Khi đột kích vài căn nhà trong thành phố Ramadi ở Iraq vào tháng 3/2006, 2 lính biệt kích của JSOC bị giết chết và 1 người khác bị thương nặng trong cuộc nổ súng tại tầng trệt một căn nhà. Người bị thương là Jay Tabb, thành viên lâu năm của Đội giải cứu con tin (HRT) thuộc FBI và nay là chỉ huy đội.
James Divis, Tùy viên pháp lý của FBI phục vụ tại thủ đô Baghdad của Iraq trong hai năm 2007 và 2008, cho biết các đặc vụ của FBI thường xuyên sát cánh với lực lượng JSOC trong những cuộc chạm trán với quân khủng bố. Nhưng may mắn là không một đặc vụ nào của FBI bị giết chết trong các sứ mạng nguy hiểm ở nước ngoài ngoại trừ một người bị thương là Jay Tabb.
Một số người ủng hộ nhiệm vụ mới của FBI trong cuộc chiến chống khủng bố toàn cầu của Chính phủ Mỹ và nhận định, đó là sự phát triển tất yếu của FBI vốn trước đây chỉ quanh quẩn với sứ mạng phòng chống tội phạm. Song cũng có nhiều người không chấp nhận điều này - theo tiết lộ của Sean Joyce, cựu Phó giám đốc FBI.
Năm 1972, một nhóm khủng bố người Palestine giết chết 11 vận động viên người Israel tại Thế vận hội tổ chức ở thành phố Munich của Đức. Vụ khủng bố gây choáng váng cho lực lượng cảnh sát Đức khi không có khả năng đối mặt với bọn khủng bố và sau đó khiến cho các quốc gia khác phải xem xét lại khả năng chống khủng bố của mình. Năm 1983, ngay trước khi Thế vận hội Los Angeles diễn ra, FBI bắt đầu thành lập HRT.
Tại Fort Bragg bang New York, nơi JSOC đặt trụ sở, Lực lượng Delta huấn luyện các đặc vụ của FBI, họ đột nhập các tòa nhà và đánh giáp lá cà - theo Danny Coulson, lãnh đạo đầu tiên của HRT. Sứ mạng của HRT chủ yếu là trong nước Mỹ, mặc dù đội cũng tham gia các chiến dịch bắt giữ nghi can khủng bố ở hải ngoại. Ví dụ vào năm 1987, FBI phối hợp với điệp viên Cục Tình báo trung ương Mỹ (CIA) trong chiến dịch lừa một nghi can âm mưu không tặc ra chiếc du thuyền ngoài khơi Liban để bắt giữ hắn.
Năm 1989, một nhóm điệp viên HRT bay đến đảo St. Croix trong quần đảo Virgn Islands để tái lập trật tự sau cơn bão Hugo. Cùng năm, theo yêu cầu từ phía quân đội, FBI nhanh chóng triển khai lực lượng đến Panama trước khi Mỹ tiến công xâm lược quốc gia Trung Mỹ này. Sau đó, FBI tiếp tục thắt chặt mối quan hệ với quân đội Mỹ và các nhân viên của FBI được Đặc nhiệm Hải quân Mỹ SEALS huấn luyện tại Coronado bang California.
Mặc dù lằn ranh giữa FBI và quân đội Mỹ rất mờ nhạt, song vào năm 1995 Louis J. Freeh - Giám đốc FBI lúc đó - tuyên bố với các nhà lập pháp Mỹ: "Thành viên của HRT không phải là lính biệt kích. Họ chỉ là đặc vụ FBI và nhiệm vụ của họ là cứu mạng người".
Sau ngày 11/9/2001, FBI trở thành cơ quan mang tính chiến đấu cao hơn. Đầu năm 2003, 2 sĩ quan cao cấp chống khủng bố của FBI bay đến Afghanistan để gặp phó chỉ huy trưởng của JSOC tại căn cứ không quân Bagram. Trong cuộc gặp này, JSOC bày tỏ ý muốn FBI hợp tác săn lùng những nghi can khủng bố và HRT phải được huấn luyện đặc biệt để có thể sát cánh cùng lực lượng JSOC.
Sau cuộc xâm lược của Mỹ vào Afghanistan, nhiệm vụ ban đầu của HRT là bảo vệ các đặc vụ FBI khi rời khỏi Vùng Xanh (Green Zone) và sau đó, tướng Stanley A. McChrystal yêu cầu FBI giúp quân đội thu thập bằng chứng về các nghi can khủng bố.
Năm 2005, toàn bộ thành viên HRT ở Iraq bắt đầu làm việc cho JSOC và tham gia gần 1/10 số vụ nổ súng của lực lượng đặc nhiệm này. Sau khi quân đội Mỹ rút khỏi Iraq, đội HRT của FBI cũng rời khỏi đất nước tan hoang vì chiến tranh này. Tuy nhiên, mối quan hệ hợp tác kín đáo FBI - JSOC vẫn tiếp tục duy trì tại các khu vực khác trên thế giới. Năm 2011, HRT sát cánh với Đặc nhiệm Hải quân Mỹ SEAL đột kích một du thuyền tại Vịnh Aden đang bị cướp biển Somalia khống chế.
Tháng 10/2013, HRT cùng với lực lượng SEAL đột nhập một khu phức hợp nằm dọc bờ biển ở Somalia để truy bắt một nghi can dính líu đến vụ tấn công một trung tâm thương mại ở thành phố Nairobi miền Nam Kenya giết chết hàng chục người.
Cùng thời điểm đó, FBI cũng trợ giúp một toán biệt kích Mỹ bí mật xâm nhập thủ đô Tripoli của Libya nhằm tìm kiếm nghi can khủng bố Al-Qaeda tên là Nazih Abdul-Hamed al-Ruqai sau khi biết tin hắn quay về nước này. Cuối cùng, Ruqai bị bắt giữ đưa về Mỹ để chịu xét xử
