Theo nội dung vụ việc, ngày 18/4/2008, Công ty Chim Én mở tờ khai hải quan cho lô hàng bột cá. Hàng được tạm giải tỏa giao cho doanh nghiệp tự bảo quản trong thời gian chờ kết quả kiểm tra chất lượng. Tuy nhiên, khi lấy mẫu kiểm tra chất lượng lô hàng nhập khẩu trên thì phát hiện Công ty Chim Én đã tiêu thụ hết 1.100 tấn bột cá.
Đến ngày 21/5/2009, Chi cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản TP HCM có thông báo lô hàng nhập khẩu trên của Công ty Chim Én không đạt chất lượng do tìm được ADN có nguồn gốc từ loài bò và cừu trong mẫu kiểm tra gửi về. Dựa vào đây, Hải quan TP HCM đã lập biên bản vi phạm hành chính và ra Quyết định xử phạt hành chính số 69/QĐ-HQHCM ngày 21/5/2009 về hành vi nhập hàng hóa không đủ tiêu chuẩn và tự ý tiêu thụ hàng hóa đang chịu sự giám sát của hải quan.
Theo đó, quyết định này bao gồm hình thức xử phạt hành chính 40 triệu đồng và khắc phục hậu quả bằng cách nộp lại số tiền bằng trị giá tang vật vi phạm đã bị tiêu thụ, tẩu tán.
Cho rằng quyết định trên của Hải quan TP HCM xử lý sai thẩm quyền, không đúng hành vi vì lô hàng của công ty không trong sự giám sát của hải quan, phía Công ty Chim Én đã khiếu nại lên Cục trưởng Cục Hải quan TP HCM nhưng không có kết quả nên đã nộp đơn khởi kiện ra TAND TP HCM đề nghị hủy bỏ quyết định trên của Cục trưởng Cục Hải quan TP HCM.
Xử sơ thẩm, TAND TP HCM nhận định quyết định xử phạt trên của Hải quan TP HCM là đúng quy định nên đã bác toàn bộ yêu cầu của nguyên đơn
