Qua thanh tra, Thanh tra tỉnh Quảng Nam phát hiện những nội dung sai phạm và thực hiện chưa đúng quy định của Nhà nước với tổng số tiền hơn 673 triệu đồng.
Do đó, Chánh thanh tra tỉnh Quảng Nam kiến nghị Bệnh viện YHCT chấn chỉnh việc thanh toán không đảm bảo chứng từ kế toán đối với khoản chi thanh toán thuê xe đi công tác với số tiền 50,9 triệu đồng.
Giám đốc Bệnh viện YHCT Quảng Nam có trách nhiệm thu hồi gần 11 triệu đồng (giá trị số lượng, chủng loại vật tư bị thiếu) từ các hợp đồng mua sắm với Công ty cổ phần Thương mại - Dịch vụ Viễn thông VNC nộp vào tài khoản tạm giữ của Thanh tra tỉnh Quảng Nam; giảm trừ giá trị quyết toán số tiền gần 112 triệu đồng (giá trị sau thuế) đối với gói thầu xây lắp của công trình nâng cấp khoa Lão khoa thành khoa Lão khoa - Phục hồi chức năng.
Bên cạnh đó, phải thu hồi, nộp trả vào Quỹ bổ sung thu nhập của bệnh viện số tiền 265 triệu đồng; thu hồi các khoản tạm ứng cho các cá nhân quá niên độ kế toán với tổng số tiền gần 235 triệu đồng.
Ngoài ra, Thanh tra tỉnh Quảng Nam còn chỉ rõ, Bệnh viện YHCT Quảng Nam chưa tổ chức thực hiện nghiêm các nội dung kiến nghị qua công tác xét duyệt quyết toán của Sở Y tế và chưa nộp trả Ngân sách Nhà nước số tiền gần 3,5 tỷ đồng theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước về kiểm toán ngân sách địa phương năm 2018.
Trong số các sai phạm, hạn chế về quản lý tài chính tại Bệnh viện YHCT Quảng Nam, đáng chú ý Thanh tra tỉnh Quảng Nam đã làm rõ đối với nguồn kinh phí bổ sung cho Bệnh viện dã chiến số 1 tại Bệnh viện YHCT Quảng Nam, năm 2021-2022, bệnh viện được Sở Y tế bổ sung kinh phí để mua sắm thuốc, hóa chất, trang thiết bị và chi trả chế độ đặc thù trong phòng, chống dịch COVID-19 với số tiền gần 2,6 tỷ đồng và từ các nguồn xã hội hóa khác gần 1 tỷ đồng.
Qua kiểm tra việc sử dụng, quyết toán nguồn kinh phí này còn có một số hạn chế, trong đó có việc thực hiện mua sắm vật tư thiết yếu phục vụ cho người bệnh COVID-19 của Bệnh viện dã chiến số 1 trước khi có chủ trương, phân bổ kinh phí của cơ quan có thẩm quyền; việc xây dựng dự toán mua sắm nhưng sử dụng các báo giá của các đơn vị (Minimart Thủy, Cửa hàng Nguyễn Thị Minh Châu, Cửa hàng tạp hóa Sen) có trước thời điểm quyết định thành lập Bệnh viện dã chiến số 1.
Bên cạnh kiến nghị cấp thẩm quyền chỉ đạo Sở Nội Vụ, Sở Y tế, Sở Tài chính kịp thời có phương án củng cố tổ chức bộ máy Ban Giám đốc của Bệnh viện YHCT; rà soát điều chỉnh phương án tự chủ tài chính của bệnh viện;... Chánh Thanh tra tỉnh còn kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh chỉ đạo Sở Y tế tỉnh Quảng Nam xem xét xử lý theo thẩm quyền về trách nhiệm người đứng đầu đối với Giám đốc Bệnh viện YHCT về những tồn tại, hạn chế trong công tác quản lý, sử dụng tài chính như nội dung kết luận thanh tra đã nêu.
Bệnh viện YHCT kiểm điểm trách nhiệm của kế toán, Giám đốc Bệnh viện trong việc cho tạm ứng kéo dài qua các năm, việc theo dõi, chưa thực hiện thanh toán dứt điểm tạm ứng kỳ trước mà tiếp tục cho tạm ứng kỳ sau và chưa thu hồi dứt điểm các tạm ứng kéo dài qua các năm theo như nội dung Kết luận thanh tra.
Bệnh viện YHCT Quảng Nam được thành lập theo Quyết định số 575/QĐ-UB ngày 15/4/1997 của UBND tỉnh Quảng Nam và Quyết định số 3802/QĐ-UBND ngày 29/12/2006 của UBND tỉnh Quảng Nam về việc thành lập Bệnh viện YHCT Quảng Nam trên cơ sở Bệnh viện Y học dân tộc tỉnh Quảng Nam.
Bệnh viện là đơn vị sự nghiệp y tế công lập, trực thuộc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam, chịu sự quản lý trực tiếp và toàn diện của Giám đốc Sở Y tế. Bệnh viện được xếp hạng III theo Quyết định số 1257/QĐ-UBND ngày 12/4/2018 của UBND tỉnh Quảng Nam (thời gian thực hiện 5 năm, kể từ ngày 12/4/2018) và được xếp hạng lại theo Quyết định số 1281/QĐ-UBND ngày 21/6/2023.
Hủy gói thầu hơn 84 tỷ tại Bệnh viện Y học cổ truyền Quảng Nam, yêu cầu kiểm điểm trách nhiệm 
