Tài liệu - lập trong tháng 9/2007 - và được gọi là "Ma trận về những dấu hiệu đe dọa từ những chiến binh thù địch của Lực lượng đặc nhiệm phối hợp (JTF)", gọi tắt là "Ma trận về mối đe dọa" - đưa ra nhận định: "Thông qua sự liên kết với những tổ chức này, một tù nhân có thể cung cấp sự hỗ trợ cho Al- Qaeda hay Taliban, hoặc có những hành vi thù địch chống Mỹ hay các lực lượng đồng minh (ở Afghanistan)".
Chuyện tiết lộ ISI từng bị Mỹ coi là mối đe dọa nguy hiểm ngang bằng với Al-Qaeda và Taliban đương nhiên sẽ gây tức giận cho Pakistan, từ đó có thể dẫn đến sự tổn hại nghiêm trọng trong quan hệ vốn đã bị sứt mẻ giữa cộng đồng tình báo Mỹ và các đối tác Pakistan của họ, trong khi Islamabad là đồng minh chủ chốt trong chiến dịch săn lùng Osama bin Laden và những nhóm chiến binh Hồi giáo khác ở khu vực Nam Á.
"Ma trận về mối đe dọa" của JTF được sử dụng để quyết định xem những ai trong số hàng trăm tù nhân Guantanamo có thể được thả. ISI bị Mỹ liệt kê trong danh sách 36 nhóm khủng bố bao gồm Thánh chiến Hồi giáo Ai Cập (EIJ) do phó tướng Al-Qaeda Ayman al-Zawahiri lãnh đạo, Đội quân phá hoại của những người Checchen tử vì đạo, các cơ quan tình báo Iran và tổ chức Muslim Brotherhood. Mặc dù tài liệu được lập năm 2007 nhưng cho đến nay, ISI vẫn chưa được gỡ bỏ khỏi danh sách của “Ma trận”.
Theo tình báo Mỹ, ISI ủng hộ, hợp tác và bảo vệ quân phiến loạn ở Afghanistan, hay thậm chí hỗ trợ cho Al-Qaeda. Nhưng trước sau như một, Pakistan luôn phủ nhận bất cứ mối liên quan nào đến quân phiến loạn ở Afghanistan hay Al- Qaeda.
Ngoài ra, các tài liệu được Wikilleaks tiết lộ còn kể chi tiết về sự hợp tác chặt chẽ giữa ISI và tình báo Mỹ. Ví dụ như nhiều phần tử được chuyển đến nhà tù Vịnh Guantanamo - bao gồm những nhân vật trụ cột của Al-Qaeda như Khaled Sheikh Mohammed, người đạo diễn cuộc tấn công khủng bố ngày 11/9; và Abu Farraj al-Libbi, một trong những người lập kế hoạch có khả năng nhất của Al-Qaeda - bị bắt giữ dưới sự giúp sức của Pakistan hay được tình báo Pakistan chuyển giao cho Mỹ.
Nhiều tài liệu tiết lộ về các hoạt động của ISI trong năm 2002 hay 2003, tức khá lâu trước khi diễn ra sự thay đổi chính sách của Mỹ vào năm 2007 cho thấy chính quyền Bush có thái độ chỉ trích mạnh hệ thống cơ quan an ninh của Pakistan và bản thân Bush cũng không hề có thiện cảm với tướng Perver Musharraf là tổng thống Pakistan lúc đó.
Ví dụ như một trong nhiều lý do buộc các quan chức Guantanamo tiếp tục giam giữ Harun Shirzad al-Afghani, một cựu chiến binh Hồi giáo được chuyển đến nhà tù này trong tháng 6/2007. Tù nhân này được CIA tin là đã tham dự một cuộc họp trong tháng 8/2006, lúc đó quân đội và quan chức tình báo Pakistan gặp gỡ những nhân vật chủ chốt của Taliban, Al-Qaeda, nhóm Lashkar e-Taiba chịu trách nhiệm về vụ tấn công Mumbai năm 2008 và nhóm Hezb-e-Islami do Gulbuddin Hekmatyar lãnh đạo.
Cuộc họp bàn luận về những chiến dịch ở Afghanistan chống liên quân do Mỹ dẫn đầu. Tình báo Mỹ cũng có trong tay bức thư chưa được kiểm chứng trong đó mô tả cuộc họp kết thúc với quyết định "tăng cường những hoạt động khủng bố ở một số tỉnh như Kapisa, Kunar, Laghman và Nangarhar (của Afghanistan), trong đó bao gồm những cuộc đánh bom liều chết, đặt mìn và ám sát".
Harun Shirzad al-Afghani khai rằng, trong năm 2006 một sĩ quan ISI không tiết lộ danh tính đã trả 1 triệu rupee Pakistan cho một chiến binh Hồi giáo để vận chuyển đạn dược đến một nhà kho bí mật nằm sâu trong lãnh thổ Afghanistan dưới sự quản lý chung của Al-Qaeda, Taliban và bè phái của Hekmatyar.
Theo Al Afghani (bị bắt ở tỉnh Nangarhar miền Đông Afghanistan), nhà kho bí mật này chứa "khoảng 800 rocket, AK-47 và đạn súng máy, súng cối, RPG (lựu đạn cánh xoay) và mìn", và kho vũ khí được lập nên để "chuẩn bị cho cuộc tấn công quy mô vào mùa xuân năm 2007". Hơn 230 binh sĩ phương Tây bị giết chết ở Afghanistan trong năm 2007; trong đó 99 người bị giết giữa tháng 1 và tháng 6.
Một tài liệu khác về tù nhân Al Afghani 42 tuổi này (dựa theo thông tin tình báo) cho biết, vào đầu năm 2005 các quan chức Pakistan có mặt trong cuộc họp nằm dưới sự chủ trì của Mullah Mohammed Omar, thủ lĩnh tối cao của Taliban, và quân phiến loạn ở Quetta - thành phố Pakistan nơi được cho là một căn cứ của Taliban. Tài liệu nói: "Cuộc họp bao gồm những thủ lĩnh cấp cao của Taliban… cùng các đại diện từ chính quyền Pakistan và quan chức ISI".
Tài liệu cũng cho biết thêm rằng Mullah Omar sẽ không bao giờ hợp tác với chính quyền mới phản bội (ở Afghanistan) và tiếp tục tấn công Mỹ và lực lượng đồng minh.
Một tài liệu khác về tù nhân Abdul Kakal Hafiz ở Guantanamo cũng tiết lộ: Vào tháng 1/2003, quân phiến loạn ở tỉnh Zabul của Afghanistan đã nhận được một tháng huấn luyện về chất nổ, chế tạo bom và các kỹ thuật ám sát từ "3 sĩ quan quân đội Pakistan". Và khóa huấn luyện này có lẽ để nhằm chuẩn bị cho chiến dịch ám sát người phương Tây đã lên kế hoạch.
Trong kế hoạch ám sát này, kỹ sư Ricardo Munia của Hội Chữ thập Đỏ đã bị quân phiến loạn bắn chết ngày 27/3/2003 ở tỉnh Oruzgan. Vụ giết người đã tác động mạnh đến những chương trình nhân đạo và phát triển ở miền Nam và miền Đông Afghanistan đồng thời làm giảm bớt những nỗ lực phát triển do người phương Tây dẫn đầu.
Theo tài liệu về một tù nhân có tên gọi đơn giản là Hamidullah (bị binh sĩ Afghanistan bắt giữ trong tháng 7/2003), người này được cho là có liên quan đến sáng kiến của Pakistan thành lập một cơ sở ở thành phố biên giới Peshawar của nước này, bao gồm những phần tử của Taliban, HIG (nhóm của Hekmatyar) và Al-Qaeda. Mục tiêu của sáng kiến này là lên kế hoạch và tiến hành nhiều cuộc tấn công khủng bố khác nhau ở Afghanistan, trong đó bao gồm các trụ sở cơ quan nước ngoài ở Kabul trong tháng 1/2003.
Một tài liệu khác còn tiết lộ về những hoạt động của ISI ở tỉnh Kunar miền Đông Afghanistan trong năm 2002 nhằm mục đích gây mất ổn định chính quyền non trẻ của Hamid Karzai của Afghanistan.
Một chi tiết đáng chú ý: "Trong tháng 1/2002, ISI đã tài trợ cho các hoạt động của một vài phe cánh ở Kunar để gây mất ổn định chính quyền Afghanistan. Trong tháng 3/2002 ISI cũng đã cung cấp 12.000 USD tài trợ cho những chiến dịch quân sự chống chính quyền mới (ở Afghanistan)".
Cũng theo tài liệu này, tù nhân Mullah Haji Rohullah khi bị giam cầm đã làm việc cho chính quyền Anh và có thể cho Cơ quan Tình báo Anh (MI-6).
Các tài liệu cho thấy giới quan chức Mỹ có lẽ có bằng chứng về sự dính líu của ISI với các phe phái nổi loạn ở Afghanistan. Nhiều tài liệu trước đó còn mô tả chi tiết ISI đã hỗ trợ quân phiến loạn chống liên quân ở Afghanistan như thế nào - đáng kể nhất là chương trình huấn luyện bắn tỉa và sử dụng chất nổ được điều khiển từ xa.
Một tài liệu khác của năm 2005 còn cho biết, ISI thường theo đuổi những lợi ích riêng của cơ quan và có hành động chống lại chính sách của chính quyền Pakistan
