Theo kết quả thanh tra, Ban điều hành là đơn vị sự nghiệp, được thành lập đầu năm 1997 theo quyết định của UBND tỉnh Cà Mau với biên chế 100 người, gồm 3 phòng nghiệp vụ và 6 bến trực thuộc. Ban điều hành chịu trách nhiệm tự cân đối, hạch toán thu chi theo quy định.
Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ được giao, lãnh đạo Ban đã không thường xuyên kiểm tra, giám sát sổ sách, chứng từ kế toán, từ đó dẫn đến có nhiều khoản thu với số tiền lớn nhưng để ngoài sổ sách, tạo điều kiện cho thủ quỹ Đào Thị Nga chiếm dụng, gây thất thoát tài sản Nhà nước một thời gian dài mà không phát hiện.
Qua xem xét sổ sách, đối chiếu với các khoản thu chi, lời trình bày của những cán bộ, nhân viên có liên quan, Thanh tra Sở GTVT đã xác định số tiền thất thoát lên trên 1,3 tỷ đồng, trong đó, số tiền xác định được nguyên nhân thất thoát gần 930 triệu đồng (thủ quỹ chi theo chỉ đạo của lãnh đạo Ban, thủ quỹ cho mượn, chiếm dụng, chi xài cá nhân) và gần 440 triệu đồng chưa xác định được nguyên nhân
