Nguyên nhân là do ông Lê Duy Phong đã bị cơ quan chức năng khởi tố về tội “lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản”. Thẻ nhà báo bị thu hồi mang số hiệu DT 00082 kỳ hạn 2016-2020 của ông Lê Duy Phong (bút danh Hải Ninh) được cấp tại Báo điện tử Giáo dục Việt Nam.
Bộ Thông tin và Truyền thông cũng yêu cầu Tổng Biên tập Báo điện tử Giáo dục Việt Nam thu hồi thẻ nhà báo ông Lê Duy Phong gửi về Cục Báo chí (Bộ Thông tin và Truyền thông) trước ngày 12-7-2017.