Đây là một trong 3 bệnh viện được Bộ Y tế chỉ định chuẩn bị nhân lực, cơ sở vật chất và trang thiết bị y tế để được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện xác định lại giới tính: Bệnh viện Nhi đồng 2, Bệnh viện Hữu nghị Việt - Đức và Bệnh viện Nhi Trung ương.
Đây là tin vui với những người đang gặp rắc rối về vấn đề giới tính, mà hiện nay, vì vướng mắc thủ tục mà chưa được tiến hành, như việc xác định lại giới tính từ nam sang nữ cho giáo viên Quỳnh Trâm ở phía Nam trước đây không được công nhận, đã gây bức xúc trong dư luận.
Với việc được công nhận này Bệnh viện Nhi sẽ có điều kiện thuận lợi trong việc trả lại giới tính đúng cho các bệnh nhân