Theo đó, xác định hàng loạt sai phạm liên quan đến Công ty Công ty TNHH Phát triển Phú Mỹ Hưng, chủ đầu tư Khu đô thị mới Phú Mỹ Hưng (quận 7) và nhiều đơn vị chức năng khác.
Kết luận cho biết, Công ty Phú Mỹ Hưng kéo dài thời gian thực hiện hoàn chỉnh đồ án quy hoạch và thời gian xây dựng theo quy hoạch đã được UBND TP Hồ Chí Minh giao nhiệm vụ tại Điều 2 Quyết định số 380/QĐ-UB-QLĐT ngày 23/1/1997, làm ảnh hưởng đến việc xác định diện tích đất (299ha) do Công ty Phú Mỹ Hưng khai thác, lập dự án đầu tư xây dựng và diện tích đất công trình công cộng thuộc TP Hồ Chí Minh quản lý (110ha). Đối với phần diện tích 110ha hiện Công ty Phú Mỹ Hưng đã bàn giao hơn 56,8ha, chưa bàn giao hơn 53,1ha và đang thực hiện duy tu, bảo dưỡng thường xuyên đến khi được tiếp nhận.
Công ty này cũng chưa thực hiện đầu tư xây dựng công trình kè hành lang bảo vệ sông, rạch được phê duyệt làm ảnh hưởng cảnh quan, ô nhiễm môi trường, thoát nước và an toàn giao thông thủy; chưa đầu tư xây dựng công viên cây xanh theo quy hoạch được duyệt…
Thực hiện quy hoạch, đầu tư xây dựng Khu A không đúng diện tích mà Thủ tướng Chính phủ đã giao, hiện đang sử dụng nhiều hơn thực tế tăng khoảng 400ha.
Không lập thủ tục xin Giấy phép xây dựng trước khi thi công công trình Trường Quốc tế Nam Sài Gòn, lô CR8. Công trình Trường Quốc tế Nam Sài Gòn (khối nhà A3, A6) xây dựng không phép với quy mô diện tích lớn, tổng diện tích xây dựng không phép khoảng hơn 9.900m2 với kết cấu sàn bê tông cốt thép, cột bê tông cốt thép. Điều này không thực hiện đúng khoản 1, Điều 89 Luật Xây dựng năm 2014. Đến ngày 2/6/2023, Công ty Phú Mỹ Hưng mới được Ban quản lý Nam Thành phố cấp giấy phép xây dựng.
Việc triển khai 5 cụm đô thị A, B, C, D, E của Công ty Phú Mỹ Hưng đến thời điểm hiện nay chủ yếu tập trung tại khu chức năng số 1 (khu A), còn lại các khu B, C, D, E (khu 8, 12, 16, 18) chưa triển khai lập quy hoạch vì chưa được bàn giao đất, chưa xây dựng hoàn chỉnh tuyến đường Nguyễn Văn Linh theo tiến độ Giấy phép đầu tư số 602/GP ngày 19/5/1993 vì các làn xe qua các Khu B, C, D, E chưa bàn giao đất.
Đối với Công ty TNHH MTV phát triển công nghiệp Tân Thuận thiếu kiểm tra, giám sát dẫn đến việc chồng lấn ranh quy hoạch dự án khu dân sư Tân Mỹ với Văn phòng Công ty Phú Mỹ Hưng.
Bên cạnh đó, Thanh tra TP Hồ Chí Minh cũng xác định, đối với Sở Tài nguyên và Môi trường, việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Công ty Phú Mỹ Hưng với diện tích 2ha không đúng về nguồn gốc sử dụng đất. Trên giấy chứng nhận ghi nhận nguồn gốc đất do Công ty phát triển Tân Thuận được nhà nước cho thuê đất để liên doanh theo quyết định số 865/TTg là không phù hợp vì khu đất này có tổng diện tích 7,8ha thuộc 150ha đất công cộng theo quyết định 535/QĐ-TTg ngày 24/6/1998 cho Công ty liên doanh Phú Mỹ Hưng thuê làm Trường Quốc tế Nam Sài Gòn. Từ năm 2008 đến nay phần diện tích 2ha đất công chưa được Sở Tài nguyên và Môi trường, cơ quan thuế xác định và thu tiền thuê đất, cần khẩn trương tính toán thu nộp để đảm bảo lợi ích nhà nước.
Cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản gắn liền với đất cho Công ty liên doanh Phú Mỹ Hưng với diện tích 94.140,8m2 thuộc thửa đất số 8, có một phần diện tích sông, rạch ông Kích khoảng 10.000m2 không được nhà nước giao đất, cho thuê đất là không đúng với điều 49, Luật Đất đai năm 2003.
Sở Tài nguyên Môi trường cũng chưa kiểm tra lập bản đồ giao đất làm phát sinh việc chồng lấn ranh quy hoạch dự án khu dân cư Tân Mỹ với Văn phòng Công ty Phú Mỹ Hưng làm tăng diện tích thu hồi đất tại khu chức năng số 1 (khu A), Khu đô thị Nam Thành phố; không phối hợp với các đơn vị có liên quan tổ chức cắm mốc giới toàn bộ Khu đô thị Nam Thành phố, các dự án khi giao đất, cho thuê đất theo quy định. Đồng thời, chậm phối hợp với Ban quản lý Khu Nam, Sở Tài chính để xác định nghĩa vụ tài chính phát sinh đối với việc xây dựng tầng hầm liên thông giữa lô M5,M6,M7,M8 tại Khu chức năng số 1.
Đối với Sở Xây dựng TP Hồ Chí Minh chưa kịp thời, kiên quyết chỉ đạo Thanh tra sở tiến hành kiểm tra dẫn đến tình trạng xây dựng không phép, sai phép tại Khu đô thị Nam Thành phố. Để tình trạng lấn chiếm đất công cộng xây dưng công trình nhà ở; xây dựng công trình không phép khối nhà A3, A6 Trường quốc tế Nam Sài Gòn….
Đối với UBND quận 7: Thiếu kiểm tra, giám sát để UBND các phường Tân Phú, Tân Phong quản lý không chặt chẽ, không kiên quyết xử lý các vi phạm về trật tự xây dựng đối với các công trình nói trên…
Ô nhiễm nặng đang “bức tử” khu Nam Sài Gòn 
Truy lùng “thủ phạm” gây mùi hôi thối ở khu Nam Sài Gòn 
