Theo đó, các đối tượng bị truy tố gồm: Bùi Tiến Dũng, nguyên Tổng Giám đốc PMU18; Nguyễn Hữu Minh, nguyên Giám đốc điều hành gói thầu BC1 - Dự án xây dựng cầu Bãi Cháy; Nguyễn Hữu Long, nguyên Giám đốc điều hành gói thầu BC3 - Dự án xây dựng cầu Bãi Cháy; Nguyễn Vũ Nam, nguyên Trưởng phòng Triển khai dự án 6 (PID6); Lê Minh Giang, nguyên Phó Trưởng phòng PID5; Nguyễn Công Dũng, nguyên chuyên viên PID6; Nghiêm Phú Sơn, nguyên Phó phòng PID6 PMU18; Trần Đức Hùng, nguyên Chánh Văn phòng tư vấn Dự án xây dựng cầu Bãi Cháy. 8 bị can này bị truy tố về tội "Tham ô tài sản"; riêng bị can Đỗ Kim Quý, nguyên Phó Tổng Giám đốc PMU18 bị truy tố về tội tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có.
Dự án xây dựng cầu Bãi Cháy được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt đầu tư bằng nguồn vốn vay Nhật Bản và vốn đối ứng của Việt Nam từ ngân sách Nhà nước. Bộ Giao thông Vận tải là chủ đầu tư, đại diện chủ đầu tư là PMU18 do Bùi Tiến Dũng làm Tổng Giám đốc. Theo đơn giá bỏ thầu của các gói thầu trong dự án cầu Bãi Cháy, thì gói thầu BC1, BC3, mỗi gói được sử dụng 14 nhân viên tư vấn bổ sung (NVTVBS), làm việc ở 11 chức danh trong thời gian 28 tháng; gói thầu BC2 được sử dụng 21 NVTVBS, làm việc ở 13 chức danh trong thời gian 42 tháng. Việc chi trả tiền lương cho toàn bộ số NVTVBS do nhà thầu trả, sau đó sẽ được PMU18 thanh toán.
Theo qui định, PMU18 không có thẩm quyền và chức năng cung cấp NVTVBS cho các nhà thầu. Nhưng với vai trò là đơn vị quản lý dự án thay mặt chủ đầu tư, Phạm Tiến Dũng lúc đó nguyên là Trưởng phòng PID6 đã bàn bạc với Bùi Tiến Dũng lập danh sách NVTVBS khống, rồi thông đồng với các nhà thầu chiếm đoạt hơn 3 tỷ đồng của Nhà nước. Trong vụ việc này, Phạm Tiến Dũng giữ vai trò chủ mưu, cầm đầu, nhưng do bị can này đã ốm chết, nên được đình chỉ không truy tố... Bùi Tiến Dũng phải chịu trách nhiệm số tiền thiệt hại gần 1,6 tỷ đồng; bồi hoàn về dân sự cho Nhà nước 100 triệu đồng...
Đối với ông Đỗ Kim Quý, nguyên Phó tổng Giám đốc PMU18; thời điểm đó sắp đến tuổi nghỉ hưu nên được Bùi Tiến Dũng chỉ đạo Phạm Tiến Dũng lấy 500 triệu đồng, rút ra từ nguồn vốn của dự án để "bồi dưỡng trước khi nghỉ hưu" cho ông Quý. Ông Quý biết số tiền này là tiền bất hợp pháp nhưng vẫn nhận để mua một chiếc xe ôtô cho cá nhân. Ngay sau khi làm việc với cơ quan điều tra, ông Quý đã tự nguyện nộp lại 500 triệu đồng để khắc phục hậu quả. Tuy nhiên, ông Quý vẫn phải chịu trách nhiệm hình sự, với tội danh bị truy tố là tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có