Theo tiết lộ của một cựu chuyên gia điều khiển drone cho Bộ Tư lệnh các chiến dịch đặc biệt phối hợp (JSOC) và cũng làm việc cho NSA, cơ quan tình báo này thường nhận dạng mục tiêu dựa vào phân tích siêu dữ liệu và các công nghệ giám sát điện thoại di động. Thay vì nhận dạng mục tiêu bằng điệp viên hay người chỉ điểm trên mặt đất, Cục Tình báo trung ương Mỹ (CIA) và quân đội căn cứ vào vị trí hoạt động của điện thoại di động thuộc về một người đáng ngờ do NSA cung cấp rồi sau đó ra lệnh mở cuộc tấn công bằng drone!
Đây là tiết lộ của một cựu chuyên gia điều khiển drone giấu tên là thành viên đơn vị đặc nhiệm Mục tiêu giá trị cao (HVT) của JSOC, chịu trách nhiệm nhận dạng, bắt giữ hay tiêu diệt những nghi can khủng cố ở Yemen, Somalia, Afghanistan và những vùng nóng khác.
Trong chương trình mang tên Geo Cell, NSA xác định vị trí địa lý của SIM card hay điện thoại di động của nghi can khủng bố giúp cho CIA và quân đội Mỹ tiến hành những cuộc đột kích về đêm hay những cuộc tấn công bằng drone để giết chết hay bắt giữ cá nhân sở hữu thiết bị cầm tay đó. Do đó, nếu “mục tiêu vô tình cho bạn bè, con cái, hay người thân mượn điện thoại di động với SIM card được nhận dạng và lưu trữ trong hệ thống HVT của JSOC thì những người này sẽ bị giết lầm một cách oan uổng.
Một số thủ lĩnh hàng đầu của Taliban biết rõ chiến thuật của NSA cho nên cố tình thay đổi các SIM card để không bị giết chết và gây hoang mang cho giới chức tình báo. Theo đánh giá của báo giới điều tra, có ít nhất 273 dân thường ở Pakistan, Yemen và Somalia bị drone giết chết dưới thời chính quyền Tổng thống Barack Obama.
Còn theo một cuộc nghiên cứu mới đây của một cố vấn quân sự Mỹ, chỉ trong một năm ở Afghanistan - nơi tuyệt đại đa số những cuộc tấn công drone được tiến hành - máy bay vũ trang không người lái đã giết chết dân thường nhiều hơn máy bay thông thường đến 10 lần.
Caitlin Hayden, người phát ngôn cho NSA, không tuyên bố cụ thể những cuộc tấn công bằng drone được thực hiện theo thông tin do tình báo con người (HUMINT) cung cấp hay không, nhưng bà nhấn mạnh rằng "những hành động đánh giá của chúng tôi không căn cứ vào một nguồn thông tin duy nhất. Chúng tôi thu thập và phân tích thông tin từ rất nhiều nguồn khác nhau trước khi đi đến kết luận cuối cùng".
Hệ thống xác định vị trí địa lý của NSA được JSOC sử dụng để tấn công các mục tiêu nghi can khủng bố có tên mã là GILGAMESH. Trong chương trình này, một thiết bị đặc biệt (hoạt động tựa như tháp điện thoại di động để thu sóng vô tuyến gọi là "bộ thu sóng ảo kiểu tháp" hay VBTT mà đối tượng mục tiêu không hề hay biết) được trang bị cho những chiếc drone. Khi bay lượn trên bầu trời, thiết bị VBTT gắn trên chiếc drone sẽ định vị được SIM card hay điện thoại di động trong phạm vi khoảng 10 mét mà quân đội tin rằng đối tượng đang sử dụng để thu thập dữ liệu.
Cựu chuyên gia điều khiển drone cho biết, kỹ thuật này có thể phát hiện "không đúng người" dẫn đến việc người vô tội bị giết chết - đặc biệt ở Yemen, Pakistan và Somalia - do những sai lầm của siêu dữ liệu. Vào tháng 5/2013, những chiếc drone đã tiêu diệt 16 người ở Yemen và 5 người khác ở Somalia dựa vào kỹ thuật này.
Theo tiết lộ từ cựu chuyên gia điều khiển drone, trước khi một cuộc tấn công được bật đèn xanh, phải có ít nhất hai nguồn thông tin tình báo nhưng vấn đề là cả hai nguồn này thường bao gồm dữ liệu do NSA cung cấp hơn là từ HUMINT. Ngoài hệ thống GILGAMESH được JSOC sử dụng, CIA còn sử dụng một chương trình tương tự của NSA gọi là SHENANIGANS để thu thập một lượng dữ liệu khổng lồ từ bất cứ router không dây, máy tính, smartphone hay các thiết bị điện tử nào khác trong phạm vi rộng.
Một tài liệu tuyệt mật được người tố giác Edward Snowden tiết lộ cho biết, chương trình SHENANIGANS được triển khai tại Oman, nơi CIA thiết lập một căn cứ drone. Sứ mạng tìm và diệt Al-Qaeda ở Oman có tên mã là VICTORYDANCE được coi là nỗ lực phối hợp liên cơ quan giữa CIA và NSA. Sứ mạng VICTORYDANCE kéo dài 6 tháng với 43 chuyến bay.
Mặc dù những chiếc drone không là biện pháp duy nhất để tiêu diệt các mục tiêu nghi can khủng bố, song chúng hiện là một phần "chuẩn mực" trong hoạt động của quân đội Mỹ. Những chiếc drone Predator và Reaper sử dụng tại Afghanistan cũng được gán cho những biệt danh như là "Lightning" và "Sky Raider" hay "Sky Raper" bởi vì lý do hết sức đơn giản - chúng giết được quá nhiều người! Theo lời cựu chuyên gia điều khiển drone của JSOC, một khi chiếc "Sky Raper" cất cánh thì tất yếu phải có người chết do nó luôn nhận những sứ mạng ưu tiên hàng đầu.
Trong vòng 5 năm qua, NSA ngày càng chiếm vị trí trung tâm trong chương trình ám sát của Mỹ. Trong một tài liệu tuyệt mật của NSA năm 2010, lãnh đạo Trung tâm Điều hành sứ mạng chống khủng bố và hoạch định chiến lược của cơ quan tình báo, kể chi tiết về sự dính líu của NSA trong chương trình ám sát ở Yemen không lâu trước khi Barack Obama nhậm chức tổng thống. Năm 2008, NSA chỉ có 3 chuyên gia phân tích về tổ chức Al- Qaeda tại Bán đảo Arập (AQAP) ở Yemen. Nhưng vào mùa thu năm 2009, NSA đã có 45 chuyên gia phân tích tình báo tín hiệu cho CIA và JSOC.
Tháng 12/2009, nhờ vào các chương trình thu thập siêu dữ liệu của NSA mà chính quyền Tổng thống Obama cho phép các chiến dịch drone leo thang ở Yemen. Cuộc tấn công drone đầu tiên ở Yemen được Obama cho phép nhắm mục tiêu vào một trại Al-Qaeda tại ngôi làng ở miền Nam nước này giết chết 14 phụ nữ và 21 trẻ em! Trong khi đó, Nhà Trắng chưa bao giờ công khai giải thích về nguồn tình báo dẫn đến những cái chết của dân thường.
Một tài liệu tuyệt mật khác của NSA khẳng định, cơ quan này đã "đóng vai trò hỗ trợ trọng yếu" trong cuộc tấn công drone vào tháng 9/2011 giết chết nghi can khủng bố là công dân Mỹ Anwar al-Awlaki cũng như một người Mỹ khác là Samir Khan. Tài liệu cho biết, CIA nắm trọng trách săn lùng Awlaki sau khi JSOC không tiêu diệt được người này vào đầu năm 2011.
Theo các chuyên gia phân tích, vai trò mở rộng của NSA ở Yemen chỉ dẫn đến nhiều chiến dịch sai lầm của CIA