Tuy nhiên, xoay quanh MJ-12 luôn bao phủ một bức màn huyền bí: Liệu ủy ban này có thực sự tồn tại; Tài liệu do MJ-12 cung cấp là giả mạo; thậm chí còn lan truyền thông tin được Cục Tình báo trung ương Mỹ (CIA) tạo dựng, rằng MJ-12 thực chất chỉ là một… cú lừa ngoạn mục với những người ngây thơ (!).
Tấm màn bí mật đã được vén lên hơn 40 năm sau, khi nhà văn người Mỹ Whitley Strieber cũng là tác giả đầu sách bán chạy "Communion: A True Story" (Hiệp thông: Câu chuyện có thật) kể lại việc tiếp xúc với người ngoài hành tinh, cho phát hành năm 1989 cuốn tiểu thuyết "Majestic" lần đầu tiên công khai đề cập tới những hoạt động của MJ-12.
Còn cây bút điều tra nổi tiếng người Nga Vitaly Shelepov qua bài viết đăng trên nguyệt san Tuyệt mật, số tháng 1/2013 đã bóc trần những sự thật xấu xa về MJ-12. Theo đó vào năm 1984, đạo diễn phim khoa học nổi tiếng Hollywood Jaime Shandera trong quá trình phối hợp với nhà đĩa bay học người Mỹ, Bill Moore dự định làm một bộ phim tài liệu về UFO, đã nhận được một gói hàng từ người gửi khuyết danh.
Trong đó gồm một đoạn vi phim chứa đựng 8 trang tài liệu dưới thời Tổng thống Harry Truman (1884-1972), tương ứng với giai đoạn từ năm 1947-1953 liên quan đến "vụ Roswell" khi một UFO bị sự cố rơi xuống phía bắc thành phố Roswell vào đầu tháng 7/1947, gần chỗ đĩa bay rơi người ta đã tìm thấy thi thể 4 sinh vật bé nhỏ trông giống con người.
Tài liệu cũng đề cập tới sự ra đời của Ủy ban Majestic siêu mật với nhiệm vụ nghiên cứu UFO, qua một sắc lệnh do đích thân Tổng thống Truman ký ban hành vào cuối tháng 9-1947, quy tụ các quan chức đại diện chính phủ, các nhà khoa học hàng đầu nước Mỹ, cũng như các nhà lãnh đạo quân sự kiệt xuất nhất.
Ủy ban Majestic bao gồm 12 thành viên đáng tin cậy ứng với mật danh MJ-12. Tuy người đứng đầu trên danh nghĩa là Chuẩn đô đốc Roscoe Hillenkoetter (1897-1982) cũng là Giám đốc CIA đầu tiên, nhưng nhân vật chủ chốt trong MJ-12 chính là tiến sĩ Vannevar Bush (1890-1974) đương kim Chủ tịch Ủy ban Quốc gia về nghiên cứu sách lược phòng thủ.
Các thành viên còn lại gồm Bộ trưởng Quốc phòng James Forrestal (1892-1949), cựu Tư lệnh Không quân kiêm Giám đốc Cơ quan Tình báo Quốc phòng (DIA) Hoyt Sanford Vandenberg (1899-1954), tiến sĩ thần kinh học Detlev Wulf Bronk (1897-1975), Trung tướng Nathan Farragut Twining (1897-1982)- Chỉ huy lực lượng Không quân chiến lược, Chủ tịch Hội đồng Hàng không Quốc gia (tiền thân của NASA) Jerome Hunsaker (1886-1984), Đô đốc Sidney Williams Souers (1892-1973) - Thư ký điều hành Hội đồng An ninh Quốc gia, cố vấn đặc biệt của tổng thống về quốc phòng và an ninh quốc gia Gordon Gray (1909-1982), nhà thiên văn học và vật lý thiên văn nổi tiếng thế giới Donald Howard Menzel (1901-1976), Thiếu tướng Robert Miller Montague (1899-1958) - Tư lệnh Căn cứ hạt nhân chiến lược Sandia, nơi sản xuất quả bom nguyên tử đầu tiên và chuyên gia hàng đầu về từ tính trên mặt đất và tầng điện ly Lloyd Viel Berkner (1905-1967).
Sau đó, cả J. Shandera lẫn B. Moore đều sửng sốt nhưng họ quyết định không đả động đến nguồn tin mật trong phim tài liệu, cho đến lúc tác giả gói hàng là nhà nghiên cứu gạo cội người Anh Timothy Good không thể kiên nhẫn được mãi, liền cho công bố nguồn tư liệu siêu mật qua đầu sách "Above Top Secret" (Trên cả tối mật) phát hành năm 1987 khiến cả thế giới đều biết tới Ủy ban Majestic -12.
Kế đến là giai đoạn "hỗn loạn thông tin" quanh tổ chức MJ-12 vừa bị phát giác. Nào là MJ-12 đâu có thật, nào là tài liệu rò rỉ từ MJ-12 đều là tin thất thiệt... Đỉnh điểm là chiến dịch "tung hỏa mù" từ CIA, cố chứng minh MJ-12 chỉ là trò lừa gạt những người cả tin hòng dập tắt sự dòm ngó của những kẻ "ưa tọc mạch".
Vẫn theo nhà điều tra V. Shelepov, trong những thập niên đầu tiên MJ-12 luôn bị CIA chi phối. Chính một thành viên thuộc MJ-12 là Bộ trưởng Quốc phòng J. Forrestal đã bị CIA thủ tiêu sau chưa đầy 2 năm tại nhiệm, do ông này từng công khai lên tiếng về sự xuất hiện của UFO cũng như sự liên lạc của chính phủ với nhiều nhóm người ngoài hành tinh khác nhau.
Ngay bản thân Tổng thống John F. Kennedy (1917-1963) cũng cùng chung số phận, bởi trên cương vị là nguyên thủ quốc gia ông muốn công bố cho dân chúng biết sự thật về UFO qua "vụ
Các thông tin bị rò rỉ từ giới chức cao cấp hay những người đã từng hợp tác với MJ-12 luôn khiến CIA bất an, hệ quả là những ai "lỡ mồm" đều lĩnh án tử bằng cách ngụy trang khéo léo giống như những vụ tai nạn tình cờ. Như trường hợp của ông Ronald Brown (1941-1996), vị Bộ trưởng Thương mại trong nhiệm kỳ đầu của Tổng thống Bill Clinton đã thiệt mạng trong một vụ rơi máy bay đáng ngờ ở
Thậm chí cả cựu Giám đốc CIA William Colby (1920-1996) cũng đột nhiên bị chết đuối lúc đang chèo thuyền gần nhà. Kết quả khám nghiệm tử thi cho thấy có những biến thể gây nhồi máu cơ tim từ một loại thuốc được bí mật tiêm vào đường ven bên dưới cánh tay nạn nhân, nhưng lại không phát hiện được thứ độc tố giấu mặt ấy trong máu của nạn nhân.
Rồi cái chết của "người đàn bà đẹp nhất hành tinh" Marilyn Monroe (1926-1962) cũng do bàn tay của CIA đạo diễn, vì J. F. Kennedy đã "trót kể" với cô nhân tình về sự hiện diện của UFO có người điều khiển.
Mục đích chính của sự ra đời MJ-12, cũng như khả năng ủy ban này vẫn tiếp tục hoạt động âm thầm cho đến ngày nay hòng giúp Chính phủ Mỹ có được những "kỹ thuật đặc trưng" của người ngoài hành tinh, giúp thúc đẩy vai trò chiến lược muốn làm "bá chủ thiên hạ" của Washington. Do vậy những bí ẩn xoay quanh MJ-12 vẫn chưa thể phanh phui trong một sớm một chiều, bất chấp những lời khẳng định từ chính giới Mỹ rằng MJ-12 đã chấm dứt hoạt động từ lâu...
