Trong đó, sửa đổi, bổ sung tên và các khoản 1, khoản 2 và khoản 3 của Điều 3. Nội dung sửa đổi cụ thể như sau:
Người nộp phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí theo tháng, quý, năm hoặc theo từng lần phát sinh; nộp phí, lệ phí cho tổ chức thu hoặc Kho bạc Nhà nước bằng các hình thức: Nộp trực tiếp bằng tiền mặt hoặc thông qua tổ chức tín dụng, tổ chức dịch vụ và hình thức khác theo quy định của pháp luật.
Căn cứ tính chất, đặc điểm của từng khoản phí, lệ phí, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định cụ thể hình thức nộp, kỳ kê khai, nộp phí, lệ phí cho phù hợp.
Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí thu được như sau:
Định kỳ hằng ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách tại Kho bạc Nhà nước; tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí thu được vào tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc nộp lệ phí vào tài khoản thu ngân sách Nhà nước tại Kho bạc Nhà nước.
Căn cứ số tiền phí, lệ phí thu được nhiều hay ít, nơi thu phí, lệ phí xa hay gần Kho bạc Nhà nước, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định định kỳ ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong kỳ vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách, tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí đã thu được trong kỳ vào tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc tài khoản thu ngân sách nhà nước.
Tổ chức thu phí kê khai, nộp tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo tháng, quyết toán năm và tổ chức thu lệ phí kê khai, nộp lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo tháng theo quy định của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 91/2022/NĐ-CP ngày 30/10/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.
Tổ chức thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh, Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, thu, nộp phí, lệ phí theo quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.
Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện lập và cấp chứng từ thu phí, lệ phí theo quy định tại Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định về hoá đơn, chứng từ, Nghị định số 11/2020/NĐ-CP ngày 20/1/2020 của Chính phủ quy định về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước.
Nghị định có hiệu lực thi hành từ 12/1/2024.
Đề xuất triển khai thu phí không dừng tại các cảng hàng không 
Vẫn nộp phí khi xóa bỏ Quỹ bảo trì đường bộ 
