Theo quy định hiện hành, MOSSAD chỉ phụ thuộc duy nhất người đứng đầu chính phủ. Chỉ huy của MOSSAD chỉ phải báo cáo với Thủ tướng. Và người đứng đầu chính phủ cũng không phải báo cáo với nội các của mình hay quốc hội khi ra lệnh cho lực lượng tình báo này thực thi một sứ mệnh nào đó, nhất là đối với những vụ "giải quyết tế nhị", thuật ngữ dùng để ám chỉ những vụ ám sát hay thủ tiêu đối tượng của MOSSAD. "Thủ tướng có thể báo cho Bộ trưởng Quốc phòng biết nhưng điều này cũng không bắt buộc" - Binjamin Ben Eliezer, cựu Bộ trưởng Quốc phòng
Thủ tướng cũng là người chỉ định người lãnh đạo MOSSAD và cũng là người quyết định có nên kéo dài thêm nhiệm kỳ cho lãnh đạo MOSSAD hay không, như trường hợp của lãnh đạo MOSSAD hiện nay là Meir Dagan, từng hai lần tái nhiệm. Theo các nhà phân tích
Chẳng hạn khi các nhân viên tình báo Israel bị bắt giữ tại Jordani năm 1996 vì đã âm mưu ám sát giữa thanh thiên bạch nhật Khaled Mechaal, thủ lĩnh chính trị của Hamas, thì hiệp ước hòa bình được ký hai năm trước đó giữa Israel và Jordani suýt nữa thì đổ vỡ. Nói tóm lại khi xảy ra chuyện thì chính đất nước
Để giải quyết tình thế này, các nhà bình luận Israel cho rằng, những quy định cho Shin Beth, Cơ quan tình báo nội địa của Israel, phải được áp dụng cho MOSSAD. Việc chỉ định và sa thải người đứng đầu Shin Beth do nội các chấp thuận dựa trên đề xuất của thủ tướng. Lãnh đạo MOSSAD, phải trình báo cáo quá trình hành động thường kỳ lên một ủy ban chuyên trách của quốc hội. Các cuộc thảo luận sau đó tại ủy ban này được giữ bí mật.
Hiện tại, MOSSAD từ chối việc làm như vậy do lo sợ rò rỉ thông tin. Điều này đồng nghĩa với việc MOSSAD tiếp tục chỉ là một công cụ phục vụ riêng cho Thủ tướng