Trong số 38 bị can đề nghị truy tố với 5 tội danh. Có 7 bị can nguyên là cán bộ Công ty Than Mạo Khê bị đề nghị truy tố về tội cố ý làm trái các quy định Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng; nhận hối lộ; thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng. Các bị can còn lại ngoài xã hội bị đề nghị truy tố về tội vi phạm các quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên; chứa chấp và tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có.
Theo kết luận điều tra, trong dịp Tết Nguyên đán Canh Dần 2010, nhiều đối tượng bên ngoài đã dùng nhiều máy móc, thiết bị như máy xúc, ô tô tải ồ ạt khai thác, vận chuyển trái phép than thuộc quyền quản lý của Công ty Than Mạo Khê. Lực lượng bảo vệ của Công ty Than Mạo Khê có hơn 100 người, nhưng không thực hiện các biện pháp ngăn chặn. Ban đầu, sự việc khai thác than trái phép được báo cáo lên các cơ quan chức năng không trung thực, sai bản chất sự việc. Khi cơ quan CSĐT, Công an tỉnh Quảng Ninh vào cuộc đã làm rõ, ở đây có dấu hiệu móc ngoặc giữa các đối tượng khai thác than với một số cán bộ của Công ty Than Mạo Khê.
Kết quả giám định của Sở Tài nguyên Môi trường và Sở Tài chính tỉnh Quảng Ninh cho thấy, số lượng than bị khai thác trái phép là trên 28 ngàn tấn than nguyên khai, tương đương 19,6 ngàn tấn than sạch trị giá trên 16,6 tỷ đồng.
Liên quan đến vụ án này, nguyên Giám đốc Công ty Than Mạo Khê là ông Nguyễn Viết Ngự và nguyên 4 Phó Giám đốc công ty bị cáo buộc đã buông lỏng công tác quản lý, biết có tình trạng khai thác than trái phép nhưng không kiên quyết chỉ đạo các biện pháp để ngăn chặn.
Hai bị can khác nguyên Trưởng, Phó phòng Phòng bảo vệ, quân sự, thanh tra Công ty Than Mạo Khê là Lê Khắc Hùng và Phạm Duy Nghĩa bị cáo buộc là bảo kê, làm ngơ cho các đối tượng bên ngoài đưa máy móc, thiết bị vào khai thác than trái phép trong khu vực thuộc quyền quản lý của công ty mình. Trong đó, bị can Lê Khắc Hùng, nguyên Trưởng phòng đã nhận 110 triệu đồng của nhiều đối tượng khai thác than trái phép.
Trong quá trình điều tra vụ án này, một số đối tượng đã nộp lại cho cơ quan Công an hơn 3 tỷ đồng để khắc phục hậu quả. Trong vụ án này còn có 6 đối tượng khác bỏ trốn, cơ quan CSĐT công an tỉnh Quảng Ninh đã ra quyết định truy nã, khi nào bắt được sẽ xử lý sau