Trước đó, ngày 12/4, trong một buổi làm việc giữa hai bên, Đại tá Trương Văn Tài, Chỉ huy trưởng Bộ chỉ huy Biên phòng Bà Rịa - Vũng Tàu cho biết, mặc dù đã xác định hành vi vi phạm pháp luật của 11 đối tượng nhưng xét thấy việc cướp tàu xảy ra ở vùng biển Indonesia, người và tàu bị cướp thuộc Myanmar, đối tượng cướp là người Indonesia nên việc chuyển giao cho cơ quan chức năng Indonesia tiếp tục điều tra là thuận tiện hơn.
Như Báo CAND đã thông tin, vào chiều 19/11/2012, cơ quan chức năng Việt Nam nhận được tin báo từ Trung tâm Thông báo cướp biển (Cục Hàng hải quốc tế, đóng tại Kuala Lumpur, Malaysia) thông báo tàu Zafirah bị mất tích và rất có thể đã bị cướp biển tấn công. Vị trí cuối cùng chủ tàu liên lạc được với thủy thủ ở cách vùng đặc quyền kinh tế của Việt Nam khoảng 110 hải lý.
Sáng 21/11, 9 thủy thủ của tàu Zafirah được ngư dân Phước Tỉnh, huyện Long Điền, tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu cứu vớt và bàn giao cho cơ quan chức năng. Theo lời khai của thuyền trưởng Sann Winnaung (56 tuổi, quốc tịch Myanmar), tất cả 11 tên cướp đều bịt mặt. Sau khi khống chế tàu, bọn cướp đã dồn tất cả thủy thủ vào trong cabin, chỉ cho ít thức ăn, nước uống. Bọn cướp dọa sẽ giết nếu ai chống cự nên các thủy thủ tàu Zafirah quá sợ, chỉ biết chắp tay vái lạy chúng.
Khoảng 2h30 ngày 22/11, cơ quan chức năng phát hiện tàu Sea Horse xâm phạm lãnh hải Việt Nam. Qua xác định của cơ quan chức năng và 9 người thuỷ thủ bị cướp, tàu Sea Horse chính là tàu Zafirah bị cướp biển tấn công và thay đổi tên, ký hiệu tàu. Ngay lập tức, tàu Cảnh sát biển đã khống chế, buộc tàu này phải thả neo.
Chiều 22/11, lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam dùng loa kêu gọi cướp biển bỏ súng đầu hàng nhưng chúng vẫn cố thủ trên tàu. Trong tình thế khẩn cấp, lực lượng Cảnh sát biển do Đại tá Lê Xuân Thanh, Chỉ huy trưởng vùng 3 đã quyết định nổ súng tấn công. Đến 16h50, Cảnh sát biển Việt Nam đã tóm gọn 11 cướp biển, mang quốc tịch Indonesia đưa về Vũng Tàu và bàn giao cho BCH Bộ đội Biên phòng Bà Rịa - Vũng Tàu để điều tra xử lý.
Đến ngày 19/12/2012, cơ quan chức năng của Việt Nam đã trao trả 9 thuỷ thủ tàu Zafirah (5 người Myanmar, 4 người Indonesia) bị cướp và hàng hoá trên tàu cho Myanmar, Indonesia và chủ tàu Malaysia.
Phát biểu tại buổi làm việc, Đại tá Guntur Sytyanto, Bộ Chỉ huy Cảnh sát Indonesia đánh giá cao sự hợp tác của các cơ quan chức năng tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu trong việc bàn giao 11 đối tượng cho phía Indonesia điều tra, xử lý