Chiều 5/9, Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà chủ trì cuộc họp với các Bộ, ban, ngành và trực tuyến với 28 tỉnh, thành phố để triển khai ứng phó với siêu bão Yagi (bão số 3) với sự tham gia của lãnh đạo các Bộ, ngành và 27 tỉnh, TP.
Theo Tổng cục Khí tượng Thủy văn (Bộ Tài nguyên và Môi trường), đến chiều 5/9, bão Yagi đang ở trên khu vực phía bắc của khu vực Bắc Biển Đông, cách đảo Hải Nam (Trung Quốc) khoảng 500km về phía Đông. Cường độ bão số 3 mạnh cấp 16, giật trên cấp 17. Tổng cục Khí tượng Thủy văn đánh giá, đây là cơn bão rất mạnh, hoàn lưu rộng. Vùng gió mạnh cấp 8 có bán kính khoảng 250km, vùng gió mạnh cấp 10 khoảng 150km, vùng gió mạnh cấp 12 khoảng 80km xung quanh tâm bão. Các trung tâm dự báo bão quốc tế đều có chung nhận định bão số 3 tiếp tục duy trì cấp siêu bão (từ cấp 16 trở lên) cho đến khi vào đến vùng ven biển phía đông đảo Hải Nam.
Sau đó, bão số 3 di chuyển vào Vịnh Bắc Bộ còn mạnh cấp 13-14, giật cấp 16; khi ảnh hưởng đất liền cường độ có khả năng còn mạnh cấp 9-12, giật cấp 13-14. Cũng theo Tổng cục Khí tượng Thủy văn, dự báo đêm 6/9, bão Yagi sẽ vượt qua khu vực phía bắc đảo Hải Nam di chuyển vào Vịnh Bắc Bộ, sau đó ảnh hưởng trực tiếp đến toàn bộ các tỉnh ven biển từ Quảng Ninh đến Thanh Hóa. Khoảng chiều và đêm 7/9, bão di chuyển vào đất liền các tỉnh Bắc Bộ, sau đó di chuyển sang phía Tây Bắc Bộ, suy yếu thành vùng áp thấp và tan dần.
Phát biểu tại cuộc họp, TS Mai Văn Khiêm, Giám đốc Trung tâm Dự báo Khí tượng thủy văn quốc gia cho biết, do ảnh hưởng của bão Yagi, từ gần sáng ngày 7/9, vùng ven biển các tỉnh từ Quảng Ninh đến Thanh Hóa có gió mạnh dần lên cấp 6-7, sau tăng lên cấp 8-9, vùng gần tâm bão cấp 10-12, giật cấp 14; khu vực sâu trong đất liền phía Đông Bắc Bộ có gió mạnh cấp 6-8, giật cấp 9-11.
Dự báo, từ đêm 6/9 đến sáng 9/9, ở khu vực các tỉnh Quảng Ninh, Hải Phòng, Lạng Sơn, Hà Giang, Phú Thọ, Hòa Bình, khu vực đồng bằng Bắc Bộ (trong đó có Hà Nội) và Thanh Hóa có mưa to đến rất to với lượng mưa phổ biến 150-350mm, cục bộ có nơi trên 500mm. Các nơi khác ở phía Đông Bắc Bộ có lượng mưa phổ biến 100 -150mm.
Từ chiều 7/9 đến hết ngày 8/9, trên khu vực phía Tây Bắc Bộ có mưa to, có nơi mưa rất to với lượng mưa phổ biến 100-200mm. Riêng các tỉnh Lào Cai, Yên Bái, Sơn La có lượng mưa 150-250mm, cục bộ có nơi trên 350mm.
TS Mai Văn Khiêm cũng đưa ra dự báo ở các tỉnh Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ có thể xuất hiện một đợt lũ, ngập lụt diện rộng. Cảnh báo nguy cơ ngập lụt diện rộng tại các tỉnh vùng núi, đồng bằng trung du Bắc Bộ, các khu đô thị, đặc biệt các tỉnh Quảng Ninh, Hải Phòng, Lạng Sơn, Cao Bằng, Hà Giang, Yên Bái, Bắc Kạn, Thái Nguyên.
Giám đốc Trung tâm Dự báo Khí tượng thủy văn quốc gia lưu ý, mưa lớn tập trung trong thời gian ngắn là mối nguy đặc biệt về lũ quét, sạt lở đất, tập trung tại vùng núi, trung du của Bắc Bộ, Thanh Hóa và Nghệ An. Từ đêm 6 - 8/9, cần đặc biệt lưu ý tại các tỉnh, thành phố có nguy cơ rất cao gồm: Quảng Ninh, Lạng Sơn, Bắc Kạn, Thái Nguyên, Bắc Giang, Vĩnh Phúc, Hòa Bình, Phú Thọ, Tuyên Quang, Yên Bái, Sơn La, Lai Châu, Lào Cai, Thanh Hóa.
Chỉ đạo tại cuộc họp, Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà nhận định: "Theo dự báo, cấp độ và tính nguy hiểm của bão, cá nhân tôi cho rằng, bão sẽ phức tạp và tình hình căng thẳng hơn vì trường nhiệt độ khu vực bão tiến vào đang thuận lợi cho bão thêm năng lượng. Từ hôm qua tới hôm nay bão đã thành siêu bão".
Để giảm thiểu tối đa thiệt hại do bão gây ra, Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà yêu cầu trước hết, cơ quan dự báo khí tượng cần duy trì công tác dự báo thường xuyên; trao đổi với cơ quan khí tượng các nước để có thông tin đầy đủ, chính xác trong dự báo. Từ đó cung cấp đầy đủ thông tin dự báo, cảnh báo để các lực lượng và người dân chủ động phòng tránh.
Phó Thủ tướng nhấn mạnh phương châm phòng chống bão là chủ động phòng ngừa hết sức chặt chẽ, nghiêm khắc với tinh thần không có hối tiếc. Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà cũng lưu ý cần thực hiện phòng chống bão nghiêm túc, trách nhiệm. Nếu xảy ra việc người dân còn ở lại khu vực trọng yếu, nguy hiểm, lồng bè nuôi trồng thủy sản thì người được phân công phụ trách khu vực đó phải chịu trách nhiệm. Nếu cơ quan dự báo cung cấp bản tin dự báo chính xác mà không được truyền đạt kịp thời thì phải quy trách nhiệm.
"Từ trưa mai, bão tác động vịnh Bắc Bộ và đất liền nên dự báo kết hợp với hải văn, thủy văn. Hoàn lưu của bão rất lớn nên phải dự báo mưa lớn do bão gây ra. Đây là lúc nguy hiểm sau khi chống bão mệt mỏi, giảm sức lực" , Phó Thủ tướng nhấn mạnh và đề nghị các bản tin dự báo bão cần cập nhật thường xuyên dự báo khả năng xảy ra lũ quét, sạt lở.
Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà đề nghị trong ngày 5 đến trưa 6/9, các địa phương phải vận động, cưỡng chế du khách rời đảo để đảm bảo an toàn. Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Lê Minh Hoan phân công để ngày mai có các đoàn công tác đi các địa phương kiểm tra, chỉ đạo công tác ứng phó với bão.
Nhiều tỉnh, thành triển khai cấm biển
Báo cáo về công tác triển khai phòng chống bão số 3, ông Phạm Đức Luận, Cục trưởng Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) cho biết: Đến chiều 6/9, Bộ tư lệnh Bộ đội Biên phòng thông báo đã kiểm đếm, hướng dẫn cho 51.319 tàu cá cùng 219.913 người biết thông tin về bão số 3 để di chuyển tránh trú. Ông Luận cho biết tỉnh Ninh Bình cấm biển từ 13h ngày 5/9. Các tỉnh, TP Quảng Ninh, Hải Phòng, Thái Bình, Nam Định, Nghệ An dự kiến cấm biển từ ngày 6/9.
Khu vực ven biển, trên biển các tỉnh, TP từ Quảng Ninh đến Hà Tĩnh hiện có 52.176ha, 19.343 lồng, bè và 3.906 chòi canh nuôi thủy sản có nguy cơ rất cao bị thiệt hại khi bão vào vịnh Bắc Bộ với cường độ cấp 13-14. Các địa phương đã triển khai gia cố lồng bè, khu nuôi thủy sản, không để người ở lại trên lồng bè.
Công an Quảng Ninh tích cực hỗ trợ người dân khắc phục hậu quả bão số 3 
