Theo kết luận thanh tra, đối với 12 dự án thanh tra trực tiếp, về cho thuê đất, UBND tỉnh Cao Bằng ban hành quyết định cho thuê đất nhưng chưa ban hành quyết định thu hồi đất do UBND xã đang quản lý, sử dụng xảy ra tại 2 dự án: Dự án trồng và phát triển cây mắc ca kết hợp với một số cây lâm nghiệp khác tại xã Bạch Đằng, huyện Hòa An (cũ); dự án nhà máy thủy điện Hòa Thuận, xã Hòa Thuận, huyện Phục Hòa (cũ).
Tại thời điểm UBND tỉnh ban hành quyết định cho thuê đất, 3 dự án chưa có trong kế hoạch sử dụng đất cấp huyện, gồm: Dự án trồng và chế biến chè ô long chất lượng cao ở thôn Khau Phạ, xã Bạch Đằng, huyện Hòa An (cũ); dự án trồng rừng gỗ lớn và trồng cây dược liệu dưới tán rừng tại xóm Khuổi Thán, xã Bình Dương, huyện Hòa An (cũ); dự án khai thác và chế biến khoáng sản cát, sỏi lòng sông Bằng Giang tại xã Bế Triều, xã Hồng Việt, huyện Hòa An (cũ). Bên cạnh đó, 4 dự án bị phát hiện chưa được cơ quan có thẩm quyền ban hành quyết định giao đất, cho thuê đất; chưa ký hợp đồng thuê đất nhưng đã hoạt động khai thác khoáng sản trong giai đoạn từ năm 2016 đến tháng 9/2019.
Về chuyển mục đích sử dụng đất, chủ đầu tư 2 dự án chưa tiến hành thủ tục chuyển mục đích sử dụng đất, gồm: Dự án mỏ đá vôi Bản Tin - Lũng Tao, xã Hạnh Phúc, huyện Quảng Hòa (cũ) với 3.000m2 đất nông nghiệp thuê của các hộ gia đình cá nhân; dự án khai thác và chế biến khoáng sản cát, sỏi lòng sông Bằng Giang có khu phụ trợ khoảng 800m2 (chủ đầu tư thuê lại đất nông nghiệp của các hộ dân).
Tại dự án mỏ đá Lý Quốc, xã Lý Quốc, huyện Hạ Lang (cũ), HĐND tỉnh Cao Bằng chưa thông qua nghị quyết, UBND tỉnh chưa ban hành quyết định chuyển mục đích sử dụng đất đối với 1ha đất rừng phòng hộ theo giấy phép khai thác cho thuê đất từ năm 2013. Dự án nhà máy thủy điện Hòa Thuận chưa được HĐND tỉnh thông qua và UBND tỉnh Cao Bằng ban hành quyết định chuyển mục đích sử dụng rừng sang mục đích khác đối với diện tích hơn 23ha rừng.
Đối với nghĩa vụ tài chính về đất, kết luận thanh tra nêu rõ dự án nhà máy thủy điện Bình Long chưa được cơ quan chức năng xác định nghĩa vụ tài chính phải nộp để bảo vệ, phát triển đất trồng lúa đối với diện tích gần 1,68ha. Bên cạnh đó, 4 dự án chưa được cơ quan có thẩm quyền xác định và thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đai…
Về công tác khai thác mỏ vật liệu xây dựng, theo kết luận thanh tra, chủ đầu tư dự án mỏ đá vôi Bản Chá, xã Ngọc Đào, huyện Hà Quảng (cũ) sử dụng đất chưa đúng diện tích, chưa lắp trạm cân, mở sổ theo dõi, thống kê khối lượng khai thác. Dự án chưa có biên bản nghiệm thu khối lượng khai thác của từng khâu công nghệ. Dự án mỏ đá vôi Bản Tin - Lũng Tao chưa trồng cây bao quanh khu vực khai thác, rãnh thoát nước thải. Dự án khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng mỏ đá Lý Quốc chưa có giấy phép môi trường, giấy phép sử dụng vật liệu nổ không ghi rõ lượng thuốc nổ trong một lần sử dụng, phương pháp điều khiển nổ, khoảng cách an toàn, thời điểm nổ mìn.
Dự án khai thác và chế biến cát, cuội, sỏi tại xóm Mỏ Sắt, xóm Bản Mạ, xã Dân Chủ, huyện Hòa An (cũ) có hạng mục công trình bãi chứa thải chưa có trong báo cáo đánh giá tác động môi trường, chưa có trong thiết kế mỏ; không lấy ý kiến cơ quan quản lý nhà nước về các nội dung đường thủy nội địa, phòng chống thiên tai, đê điều, thủy lợi trước khi cấp giấy phép khai thác. Chủ đầu tư chưa tổ chức nghiệm thu công trình hoàn thành, đồng thời chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp thuận kết quả nghiệm thu trước khi đưa vào hoạt động. Chủ đầu tư sử dụng đất chưa đúng diện tích theo giấy chứng nhận đầu tư, giấy phép khai thác; diện tích đất cho thuê tại khu phụ trợ, bãi chứa thải chênh lệch tăng hơn 4.500m2 so với diện tích đất của dự án được chấp thuận đầu tư.
Dự án khai thác và chế biến khoáng sản cát, sỏi lòng sông Bằng Giang, xã Bế Triều, xã Hồng Việt, huyện Hòa An (cũ) chậm phê duyệt phương án cải tạo phục hồi môi trường, không tiến hành thủ tục cấp giấy phép môi trường. Thanh tra còn phát hiện chủ đầu tư chưa lắp trạm cân, mở sổ theo dõi, thống kê khối lượng khai thác và chưa có biên bản nghiệm thu khối lượng khai thác của từng khâu công nghệ…
Trước những vi phạm, Thanh tra Chính phủ đề nghị UBND tỉnh Cao Bằng tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm và xử lý theo thẩm quyền đối với những vi phạm nêu trên. Đồng thời, chỉ đạo tổ chức thực hiện nghiêm túc, kịp thời các nội dung kết luận, kiến nghị thanh tra, có biện pháp chấn chỉnh, khắc phục, xử lý những hạn chế, vi phạm. Trong quá trình thực hiện kết luận thanh tra, nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hình sự thì phải chuyển cơ quan điều tra theo quy định. Đồng thời rà soát các dự án tương tự trên địa bàn, nếu phát hiện vi phạm thì xử lý theo quy định của pháp luật.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra một số vi phạm tại dự án nâng cấp đường tuyến Lộ Tẻ-Rạch Sỏi 
Thanh tra Chính phủ chỉ rõ nhiều vi phạm tại dự án Nhà máy nhiệt điện An Khánh-Bắc Giang 
