Trong quá trình CPH và thoái vốn còn một số hạn chế, thiếu sót và vi phạm về căn cứ pháp lý, trình tự, thủ tục CPH; xác định giá trị tài sản công trình xây dựng trên đất; xác định giá trị tài sản là quyền sử dụng đất. Trong đó có cả hạn chế, thiếu sót và vi phạm về xác định giá trị tài sản là quyền sử dụng đất tại Dự án khu đô thị du lịch sinh thái Đại Phước.
Đơn vị tư vấn là Công ty CP giám định, thẩm định Việt Nam (VIVACO) và Bộ Xây dựng đã không xác định lại giá trị quyền sử dụng khu đất làm dự án, mà sử dụng tập hợp chi phí đầu tư và giá trị quyền phát triển dự án để tính vào giá trị doanh nghiệp CPH là không đúng quy định tại Nghị định 17/2006/NĐ-CP về sửa đổi, bổ sung một số điều của các nghị định hướng dẫn thi hành Luật Đất đai; Nghị định số 187/2004/NĐ-CP về việc chuyển công ty Nhà nước thành công ty cổ phần của Chính phủ. Mặt khác, Nghị định 188/2004/NĐ-CP của Chính phủ đã quy định phương pháp xác định giá đất: giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực tế trên thị trường trong điều kiện bình thường… TTCP đã đề nghị và ngày 29/8/2023 UBND tỉnh Đồng Nai đã có văn bản xác định vị trí dự án chưa được ghi nhận trong bảng giá đất giai đoạn 2006-2008. Khu vực này không có giao dịch chuyển nhượng quyền sử dụng đất ở giai đoạn 2006-2008 nên không xác định được giá thị trường.
Theo TTCP, việc tập hợp chi phí đầu tư và giá trị quyền phát triển Dự án khu đô thị du lịch sinh thái Đại Phước đã tính vào giá trị doanh nghiệp CPH là hơn 478 tỷ đồng, bao gồm chi phí nộp tiền sử dụng đất gần 46 tỷ đồng; chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng hơn 184 tỷ đồng; giá trị quyền phát triển dự án 62 tỷ đồng; các chi phí khác hơn 185 tỷ đồng. Bình quân tính trên diện tích giao đất có thu tiền (theo quyết định giao đất năm 2004 là gần 238 ha) chỉ là 200 nghìn đồng/m2. Nếu không tính giá trị quyền phát triển dự án, bình quân chỉ là 174 ngàn đồng/m2. Trong khi đó giá đất ở nông thôn thuộc vị trí 6 nêu trong Bảng giá đất năm 2007 là 80 nghìn đồng/m2.
Mặc dù việc tập hợp chi phí đầu tư và giá trị quyền phát triển dự án đã tính vào giá trị doanh nghiệp cao hơn giá trị quyền sử dụng đất tính theo Bảng giá đất năm 2007 do UBND tỉnh Đồng Nai quy định. Tuy nhiên, nhằm đảm bảo giá trị quyền sử dụng đất của dự án đưa vào xác định giá trị doanh nghiệp CPH sát với giá thị trường theo quy định Nghị định số 17/2006/NĐ-CP của Chính phủ, TTCP đề nghị Bộ Xây dựng và UBND tỉnh Đồng Nai rà soát để xử lý theo đúng quy định của pháp luật về CPH doanh nghiệp.
Tổng Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Xây dựng thực hiện các biện pháp xử lý những tồn tại, hạn chế, vi phạm trong quá trình CPH và thoái vốn. Đối với Dự án khu đô thị du lịch sinh thái Đại Phước, Bộ Xây dựng chủ trì, phối hợp với UBND tỉnh Đồng Nai rà soát lại việc xác định giá trị tài sản là quyền sử dụng đất tại dự án. Nếu giá trị quyền sử dụng đất được xác định lại thấp hơn tập hợp chi phí đầu tư và giá trị quyền phát triển dự án đã tính vào giá trị doanh nghiệp thì giữ nguyên, nếu cao hơn thì thu nộp bổ sung vào ngân sách Nhà nước.
Làm rõ các sai phạm tại dự án khu dân cư gần 48 ha theo yêu cầu của Thanh tra Chính phủ 
Thanh tra Chính phủ chỉ rõ sai phạm tại dự án cao ốc của Donacoop 
