Theo đó, các bị can bị truy tố về tội tham ô tài sản và cố ý làm trái các quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng gồm: Nguyễn Khắc Ngư, nguyên Đội trưởng Xây lắp dầu khí, Công ty Thiết kế và Xây dựng Dầu khí, Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam; Trần Văn Việt, nguyên kế toán Đội Xây lắp Dầu khí, Công ty Thiết kế và Xây dựng Dầu khí; Nguyễn Văn Tương, nguyên Giám đốc Xí nghiệp Xây dựng số 2, Công ty Xây dựng dầu khí, Bộ Xây Dựng; Bùi Anh Tuấn, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần Pha Đin; Trần Thái Sơn, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Sơn Hùng (TPHCM); Nguyễn Văn Bình, nguyên Phó Giám đốc chi nhánh Công ty Công trình đường thủy, Tổng Công ty Xây dựng đường thủy tại TP HCM; Phan Thị Thu Thủy, nguyên kế toán trưởng Công ty Tư vấn và Xây dựng Dầu khí, Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam; Đỗ Duy Hồng, nguyên cán bộ Công ty Tư vấn và Đầu tư xây dựng Dầu khí; Đặng Hữu Quí, nguyên Giám đốc Công ty Tư vấn và Đầu tư xây dựng Dầu khí; Đào Tuấn Dũng, nguyên Giám đốc Xí nghiệp Thiết kế thuộc Công ty Tư vấn và Đầu tư xây dựng Dầu khí; Hoàng Công Nghĩa, nguyên cán bộ Công ty Tư vấn và Đầu tư xây dựng Dầu khí; Nguyễn Gia Bược, nguyên Phó Giám đốc Xí nghiệp Xây dựng và Dịch vụ, Công ty Tư vấn và Đầu tư xây dựng Dầu khí; Chu Chất Chính, nguyên Phó viện trưởng Viện Công trình biển thuộc Đại học Xây dựng Hà Nội; Phạm Văn Vội, nguyên phụ trách đội thi công Xí nghiệp Xây dựng và Dịch vụ Long Thành thuộc Công ty Thiết kế và Đầu tư xây dựng Dầu khí; Hoàng Văn Hải, nguyên kế toán trưởng Xí nghiệp Xây dựng và Dịch vụ Long Thành thuộc Công ty Thiết kế và Đầu tư xây dựng Dầu khí; Ngô Ngọc Thường, nguyên cán bộ Công ty Tư vấn và Đầu tư xây dựng Dầu khí và Nguyễn Hữu Hiếu, nguyên cán bộ Công ty Tư vấn và Xây dựng Dầu khí.
Công trình xây dựng đường ống, kho cảng LPG Thị Vải được khởi công ngày 4/10/1997 và hoàn thành ngày 15/5/2001. Ngày 7/8/2001, Hội đồng nghiệm thu đã có văn bản nghiệm thu đưa công trình vào sử dụng. Quá trình điều tra, cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã điều tra làm rõ một số cá nhân, đơn vị tham gia xây dựng như thiết kế, thi công, tổng thầu, đại diện chủ đầu tư, đơn vị cung cấp thiết bị đã lợi dụng nhiệm vụ được giao tham ô trên 1,6 tỉ đồng; cố ý làm trái các quy định của nhà nước về kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng gây thiệt hại gần 1,1 tỉ đồng.
Trong vụ án này, quá trình điều tra xác định Bùi Thị Loan (Giám đốc Công ty TNHH Hoàng Thịnh), Nguyễn Trọng Tá (chủ Doanh nghiệp Trung Kiên), Nguyễn Ngọc Kiêm (cán bộ Công ty Thi công cơ giới thuộc Tổng Công ty Xây dựng số 1), Bùi Đức Bảo (cán bộ Công ty Thiết bị vật tư du lịch), Nguyễn Văn Hiển (Phó TGĐ Công ty liên doanh bê tông Mê Kông - Vũng Tàu), Phan Văn Hải (Phó TGĐ Công ty liên doanh bê tông Mê Kông - Thủ Đức thuộc Tổng Công ty Xây dựng số 1) có hành vi tham ô tài sản với vai trò giúp sức, cơ quan điều tra đã khởi tố bị can để làm rõ.
Tuy nhiên, việnKSND Tối cao xác định khi thực hiện hành vi, các bị can này không có cùng động cơ, mục đích, không được hưởng lợi nên đã có quyết định đình chỉ điều tra với các bị can này và yêu cầu các cơ quan có thẩm quyền tiến hành xử lý hành chính.
Đối với hành vi vi phạm các quy định về xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng trong vụ án, cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã tách thành vụ án khác để tiếp tục làm rõ, xử lý sau. Viện KSND Tối cao ủy quyền cho Viện KSND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu thực hiện quyền công tố và kiểm sát khi xét xử sơ thẩm vụ án trên