Theo đó, Bộ GTVT kiến nghị cho phép thực hiện Dự án giai đoạn I nhằm phục vụ trước mắt cho việc di dời hạ tầng đường sắt tại ga Hà Nội và ga Giáp Bát hiện có ra ga Ngọc Hồi, đáp ứng yêu cầu là khu đầu mối phía Nam của đường sắt quốc gia và là tiền đề phát triển đường sắt đô thị sau này. Đồng thời, Bộ GTVT cũng đang tiến hành nghiên cứu điều chỉnh dự án giai đoạn IIA và các giai đoạn còn lại để tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét cho ý kiến chỉ đạo.
Tuy nhiên, do Luật Đầu tư công năm 2014 không quy định cụ thể việc điều chỉnh dự án đang trong quá trình thực hiện, mà phát sinh các tiêu chí thuộc dự án quan trọng quốc gia phải trình Quốc hội xem xét, quyết định.
Trong Báo cáo Nghiên cứu tiền khả thi trình Thủ tướng Chính phủ vào cuối năm 2002, tuyến metro số 1 có tổng mức đầu tư 9.197 tỷ đồng, được phân kỳ thành 3 giai đoạn: Giai đoạn I - xây dựng tổ hợp Ngọc Hồi, cải tạo ga Gia Lâm, ga Yên Viên, với mục đích là di dời toàn bộ ga Hà Nội và ga Giáp Bát; Giai đoạn II - xây dựng đoạn tuyến trên cao Gia Lâm - Ngọc Hồi và các ga trên tuyến (gồm cả thiết bị để khai thác đoạn này); Giai đoạn III - xây dựng đoạn Gia Lâm - Yên Viên, hoàn chỉnh đưa vào khai thác toàn bộ Dự án.
Song từ năm 2004 đến nay, Dự án lại có thêm 3 lần phân chia lại phạm vi và phân kỳ đầu tư. Tại thời điểm hiện tại, tuyến metro số 1 gồm các dự án thành phần: Giai đoạn I điều chỉnh; Giai đoạn IIA điều chỉnh và Giai đoạn IIB.
