Về trình tự thực hiện thủ tục, Nghị định bãi bỏ một số thủ tục, giấy tờ không cần thiết như: Bãi bỏ việc UBND xã xem xét xác nhận tranh chấp sử dụng đất đối với trường hợp hộ gia đình, cá nhân có giấy tờ về quyền sử dụng đất (đất rừng, đất trồng lúa, đất ven sông, ven biển…); bãi bỏ thủ tục đăng ký chuyển mục đích sử dụng đất quy định tại Khoản 2 Điều 36 của Luật hiện hành. Ngoài ra một số giấy tờ không cần thiết hoặc gây thêm phức tạp trong hồ sơ thực hiện một số thủ tục cũng được bãi bỏ như: thủ tục cấp giấy chứng nhận cho cơ sở tôn giáo đang sử dụng đất; bãi bỏ văn bản đề nghị của tổ chức tôn giáo có cơ sở tôn giáo, có xác nhận của UBND cấp xã về nhu cầu sử dụng đất của cơ sở tôn giáo.
Nghị định quy định việc tổ chức tiếp nhận và trả kết quả giải quyết thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa để bảo đảm thực hiện thống nhất trong cả nước. Bên cạnh đó một số loại thủ tục được giảm thời gian thực hiện 5 ngày so với quy định hiện hành đối với các thủ tục cấp giấy chứng nhận; chuyển mục đích sử dụng đất; thực hiện các quyền: Đăng ký, cấp Giấy chứng nhận (GCN) lần đầu không quá 30 ngày; đăng ký, cấp GCN bổ sung đối với tài sản gắn liền với đất không quá 20 ngày; đăng ký biến động trong các trường hợp: Xác nhận tiếp tục sử dụng đất nông nghiệp của hộ gia đình, cá nhân; chuyển đổi, chuyển nhượng, thừa kế, tặng cho, đăng ký góp vốn; chuyển quyền của vợ hoặc chồng thành của chung hai vợ chồng là không quá 10 ngày; cấp đổi GCN không quá 10 ngày; tách thửa, hợp thửa đất; thủ tục đăng ký đất đai đối với trường hợp được Nhà nước giao đất để quản lý là không quá 20 ngày; đăng ký xác lập hoặc thay đổi, chấm dứt quyền sử dụng hạn chế thửa đất liền kề là không quá 10 ngày…