Trước đây Lầu Năm Góc thẳng thừng phủ nhận sự tồn tại của những nhà tù bí mật hoạt động ở Afghanistan, mặc dù các tổ chức nhân quyền lẫn cựu tù nhân đã có sự mô tả về những địa điểm này. Nhưng hiện nay quân đội Mỹ và một số quan chức chính quyền khẳng định sự tồn tại của những trại giam này nhưng tuyên bố đó chỉ là những nhà tù tạm thời phục vụ cho mục đích thu thập thông tin tình báo của CIA. Về phía mình, Lầu Năm Góc cũng cho biết những tù nhân chỉ bị giam giữ tạm thời trong thời gian chừng 14 ngày, ngoại trừ những trường hợp đặc biệt họ có thể bị giam lâu hơn.
Trên thực tế, các quan chức Mỹ giấu tên (vì đây là chương trình giam giữ bí mật của CIA) tiết lộ với Hãng thông tấn Associated Press (AP) rằng, thời gian tạm giam có thể lâu đến 9 tuần lễ, tùy thuộc vào giá trị thông tin do tù nhân khai ra. Số quan chức này cũng cho biết con số những trại giam tạm thời có lẽ là 20, và tất cả đều nằm dưới sự quản lý của đơn vị chống khủng bố của quân đội Mỹ ở căn cứ không quân Bagram - Joint Special Operations Command (JSOC).
Cùng làm việc chung với CIA và những sĩ quan tình báo khác của Mỹ, JSOC đặc biệt thẩm vấn những mục tiêu có giá trị cao - những tù nhân bị nghi ngờ có vai trò quan trọng trong lực lượng Taliban, Al-Qaeda hay những nhóm chiến binh Hồi giáo khác.
Theo Daphne Eviatar, người của tổ chức nhân quyền Human Rights First, nhóm giám sát nhân quyền của bà không tin trại giam của JSOC đang sử dụng một loạt những kỹ thuật tra tấn phổ biến dưới thời chính quyền Bush, nhưng bà cho biết có sự sử dụng biện pháp gây lo sợ và làm nhục để khủng bố tinh thần tù nhân trước khi hỏi cung. Nhiều cựu tù nhân kể "họ bị ép buộc cởi trần truồng trước mặt những tù nhân khác”. Cũng theo nhóm Human Rights First, những tù nhân được người hỏi cung cho biết là sẽ giam giữ họ vô thời hạn.
Đại tá Tim Nye, người phát ngôn của JSOC, thì vẫn khẳng định tù nhân được đối xử theo quy định về giam giữ người của luật pháp nước Mỹ - luật này được soạn thảo lại từ sau chính quyền Bush, trong đó ngăn cấm những kỹ thuật hỏi cung tàn bạo.
Theo một quan chức cao cấp nắm rõ về JSOC, khi những nghi can nổi loạn hay khủng bố bị bắt giữ, trước tiên họ sẽ bị thẩm vấn để xác định vai trò trong nội bộ quân phiến loạn cũng như để khai thác thông tin tình báo. Sau đó, các tù nhân sẽ bị tạm giam 14 ngày trong trại giam của JSOC trước khi được thả ra hay chuyển sang trại giam công khai gọi là Parwan do cả hai phía Mỹ và Afghanistan cùng quản lý. Nhà tù Parwan nằm tiếp giáp với căn cứ không quân Mỹ ở Bagram, phía bắc Labul, cũng là nơi đặt trại tạm giam bí mật.
Hiện thời vẫn chưa rõ con số những tù nhân bị giam trong các trại tạm giam của quân đội Mỹ là bao nhiêu. Nhưng theo Đại úy Pamela Kunze, người phát ngôn của hệ thống trại tạm giam, con số đó là bí mật song chỉ là số nhỏ so với tổng cộng số tù nhân. Năm ngoái, chỉ có 1.300 nghi can trong số 6.600 người bị bắt giữ được chuyển đến nhà tù Parwan, nơi có sức chứa 2.600 tù nhân.
Sắp tới, nhà tù Parwan sẽ từng bước được chuyển giao cho chính quyền Afghanistan kiểm soát. Tuy nhiên, trong thời gian chuyển giao quyền lực cho chính quyền Afghanistan, hệ thống các trại tạm giam của quân đội Mỹ và CIA vẫn được dàn xếp như là một phần trong thỏa thuận về an ninh trong tương lai giữa Washington và Kabul
