SCIC được giao thực hiện việc tiếp nhận, chuyển giao quyền đại diện vốn nhà nước; thực hiện quyền, nghĩa vụ của chủ sở hữu vốn nhà nước tại doanh nghiệp; đầu tư kinh doanh vốn; quản lý sử dụng Quỹ hỗ trợ, sắp xếp và phát triển doanh nghiệp…
Theo TTCP, trong quá trình hoạt động, SCIC đã có nhiều nỗ lực, cố gắng và tích cực góp phần có hiệu quả các chỉ đạo của Đảng, Nhà nước trong việc quản lý, đầu tư kinh doanh vốn nhà nước, góp phần đẩy nhanh tiến trình sắp xếp, đổi mới, nâng cao hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp nhà nước. Tuy nhiên, qua công tác thanh tra cho thấy, SCIC còn có nhiều khuyết điểm, vi phạm.
Cụ thể, việc tiếp nhận, chuyển giao quyền đại diện vốn nhà nước của SCIC có nhiều tồn tại, thiếu chính xác và chậm trễ. Điển hình như, SCIC tiếp nhận Vietracimex không có quyết định của Thủ tướng Chính phủ, không thuộc đối tượng chuyển giao theo quy định của pháp luật; tổng hợp, báo cáo việc đại diện vốn tại Tổng Công ty CP Bảo hiểm Việt Nam trên cơ sở nhận chuyển giao quyền đại diện chủ sở hữu từ Vinashin là không đúng quy định; theo dõi, tổng hợp báo cáo với Thủ tướng Chính phủ và các cơ quan có thẩm quyền việc tiếp nhận Công ty CP Dịch vụ và Đầu tư phát triển Việt Ninh từ Ninh Thuận, sau đó đã bàn giao trả lại địa phương từ năm 2009, trong khi thực tế SCIC chưa tiếp nhận doanh nghiệp này.
Từ năm 2008-2013, SCIC chuyển giao lại quyền đại diện vốn nhà nước về Bộ, địa phương quản lý tổng số 30 doanh nghiệp. Tuy nhiên, chỉ có Công ty CP Hàng không Jetstart Pacific Airline là có văn bản quyết định của Thủ tướng Chính phủ, còn lại 29 doanh nghiệp việc chuyển giao chưa rõ ràng.
Trong việc thực hiện các dự án đầu tư, một số người đại diện vốn chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ và trách nhiệm của mình, để doanh nghiệp vi phạm các quy định về đấu thầu trong quá trình thực hiện dự án đầu tư; thực hiện đầu tư dự án trước khi được đại hội cổ đông thông qua, không thẩm định hiệu quả của phương án đầu tư; thực hiện các dự án đầu tư không hiệu quả, quản lý dự án đầu tư không tốt dẫn đến khó thu hồi vốn đầu tư.
Theo TTCP, công tác quản lý tài chính tại một số công ty do người đại diện vốn SCIC tham gia quản lý điều hành còn để xảy ra nhiều khuyết điểm, vi phạm tại một số doanh nghiệp, như: tính trích lập dự phòng sai quy định; sử dụng hóa đơn không hợp pháp, không hợp lệ làm chứng từ thanh toán; chi phí quản lý doanh nghiệp không hợp lý, hợp lệ… với tổng số tiền 183,333 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, việc cổ phần hóa đối với doanh nghiệp (trước khi chuyển giao về SCIC) tại Vinaconex, việc xác định giá trị doanh nghiệp khi cổ phần hóa còn chưa chính xác đối với khu đất và tài sản trên đất tại 47 Điện Biên Phủ, quận 1, TP Hồ Chí Minh…
Đối với việc bán phần vốn đầu tư của SCIC tại một số doanh nghiệp, SCIC lập kế hoạch bán vốn hằng năm chưa có kế hoạch kinh doanh dài hạn để làm căn cứ. Công tác quản lý tài chính, mua sắm đầu tư xây dựng cơ bản của SCIC có một số vi phạm như: lập hồ sơ hoàn công, quyết toán, hạng mục phát sinh thiếu thủ tục theo quy định, nghiệm thu thanh toán sai khối lượng là hơn 251 triệu đồng, sai phạm khác là hơn 129 triệu đồng…
Từ kết quả thanh tra, TTCP kiến nghị SCIC cần tăng cường công tác giám sát của đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước trong việc quản lý vốn đầu tư vào doanh nghiệp khác, kiểm tra, giám sát hoạt động của người đại diện…
TTCP cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính phối hợp với các cơ quan chức năng xử lý kinh tế số tiền hơn 600 tỷ đồng là các khoản tính trích lập dự phòng sai quy định, sử dụng hóa đơn không hợp pháp, hợp lệ, chi phí không hợp lý, nợ thuế…
Đồng thời, kiến nghị Bộ Tài chính, SCIC kiểm điểm và chỉ đạo kiểm điểm trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân theo thẩm quyền quản lý; đề xuất hoặc áp dụng ngay biện pháp chấn chỉnh, khắc phục, xử lý khuyết điểm, vi phạm.
