Lãnh đạo MRB Hà Nội cũng thừa nhận dự án hiện đang gặp các vấn đề khó khăn gây ảnh hưởng đến tiến độ. Trong đó, ảnh hưởng của đại dịch COVID-19 làm chậm trễ, gián đoạn sản xuất, nhập khẩu thiết bị và huy động chuyên gia từ châu Âu, dẫn đến các gói thầu thiết bị kéo dài và tăng chi phí. Ngoài ra, việc chậm do vướng mắc về giải phóng mặt bằng, di dời hạ tầng kỹ thuật cũng ảnh hưởng đến tiến độ dự án.
Mặt khác, việc gia hạn thời gian hợp đồng và bổ sung chi phí do việc kéo dài thời gian dẫn đến các tranh chấp với nhà thầu quốc tế, gây khó khăn cho cơ quan quản lý của Việt Nam trong việc lựa chọn áp dụng quy định để giải quyết tranh chấp; các vướng mắc liên quan đến quy chuẩn, tiêu chuẩn, các quy định về định mức, đơn giá, giá vật tư, thiết bị chuyên ngành đường sắt đô thị.
Đơn vị này cũng thừa nhận vướng mắc liên quan đến điều chỉnh Hợp đồng Tư vấn Systra (hợp đồng trọn gói) nên việc quản lý thực hiện và thương thảo, điều chỉnh hợp đồng của chủ đầu tư với tư vấn luôn gặp khó khăn. Đơn vị tư vấn chưa cung cấp đầy đủ, hiệu quả cho chủ đầu tư các giải pháp giải quyết các vướng mắc. Đến nay có tới 9/10 gói thầu cần phải ký kết các phụ lục gia hạn thời gian thực hiện và bổ sung các chi phí do kéo dài thời gian thực hiện hợp đồng.
Để tháo gỡ, MRB đã kiến nghị UBND TP Hà Nội báo cáo Chính phủ xin điều chỉnh thời gian hoàn thành và bổ sung nguồn vốn cho dự án metro Nhổn-ga Hà Nội.
Cụ thể, MRB Hà Nội đề xuất điều chỉnh thời gian thực hiện dự án từ giai đoạn 2009-2022 thành 2009-2029, trong đó đưa vào khai thác, vận hành đoạn trên cao trong năm 2022; vận hành toàn tuyến vào năm 2027 và hoàn thành bảo hành, quyết toán vào năm 2029.
MRB cũng đề nghị điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án là 34.532 tỷ đồng, tăng khoảng 4.905,24 tỷ đồng (tương đương khoảng 202,81 triệu Euro), việc điều chỉnh tổng mức đầu tư là do sự biến động của tỷ giá quy đổi (tiền Euro sang tiền đồng) khi thanh toán khối lượng thực hiện; do điều chỉnh thiết kế và các yêu cầu kỹ thuật để phù hợp với thực tế thi công và phương án vận hành; do chậm trễ tiến độ dẫn đến phải gia hạn thời gian thực hiện; cập nhật các chi phí trong tổng mức đầu tư; bổ sung các phần việc còn thiếu…
Nhà thầu Dự án đường sắt đô thị Nhổn - Ga Hà Nội dừng thi công, đòi bồi thường 114,7 triệu USD 
Dự án đường sắt đô thị Nhổn - Ga Hà Nội sẽ khai thác trước 8km trên cao vào năm 2021 
