫn, nguyên kế toán thanh toán và Ka Thị Thu Hồng, nguyên thủ quỹ. Do đó, cơ quan điều tra có đủ căn cứ kết luận hành vi chiếm hưởng gần 2,3 tỷ đồng của ông Nguyễn Bi phạm tội lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản.
Về quyết định chia thưởng số tiền 290 ngàn USD là trái pháp luật, do ông Nguyễn Bi lợi dụng chức vụ, quyền hạn chỉ đạo cấp dưới chia thưởng, bà Nguyễn Thanh Huyền chỉ là người thừa hành. Do vậy, cơ quan điều tra thấy không cần thiết truy cứu trách nhiệm hình sự đối với bà Huyền trong việc chia thưởng này. Đối với khoản tiền Công ty CP Vifon chi thừa cho những người đại lý nước ngoài, cơ quan điều tra không đủ cơ sở kết luận xử lý...
Như vậy, bà Nguyễn Thanh Huyền bị đề nghị truy tố về các tội: tham ô tài sản, lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản, chịu trách nhiệm về số tiền chiếm đoạt hơn 10,6 tỷ đồng. Ngoài ra, còn phải chịu trách nhiệm về hành vi đồng phạm với ông Nguyễn Bi trong một số vụ việc có liên quan.
Ông Nguyễn Bi bị đề nghị truy tố về các tội: tham ô tài sản, lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản, chịu trách nhiệm về hành vi chiếm đoạt hơn 1,7 tỷ đồng tiền mua cổ phần; chia thưởng trái nguyên tắc 290 ngàn USD; cố ý làm trái gây thiệt hại hơn 3,5 tỷ đồng và lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt gần 2,3 tỷ đồng.
Các bị can còn lại gồm Đàm Tú Liên, Dương Thị Mẫn và Ka Thị Thu Hồng đều bị đề nghị truy tố về tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.
Vụ việc tiêu cực tại Công ty CP Vifon được quần chúng phát giác từ năm 2008. Ngay sau đó, cơ quan CSĐT Bộ Công an đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với các cá nhân có liên quan. Quá trình điều tra, do yêu cầu tố tụng, cơ quan điều tra đã khởi tố bổ sung tội tham ô tài sản đối với ông Nguyễn Bi. Sau đó, Viện KSND Tối cao lại yêu cầu điều tra bổ sung lần hai để làm rõ hành vi của các bị can như đã nêu trên
