Thông tin từ Bộ Tài chính cho biết, số tiền cơ quan thuế đề nghị truy thu đối với Metro bao gồm 62 tỷ đồng từ việc điều chỉnh thuế nhà thầu nước ngoài đối với các khoản chi phí bồi hoàn tiền lương trả cho Công ty Metro Cash & Carry Đức để trả cho các nhân viên nước ngoài làm việc tại Công ty TNHH Metro Cash & Carry Việt Nam. Điều chỉnh giảm khấu trừ thuế Giá trị gia tăng đầu vào đối với khoản tiền thu hỗ trợ quảng cáo, tiếp thị, khuyến mại từ các nhà cung cấp là 110 tỷ đồng. Và điều chỉnh giảm lỗ đối với khoản chi phí nhượng quyền thương mại, chi phí không phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh, chi phí dự phòng giảm giá hàng tồn kho, chi phí trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi chưa đảm bảo các điều kiện, thủ tục là 335 tỷ đồng.
Nghi án chuyển giá tại Metro được đặt ra khi công ty liên tục báo lỗ nhưng vẫn tiếp tục mở rộng mạng lưới. Theo đại diện Tổng cục Thuế, Metro nằm trong danh sách các doanh nghiệp sẽ được thanh tra theo kế hoạch năm 2014. Tuy nhiên, việc tiến hành thanh tra được thực hiện ráo riết hơn khi có thông tin Metro sẽ được bán cho Tập đoàn Berli Jucker (BJC) của Thái Lan với mức giá 879 triệu USD.
Lý giải nguyên nhân thua lỗ liên tiếp của Công ty TNHH Metro Cash & Carry Việt Nam, thanh tra thuế cho biết, từ năm 2002 đến năm 2013, Công ty liên tục đầu tư mở rộng, đặc biệt trong một thời gian ngắn, từ năm 2010 đến năm 2012, Công ty mở thêm 10 trung tâm. Trong điều kiện hoạt động bình thường, một trung tâm mới cần từ 3 - 5 năm kể từ ngày khai trương để đạt đạt được điểm hòa vốn. ”Trước năm 2010 Công ty đầu tư 9 trung tâm, từ năm 2010-2012 mở thêm 10 trung tâm. Theo đó, Các chi phí khấu hao, tiện ích, tiền thuê đất rất lớn là nguyên nhân chính gây ra các khoản lỗ cho trung tâm mới thành lập”, cơ quan thuế nhận định. Mặt khác, để đảm bảo vệ sinh, an toàn thực phẩm và an ninh, Công ty đã mang vào Việt Nam các tiêu chuẩn, chuẩn mực của Đức như trang thiết bị, hướng dẫn kiểm soát sản phẩm, quy trình hướng dẫn hoạt động, huấn luyện nhân viên, chuỗi cung ứng…nhằm hỗ trợ khách hàng, đào tạo nhân viên những tiêu chuẩn hoạt động tốt nhất.
Để đảm bảo cả 19 trung tâm luôn luôn hoạt động theo các tiêu chuẩn cao nhất của Đức, Công ty đã phải bỏ ra rất nhiều nguồn lực về nhân sự và vốn. Điều này đã dẫn đến chi phí hoạt động tăng cao trong quá trình hoạt động kinh doanh như chi phí hao hụt tổn thất, chi phí đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm và chi phí đảm bảo an ninh. Ngoài ra, chi phí trả cho các công ty liên kết ở Đức từ năm 2001-2013 là khá lớn như chi phí nhượng quyền thương mại (731 tỷ đồng); chi phí lương, thưởng và phụ cấp cho ban giám đốc và chuyên gia nước ngoài trả cho các cá nhân thông qua Metro Cash & Cary GmbH (MCC) tại Đức (chi phí bồi hoàn) (699 tỷ đồng)...
Tuy nhiên, các giao dịch này công ty đã kê khai giao dịch liên kết, mặt khác đối với các khoản chi phí lớn nêu trên đã được đoàn thanh tra rà soát và loại khỏi chi phí hợp lý hợp lệ khi tính thuế Thu nhập doanh nghiệp hoặc thu thuế đối với những khoản không có chứng từ hợp lý hợp lệ theo quy định. Cụ thể, loại khỏi chi phí hợp lý hợp lệ khi tính thuế Thu nhập doanh nghiệp đối với khoản chi phí nhượng quyền thương mại trả cho công ty Metro AG (Đức) năm 2012-2013, số tiền là 7,5 tỷ đồng, do đơn vị hạch toán vào chi phí nhiều hơn doanh thu công ty Metro AG (Đức) theo xác nhận của kiểm toán KPMG tại Đức. Đồng thời đề nghị đơn vị kê khai điều chỉnh giảm chi phí nhượng quyền thương mại trong khoảng thời gian ngoài niên độ thanh tra, số tiền là 245 tỷ đồng, do đơn vị chưa đăng ký với Bộ Công Thương hoạt động nhượng quyền thương mại. Truy thu thuế nộp thay nhà thầu nước ngoài năm 2012-2013 đối với khoản chi phí lương, thưởng và phụ cấp cho ban giám đốc và chuyên gia nước ngoài trả cho các cá nhân thông qua Metro Cash & Cary GmbH, số tiền là 16 tỷ đồng. Cùng với đó là yêu cầu đơn vị kê khai bổ sung số tiền thuế 39 tỷ đồng đối với khoản chi phí này trong khoảng thời gian ngoài niên độ thanh tra.
