Thời gian đó, việc thu thập, xử lý và phân tích thông tin, về cơ bản do các cơ quan và các lực lượng tình báo của Mỹ thực hiện, còn việc gửi đi có chọn lọc các tin tức tình báo thông qua mạng lưới của các trung tâm tình báo của Mỹ. Nếu như ở NATO, Mỹ là nước cơ bản cung cấp thông tin, thì EU muốn có những nguồn tin độc lập và tin cậy của mình.
Vì vậy trong năm 1999, trong lúc chiến dịch quân sự của NATO, diễn ra quyết liệt nhất ở Kosovo, những người đứng đầu liên minh EU đã gặp nhau ở Cologne, đặt ra những nhiệm vụ cùng có những biện pháp cần thiết để thích nghi và mở rộng những khả năng trong lĩnh vực tình báo, các phương tiện vận tải chiến lược, phương tiện điều khiển chiến đấu...
EU quyết định lập ra hàng loạt các cơ cấu tổ chức, Ủy ban về Chính trị và An ninh (Polotical an Security Cominittee), Ủy ban Quân sự của EU (EU Military Cominittee, Trung tâm Phân tích tình hình (Situation Center), Trung tâm Tình báo vũ trụ (Satellite Center), Viện Nghiên cứu về các vấn đề an ninh (Institute for Security Studies).
Hiện nay, trong khuôn khổ của EU có 5 tổ chức cơ bản tiến hành hoạt động tình báo.
1. Europol: đảm bảo phối hợp hoạt động và trao đổi thông tin về đấu tranh với chủ nghĩa khủng bố, mua bán ma túy, di cư bất hợp pháp, rửa tiền và các tội phạm nghiêm trọng khác v.v... Việc phối hợp hoạt động được thực hiện thông qua các sĩ quan biệt phái của các ngành an ninh quốc gia các nước thành viên của EU.
2. Cục Tình báo của ban tham mưu quân sự: có nhiệm vụ cảnh báo sớm trong việc các tình huống xung đột xảy ra, đánh giá tình hình ở các vùng mà EU quan tâm, đảm bảo lập các kế hoạch có tính chất chiến lược về sử dụng các lực lượng siêu quốc gia.
3. Trung tâm Phân tích tình hình trực thuộc Hội đồng EU (EU Council of Miniters): thực hiện nhiệm vụ điều phối toàn bộ hoạt động tình báo trong khuôn khổ của EU. Ở trung tâm không có phương tiện riêng khai thác thông tin và nó đưa ra các sản phẩm tình báo của mình có tính tới các tin tức do các cơ quan tình báo của các nước thành viên của EU cung cấp. Trung tâm này hiện nay là một trong những thành phần then chốt trong quá trình đấu tranh đối với các đe dọa khủng bố.
4. Trung tâm Tình báo vũ trụ: đặt ở thành phố Torrehon của Tây Ban Nha, bắt đầu hoạt động vào năm 1997. Nhiệm vụ của trung tâm là điều phối các luồng tin từ các cơ quan tình báo vũ trụ của các quốc gia gửi đến, trong đó có từ hệ thống tình báo quang học điện từ "Helios" và có khả năng cả từ hệ thống tình báo vũ trụ định vị vô tuyến của "Cap Lupe".
5. Nhóm "Câu lạc bộ Berlin": không giống như thể chế và các nhóm khác hoạt động độc lập với EU, không lập ra ban tham mưu riêng để tổ chức trao đổi thông tin và không có quyền đòi hỏi các cơ quan tình báo quốc gia, các cơ quan tình báo của EU cung cấp dữ liệu. Trong khi đó, trong khuôn khổ của các câu lạc bộ có thể lập ra các nhóm làm việc đặc biệt, ví dụ nhóm về đấu tranh với các mối đe dọa khủng bố và nhóm soạn thảo các tài liệu phân tích của mình (về cơ bản phối hợp hoạt động với Mỹ).
Con đường đi đến thành lập được cộng đồng tình báo châu Âu hiện nay gặp không ít khó khăn vì cơ quan tình báo quốc gia không muốn chia sẻ thông tin cho nhau. Và về thực chất việc phối hợp hoạt động chỉ hạn chế ở thu nhập, phân tích thông tin ở Trung tâm Tình báo vũ trụ Torrehon.
Liên minh xuyên Đại Tây Dương của Mỹ và Anh là một trong những nguyên nhân quan trọng nhất cản trở sự hình thành các cơ quan tình báo thống nhất và cả thực hiện chính sách độc lập của EU.
Hiện nay hệ thống tình báo vô tuyến "Echelon" có các phương tiện và các trạm tình báo vô tuyến điện tử trên mặt đất, trên biển và trong vũ trụ trên khắp thế giới với nhiệm vụ kiểm soát toàn cầu cả các đường thông tin liên lạc, các cuộc nói chuyện điện thoại kể cả điện thoại di động, tất cả các luồng thông tin trên mạng. Việc kiểm soát hệ thống "Echelon" trên phạm vi toàn cầu đối với các đường thông tin liên lạc của các nước thành viên EU là tin giật gân thật sự, còn Nghị viện của Liên minh châu Âu đã chuẩn bị đưa ra nghị quyết "Quan hệ xuyên Đại Tây Dương/hệ thống Echelon" nhằm tiến hành các biện pháp khẩn cấp để bảo vệ các hệ thống thông tin và các nguồn tin của các quốc gia trong EU.
Về sau này, với mục đích làm giảm căng thẳng, hàng loạt các nước thành viên của EU (trên cơ sở thỏa thuận song phương với Mỹ) đã tiếp cận được một số dữ liệu do hệ thống "Echelon" khai thác được và chính các nước này lo sợ bị mất đi vị trí "ưu đãi" thường cản trở sự hòa nhập và hình thành cộng đồng tình báo siêu quốc gia thống nhất trong khuôn khổ EU. Pháp đã quyết định thành lập và khai thác hệ thống tình báo quang học - điện từ vũ trụ "Helios" có Tây Ban Nha và Italia tham gia (vì lợi ích của EU, những tin như thế được chuyển đến Trung tâm Tình báo vũ trụ Torrehon) và hệ thống tình báo vô tuyến điện tử Franchelon.
Cùng với các nước khác trong EU không ủng hộ chiến dịch của Mỹ chống Iraq trong năm 2003, Pháp khăng khăng đòi thành lập trong thành phần của Ban tham mưu quân sự một trung tâm mới vạch kế hoạch điều khiển thống nhất. Điều này khiến NATO và đặc biệt là Mỹ phản đối, họ khẳng định một trung tâm như thế sẽ là cơ quan trùng lặp không cần thiết vì Ban tham mưu quân sự của NATO đã vận hành có kết quả từ lâu. Nhưng các nhân vật chính khác của EU vẫn khẳng định là hai liên minh có những nhiệm vụ khác nhau nên phải có những cơ quan điều khiển và lập kế hoạch khác nhau.
Trung tâm mới bắt đầu làm việc vào mùa hè năm 2007. Khi đó có 76 người là đại diện quân sự và 13 đại diện dân sự của các nước EU nằm trong thành phần của Trung tâm có nhiệm vụ (trong khuôn khổ của EU) lập kế hoạch độc lập về các chiến dịch quân sự và quân sự - dân sự kết hợp. Còn vào tháng 11/2007, ông Solana là người lãnh đạo của Ban tham mưu và bảo đảm an ninh - chính sách quốc phòng của EU, đã kiến nghị tăng số lượng của trung tâm lên 200 người và cải thiện trang bị kỹ thuật cho trung tâm.
Trong khi đó, những vấn đề trong nội bộ của EU cũng không cho phép hình thành hệ thống tình báo thống nhất. Các ngành tình báo của các nước phát triển không thấy có lợi gì trong công việc tổ chức hợp tác đa quốc gia chặt chẽ hơn nữa và trong việc lập ra cộng đồng tình báo EU. Trong khi đó, các quốc gia không có cơ quan tình báo mạnh nhưng có nghĩa vụ nhất định trước EU lại nằng nặc đòi lập cộng đồng tình báo thống nhất. Như vào năm 2005, Tổng thống Rumani đã có đề nghị như thế.
Mặc dù ở EU đã có hàng loạt những kiến nghị về triển vọng dài hạn vấn đề tổ chức hệ thống tình báo châu Âu thống nhất vẫn còn để ngỏ. Trong khi đó, mỗi nước kiên quyết đảm bảo an ninh mạng lưới thông tin, đặc biệt là bảo vệ bí mật các nguồn tin của mình là một trong những nguyên nhân cơ bản làm cho các hoạt động tình báo của các nước khác nhau ở NATO và EU không thể phối hợp nhịp nhàng.
Triển vọng hòa nhập để tiến tới thành lập cộng đồng tình báo EU càng trở lên mù mịt vì khủng hoảng tài chính toàn cầu còn tiếp diễn và vì Tổng thống Pháp Sarkozy lại có ý định đưa nước Pháp trở lại tham gia quân sự trong liên minh Bắc Đại Tây Dương sau trên 40 năm rút ra khỏi liên minh này
