Vụ việc kéo dài 12 năm này bắt đầu từ năm 1998: Ngày 25/5/1998, Cơ quan Cảnh sát điều tra (CSĐT) Công an tỉnh Tiền Giang nhận được đơn của Nguyễn Văn Tho (SN 1962) tố cáo Nguyễn T.T. (SN 1978) là hàng xóm và bạn của anh trai Minh H., hiếp dâm con gái mình là Nguyễn Thị Minh H. (SN 1983) làm Minh H. có thai. Ngay sau đó, ngày 27/5/1998 lại là đơn của nhiều người dân ấp Phú Khương A, xã Phú Kiết, cùng ký tên tố cáo chính Nguyễn Văn Tho đã cưỡng bức Minh H...
Sự vụ được lộ ra từ tháng 4/1998, khi biết mình mang bầu, H đã viết thư cho dì ruột là Đỗ Thị Phượng hỏi vay tiền và nhờ dì chỉ cho chỗ phá thai, trong thư có đoạn "... có người cha không thể tưởng tượng được...". Hay tin, chị Phượng liền báo cho bà nội Minh H là bà Phạm Thị Sứ biết (vì mẹ đẻ Minh H đã ly dị với Nguyễn Văn Tho từ năm 1988). Ngày 11-5-1998, bà nội đưa H đến Bệnh viện Từ Dũ, TP HCM xin phá thai nhưng không được vì các bác sĩ xác định thai nhi đã 23 tuần tuổi, là thai già tháng, phá thai có thể gây nguy hiểm cho tính mạng của Minh H... Ngày 24/8/1998, Minh H. sinh con trai, đặt tên là Nguyễn Văn H.
Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Tiền Giang tiến hành thu mẫu của ông Tho, Minh H., T.T. và bé H. rồi niêm phong, ghi ký hiệu dưới dạng mẫu ẩn (còn gọi là mẫu mù - ví dụ mẫu máu của ông Tho là B1, chỉ có CQĐT biết, nơi được trưng cầu giám định (GĐ) không biết mẫu B1 là của ai).
Ngày 26/7/1999, Viện Khoa học hình sự (Viện KHHS) - Bộ Công an nhận được Quyết định trưng cầu GĐ (QĐTCGĐ) số 135, ngày 30/6/1999 của Cơ quan CSĐT tỉnh Tiền Giang. Bản kết luận GĐ 2146/C21-P6, ngày 10/11/1999 của Viện KHHS khẳng định: Nguyễn Văn Tho là bố đẻ của bé Nguyễn Văn H, loại trừ Nguyễn T.T. Kết luận GĐ này là căn cứ đề ngày 25/11/1999, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Tiền Giang ra Quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam Nguyễn Văn Tho về tội giao cấu với người dưới 16 tuổi theo điều 114 Bộ Luật hình sự (1985). Tuy nhiên, Nguyễn Văn Tho và gia đình nhất mực kêu oan, xin được GĐ lại và cam đoan chịu mọi phí tổn cho việc GĐ lại.
Ngày 12/12/2000, Viện KSND tỉnh Tiền Giang ra Quyết định số 02/KSĐT.TA.AN trưng cầu Tổ chức GĐ pháp y (PY) Bộ Y tế (nay là Viện GĐPY quốc gia - Bộ Y tế) GĐ lại lần 1. Tổ chức này đã cử cán bộ vào Tiền Giang trực tiếp thu mẫu của 4 đối tượng đưa ra Hà Nội. Tuy nhiên, Tổ chức GĐ này không có dây chuyền công nghệ phân tích ADN nên đã "nhờ" Viện Huyết học và Truyền máu Hà Nội xét nghiệm các chỉ số huyết học và Trung tâm Công nghệ sinh học thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội phân tích gien.
Khi đã có các kết quả xét nghiệm và phân tích này họ tổng hợp thành Bản giám định mẫu phụ hệ số 11/GĐMPH với kết luận: Cháu Nguyễn Văn H. là con đẻ của anh Nguyễn T.T. và chị Nguyễn Thị Minh H. Như vậy, vụ án đã có xung đột kết luận GĐ và làm cho các cơ quan tiến hành tố tụng (THTT) tỉnh Tiền Giang lúng túng, đành phải thỉnh thị ý kiến chỉ đạo của các cơ quan THTT cấp trên...
Ngày 12/7/2001 tại Hà Nội, Cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã chủ trì cuộc hội thảo khoa học về hai kết luận GĐ này. Dự hội thảo có Viện KHHS là cơ quan quản lý Trung tâm Giám định pháp y - sinh vật, (đơn vị GĐ lần thứ nhất giám định gien của 4 đối tượng nói trên); Tổ chức GĐPY Bộ Y tế, nơi đã giám định lần thứ 2 (trong GĐ gọi là GĐ lại lần 1), tất nhiên có cả đại diện của Trung tâm Công nghệ sinh học, Đại học Quốc gia Hà Nội - nơi đã GĐ "giúp" PY Bộ Y tế; Vụ Kiểm sát trị an Viện KSND Tối cao.
Đặc biệt, tham dự hội thảo còn có 6 chuyên gia về Di truyền học và phân tích gien công tác trong và ngoài lực lượng Công an. Hội thảo đã phân tích đánh giá về trình độ dây chuyền công nghệ phân tích ADN, năng lực cán bộ của các bên tham gia GĐ và đánh giá về độ tin cậy của kết luận GĐ.
Hãy chưa vội đề cập đến kết quả phân tích của hội thảo (tuy lợi thế nghiêng về phía Viện KHHS) để "thống kê" cho đầy đủ diễn tiến của vụ việc. Sau khi có ý kiến thống nhất của các ban, ngành nội chính TW là do hai kết luận GĐ trái ngược nhau nên cần phải GĐ lại một lần nữa (GĐ lại lần thứ 2) cho thật khách quan.
Ngày 10/9/2001, Thiếu tướng Đỗ Hùng, Thủ trưởng Cơ quan CSĐT - Bộ Công an ký QĐTCGĐ lại số 372/P4(C16) trưng cầu Hội đồng GĐ quốc gia bao gồm các GĐ viên thuộc Viện KHHS - Bộ Công an, Viện PY quân đội, Viện Y học tư pháp TW Bộ Y tế (được thành lập trên cơ sở Tổ chức GĐPY TW - Bộ Y tế) do ông Nguyễn Trọng Toàn, Viện trưởng Viện PY quân đội làm chủ tịch. Việc thu mẫu GĐ của các đối tượng do Viện PY quân đội chủ trì có sự chứng kiến của các cơ quan chức năng tỉnh Tiền Giang. Mẫu GĐ được niêm phong và đóng gói dưới dạng mẫu ẩn chuyển ra Hà Nội giao cho các cơ quan GĐ ba ngành tiến hành GĐ độc lập. PY quân đội phân tích 3 gien đơn lẻ theo công nghệ thủ công (kèm theo là các chỉ số hộp sọ, đặc điểm vân tay.
Trung tâm Công nghệ sinh học thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội lại phân tích "giúp" PY - Bộ Y tế gien của các đối tượng GĐ cũng vẫn bằng công nghệ thủ công vốn có. Viện KHHS phân tích tổ hợp (cùng lúc) 10 gien (trong đó có 1 gien giới tính) trên dây chuyền NineplexII hoàn toàn tự động của Mỹ. Sau đó, kết quả của các cơ quan GĐ được đưa ra trước Hội đồng để công khai ký hiệu mẫu, so sánh, đối chiếu.
Tại bản kết luận GĐ số 424PY ngày 15/12/2001, Hội đồng GĐ quốc gia thống nhất xác định: Nguyễn Văn Tho là cha đẻ của Nguyễn Văn H. và Nguyễn Thị Minh H. với xác xuất 99,999%; Nguyễn T.T. không có quan hệ huyết thống bố con với Nguyễn Văn H.
Những tưởng vụ án sẽ kết thúc khi đã có chứng cứ xác đáng như vậy nhưng không phải thế. Bởi căn cứ kết luận GĐ trên của Hội đồng GĐ quốc gia, tại bản án sơ thẩm số 25/HSST ngày 28/3/2005, Tòa án nhân dân (TAND) tỉnh Tiền Giang tuyên phạt Nguyễn Văn Tho 3 năm tù giam vì tội giao cấu với trẻ em. Nhưng tại bản án phúc thẩm số 888/HSPT ngày 19/5/2005, TAND tối cao tại TP HCM đã hủy bản án sơ thẩm 25/HSST của TAND tỉnh Tiền Giang, trả hồ sơ vụ án về cấp sơ thẩm điều tra, xét xử theo thủ tục chung, với một lý do rất khó hiểu: "Có những hạn chế của việc lấy mẫu, niêm phong mẫu". Như thế vụ việc lại tiếp tục câu dầm.
Cho đến ngày 29/9/2005, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Tiền Giang lại ra Quyết định TCGĐ số 01 trưng cầu Viện KHHS GĐ lại lần thứ 3. Trước đó, Công an tỉnh Tiền Giang đã nhờ GĐ viên của Viện KHHS tư vấn về quy trình thu mẫu GĐ gien theo đúng yêu cầu chuyên môn. Trực tiếp thu mẫu là các bác sĩ, kỹ thuật viên của Bệnh viện Đa khoa Trung tâm tỉnh Tiền Giang.
Dưới sự chứng kiến, giám sát của đại diện Cơ quan CSĐT, Viện KSND, TAND, Phòng Kỹ thuật hình sự Công an tỉnh, Công an xã Phú Kiết, Hội Phụ nữ xã, luật sư. Việc thu mẫu được chụp ảnh, quay camera. Khi mẫu đã khô thì 4 đối tượng tự đóng gói, niêm phong mẫu được thu của mình và ghi bên ngoài bao bì theo hướng dẫn của nhà chuyên môn dưới sự giám sát của cả Hội đồng thu mẫu để đảm bảo không còn "kẽ hở".
Lần này, Bản kết luận GĐ số 2950/C21(P7) của Viện KHHS vẫn không thay đổi so với lần đầu: Nguyễn Văn Tho là bố đẻ của Nguyễn Văn H.; Nguyễn T.T. không phải là bố đẻ của Nguyễn Văn H.". Đến ngày 28/2/2006, TAND tỉnh Tiền Giang lại tuyên phạt Nguyễn Văn Tho 5 năm tù giam về tội giao cấu với trẻ em. Nguyễn Văn Tho lại kháng án... Ngày 18/5/2006, Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại TP HCM mở phiên phúc thẩm xét xử vụ án này, có triệu tập GĐ viên Viện KHHS tham dự.
Trao đổi trước phiên xét xử, Tòa nói rằng, chúng tôi hầu như không hiểu biết gì về lĩnh vực GĐ khó khăn, phức tạp này, nên rất mong có sự cộng tác tích cực từ phía cơ quan GĐ...
Tại phiên xét xử, Tòa phúc thẩm hoàn toàn thừa nhận kết luận GĐ của Viện KHHS là chính xác, khoa học nhưng lại thật bất ngờ, với lý do "chiểu theo nguyện vọng của bị cáo", Tòa tuyên bố tạm hoãn phiên xét xử để GĐ lại ADN một lần nữa!!!???
Căn cứ Quyết định TCGĐ số 252/2006/ QĐTCGĐ. PT ngày 10/7/2006 của Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại TP HCM gửi ông Bộ trưởng Bộ Y tế, Vụ Điều trị - Bộ Y tế gửi Công văn (CV) 7480/ BYT - ĐTr, ngày 4/10/2006 đề nghị Viện KHHS cử GĐ viên tham gia Hội đồng GĐ quốc gia một lần nữa. Được sự chấp thuận của Bộ Công an, Viện KHHS đã từ chối tham gia GĐ bằng Công văn số 1123/C21(P7) với lý do Viện đã 3 lần GĐ gien của 4 đối tượng nói trên, trong đó đã có một lần với tư cách là thành viên của Hội đồng GĐ quốc gia. Kết luận GĐ "Nguyễn Văn H. là con đẻ của Nguyễn Văn Tho và Nguyễn Thị Minh H." là không thể thay đổi qua các lần GĐ và các Tòa sơ thẩm TAND tỉnh Tiền Giang và Tòa phúc thẩm TAND Tối cao đã đều thừa nhận. Không có lý do gì để GĐ thêm một lần nữa vì chỉ gây tốn kém tiền bạc và lãng phí thời gian.
Tuy nhiên đến ngày 22/3/2007, Bộ Y tế lại gửi CV số 1711/BYT - ĐTr đến các Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Viện PY quốc gia - Bộ Y tế, Viện Công nghệ sinh học tiếp tục đề nghị thành lập Hội đồng GĐ quốc gia về vụ việc trên. Trong Công văn có ghi: "Xác định trách nhiệm của Bộ Y tế phải giải quyết sự việc này... để đảm bảo quyền lợi chính đáng của người dân" và "thành viên của Hội đồng nên có đại diện của Viện PY quân đội, Viện KHHS và Viện PY quốc gia, Viện Công nghệ sinh học". Về phần mình, Viện KHHS lại từ chối tham gia Hội đồng GĐ vì những lý do không thể bác bỏ nói trên
