Số lượng ca ghép gan tại BV này đã tăng dần theo mỗi năm. Nếu như giai đoạn từ năm 2005 đến năm 2019 có 13 trường hợp, thì chỉ riêng giai đoạn từ năm 2020 đến nay đã có 12 trường hợp được ghép thành công.
Ca ghép thận đầu tiên tại BV Nhi đồng 2 thực hiện vào tháng 6/2004, ca ghép gan đầu tiên thực hiện vào tháng 12/2005. Cả hai đều là bệnh nhân nhỏ tuổi nhất Việt Nam được ghép tạng ở thời điểm lúc bấy giờ.
Bệnh nhân ghép gan đầu tiên (bé N.N.X.Q, 23 tháng tuổi) được chẩn đoán là teo đường mật bẩm sinh, đã được mổ Kasai trước đó. Sau khi hội chẩn với các giáo sư Bỉ, phù hợp với tiêu chuẩn ghép, BV đã tiến hành ca ghép gan đầu tiên và kết quả thành công ngoài dự kiến. Hiện tại, bệnh nhi đã trưởng thành và có cuộc sống khỏe mạnh.
Tương tự, ca ghép gan thứ 2 đã được thực hiện trên bệnh nhi 11 tháng tuổi và cũng đã thành công tốt đẹp, cải thiện chất lượng cuộc sống cho đến nay.
Theo quy định hiện hành, BV Nhi đồng 2 đang khẩn trương xây dựng lại Đề án ghép tạng trẻ em để trình Bộ Y tế thẩm định và thông qua. Sở Y tế đã yêu cầu Ban Giám đốc BV Nhi đồng 2 tuân thủ quy định nhưng không làm gián đoạn ghép gan cho trẻ có chỉ định ghép.
Cụ thể là, BV Nhi đồng 2 vẫn tiếp tục thực hiện quy trình ghép tạng với sự hỗ trợ của các chuyên gia ghép tạng của BV Đại học Y Dược và BV Chợ Rẫy. BV Đại học Y Dược và BV Chợ Rẫy sẽ hỗ trợ BV Nhi đồng 2 về nguồn tạng hiến từ người lớn.
Giữa tháng 3/2023, BV chuẩn bị khởi động ghép thận từ người hiến chết não nhưng kết quả xét nghiệm không phù hợp giữa người cho và người nhận nên không thực hiện được.
Một trong những vấn đề khó khăn của ghép tạng là nguồn tạng hiến cho trẻ em quá khan hiếm. Luật Hiến, lấy, ghép mô và bộ phận cơ thể người và hiến, lấy xác quy định: “Người từ đủ 18 tuổi trở lên, có năng lực hành vi dân sự đầy đủ có quyền hiến mô, bộ phận cơ thể của mình khi còn sống, sau khi chết và hiến xác".
Do đó, đối tượng trẻ em chết não hiện không được đưa vào nguồn hiến tạng. Sở Y tế TP Hồ Chí Minh mong muốn sớm có điều chỉnh trong luật định để tạo điều kiện thuận lợi cho quy trình ghép tạng, các bác sĩ Nhi sẽ có thể trực tiếp lấy tạng từ người cho là trẻ em chết não trong thời gian không xa.
Những em bé được hồi sinh nhờ ghép gan 
108 ca ghép gan trong 4 năm, sẽ xây dựng đề án ghép tim nhân tạo 
Một tuần thực hiện thành công 5 ca ghép gan 
