Công trình được xây dựng từ nguồn vốn xã hội hoá do Tập đoàn Việt Á tài trợ, chào mừng kỷ niệm 1000 năm Thăng Long - Hà Nội.
Là hạng mục quan trọng nhất của Dự án Khu tưởng niệm Hoàng hậu Lê Ngọc Hân, Đền thờ được xây dựng trên diện tích hơn 1.100 m2, bên ngoài Di lăng của Bà (đã hoàn thành tu bổ vào tháng 2/2010).
Đền thờ có mặt bằng chữ Đinh, bên trong đặt tượng Hoàng hậu Lê Ngọc Hân, tượng vua Quang Trung và hai con, cùng bàn thờ thân phụ và thân mẫu Hoàng hậu. Đây là việc làm ý nghĩa, thể hiện tấm lòng trân trọng của thế hệ hôm nay với người con gái tài hoa đất Thăng Long.
Lê Ngọc Hân (1770-1799) là con vua Lê Hiển Tông (1740-1786) và Chiêu Nghi Nguyễn Thị Huyền. Cuộc đời ngắn ngủi của bà phải chịu bao nỗi oan khiên khi ở tuổi 22 đã phải để tang chồng và chưa đầy 10 năm sau, cả ba mẹ con Lê Ngọc Hân lần lượt qua đời. Năm 1804, di cốt bà và hai con được đưa về an táng tại Bãi Cây Đại làng Nành (nay là xã Ninh Hiệp).
Việc điều tra, nghiên cứu về Bắc cung Hoàng hậu Lê Ngọc Hân và phần mộ ở xã Ninh Hiệp đã được Sở Văn hóa - Thông tin Hà Nội tiến hành cách đây gần 20 năm.
Năm 2007, Hội Di sản văn hóa Thăng Long-Hà Nội và chính quyền xã Ninh Hiệp tiếp tục đề xuất xây dựng Khu tưởng niệm Lê Ngọc Hân theo phương thức xã hội hóa. Tháng 5/2008, với sự hỗ trợ của Tập đoàn Việt Á, Hội Di sản văn hóa Thăng Long-Hà Nội đã tổ chức hội thảo khoa học về "Thân thế, sự nghiệp Hoàng hậu Lê Ngọc Hân và hình thức tưởng niệm tại xã Ninh Hiệp-Gia Lâm-Hà Nội", khẳng định vai trò của của bà với lịch sử dân tộc (cụ thể là đối với sự nghiệp của vua Quang Trung và triều đại Tây Sơn), những đóng góp trên văn đàn nước nhà, mối quan hệ với quê ngoại làng Nành (xã Ninh Hiệp ngày nay), cùng sự thật về ngôi mộ và việc thờ cúng, tôn vinh của nhân dân địa phương với bà.
Tháng 6/2009, Hội Di sản văn hoá Thăng Long-Hà Nội đã phát động xã hội hoá xây dựng Khu tưởng niệm Hoàng hậu Lê Ngọc Hân với tổng kinh phí dự kiến 13 tỷ đồng