Theo kết luận thanh tra, ngày 25/6/1997, Thủ tướng Chính phủ có Văn bản số 3168/KTN về chủ trương Dự án Nhà máy xi măng Thái Nguyên với công suất 1,4 triệu tấn xi măng/năm, địa điểm tại xã La Hiên, huyện Võ Nhai, tỉnh Thái Nguyên. Ngày 30/5/2001, Thủ tướng Chính phủ có Văn bản số 475/CP-CN về việc chuyển đổi cho VINAINCON làm chủ đầu tư dự án Nhà máy xi măng Thái Nguyên. Ngày 8/2/2002, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 140/Q Đ-TTgCP phê duyệt Dự án Nhà máy xi măng Thái Nguyên (sau này là Nhà máy xi măng Quang Sơn) với địa điểm thôn Đồng Thu, xã Quang Sơn, huyện Đồng Hỷ, tỉnh Thái Nguyên với diện tích đất 40,8 ha, công suất 1.51 triệu tấn xi măng/năm, tổng mức đầu tư 2.775 tỷ đồng, tương đương 185 triệu đô la Mỹ, phần ngoại tệ sử dụng khoảng 70 triệu USD; nguồn vốn gồm vốn tự có, vốn vay quỹ hỗ trợ phát triển và các ngân hàng thương mại trong nước; thời gian thực hiện dự án 39 tháng kể từ ngày ký quyết định. Năm 2017 đề nghị quyết toán là hơn 3.838 tỷ đồng.
Kết luận nêu rõ, dự án Nhà máy xi măng Quang Sơn được đầu tư xây dựng trên địa bàn huyện Đồng Hỷ và Võ Nhai, tỉnh Thái Nguyên; kết quả hoạt động kinh doanh đến ngày 31/12/2021 thua lỗ gần 1.950 tỷ đồng. Theo đó, Thanh tra Chính phủ đã chuyển hồ sơ vụ việc có dấu hiệu tội phạm sang Bộ Công an chỉ đạo cơ quan điều tra, xác minh một số vụ việc.
Cụ thể, việc VINAINCON phê duyệt điều chỉnh vượt tổng mức đầu tư là không đúng thẩm quyền, không đúng quy định, vi phạm Luật Đấu thầu, Luật Xây dựng, không đúng với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và có nguy cơ gây thiệt hại số tiền 1.063 tỷ đồng. Ngoài ra, còn thu lợi bất chính trong thăm dò, khai thác tài nguyên số tiền trên 46 tỷ đồng.
Căn cứ hồ sơ, tài liệu và kết quả kiểm tra xác minh, việc triển khai, thực hiện dự án có dấu hiệu vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng theo Điều 222; dấu hiệu vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng theo Điều 224 và tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng theo Điều 360 của Bộ luật Hình sự năm 2015, được sửa đổi, bổ sung năm 2017 tại các gói thầu số 01, 02, 03.
Cụ thể, gói thầu số 01 được phê duyệt kế hoạch đấu thầu không đúng thẩm quyền; giá chào thầu cao hơn kế hoạch là 17,6487 triệu USD, tương đương hơn 322 tỷ đồng, nhưng vẫn cho trúng thầu. Việc ký hợp đồng có một số khối lượng cung cấp thấp hơn so với yêu cầu của hồ sơ mời thầu, nhưng giá hợp đồng không giảm, nguy cơ làm thất thoát gần 4 triệu Euro, tương đương khoảng 79 tỷ đồng (thời điểm ngày 9/9/2005). Việc xác định tổng chi phí chuyên gia giám sát phát sinh hơn 1,3 triệu Euro, tương đương hơn 34,5 tỷ đồng (thời điểm ngày 31/12/2014).
Tại gói thầu số 02 và 03, VINAINCON và Công ty TNHH MTV Xi măng Quang Sơn không tự mua sắm thiết bị, xe máy để khai thác mà chuyển sang hình thức thuê Công ty Cổ phần Khai thác đá vôi Quang Sơn khai thác không đúng kế hoạch được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Năm 2008, VINAINCON không tổ chức đấu thầu để lựa chọn nhà thầu khai thác, bốc xúc, vận chuyển đá vôi, đá sét cho Nhà máy xi măng Quang Sơn. Năm 2023 tổ chức đấu thầu với kết quả trúng thầu giảm hơn 47,5 tỷ đồng, nguy cơ gây thiệt hại số tiền này.
Ngoài ra, doanh nghiệp còn khai thác trái phép hơn 806.000 tấn đá, bán ra thị trường làm đá xây dựng, thu lợi bất chính gần 47 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ cũng đề nghị chuyển thông tin để Bộ Công an giao cơ quan chức năng xác minh đối với một số gói thầu tư vấn và gói thầu xây lắp tại gói thầu 32A, gói thầu số 13, gói thầu số 14, gói thầu số 19. Ngoài ra, một số sai phạm khác với số tiền gần 364 tỷ đồng do VINAINCON điều chỉnh vượt tổng mức đầu tư, không đúng thẩm quyền, không được phép điều chỉnh bù trượt giá theo quy định của pháp luật, nguy cơ gây thiệt hại cũng được Thanh tra Chính phủ đề nghị làm rõ.
Cũng theo kết luận thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công Thương, Bộ Tài chính và một số bộ có liên quan, UBND tỉnh Thái Nguyên tổ chức kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân qua các thời kỳ trong việc thực hiện chức trách, nhiệm vụ được giao, tham mưu, đề xuất, thiếu kiểm tra để xảy ra thiếu sót, sai phạm. Căn cứ kết quả kiểm điểm của các bộ, UBND tỉnh Thái Nguyên, Bộ trưởng Bộ Công thương, Bộ trưởng Bộ Tài chính và một số bộ trưởng có liên quan, Chủ tịch UBND tỉnh Thái Nguyên xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý trách nhiệm đối với những tập thể, cá nhân có sai phạm theo quy định. Trong quá trình tổ chức thực hiện, nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì chuyển cơ quan điều tra để xử lý theo quy định của pháp luật.
Thanh tra dự án khu nhà ở Tam Thai có nhiều vi phạm về xây dựng 
Công bố Kết luận Thanh tra dự án Thảo Cầm Viên mới 
