Trong đó, hố khai quật trên nền Điện Kính Thiên có diện tích 30m2. Hố khai quật tại khu vực Hậu Lâu có diện tích 200m2 và hố khai quật tại vị trí Nhà Cục tác chiến có diện tích 120m2. Ông Hà Văn Cẩn, Viện Khảo cổ học chủ trì khai quật.
Tuy nhiên, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch cũng yêu cầu, trong thời gian khai quật, cơ quan được cấp giấy phép phải chú ý bảo vệ địa tầng của di tích; có trách nhiệm tuyên truyền cho nhân dân về việc bảo vệ di sản văn hoá ở địa phương và không công bố kết luận chính thức khi chưa có sự thỏa thuận của cơ quan chủ quản và Cục Di sản văn hóa.
Những hiện vật thu thập được trong quá trình khai quật, Trung tâm Bảo tồn Di sản Thăng Long - Hà Nội phải có trách nhiệm giữ gìn, bảo quản và báo cáo Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch phương án bảo vệ và phát huy giá trị những hiện vật đó. Sau khi kết thúc đợt khai quật, Trung tâm Bảo tồn Di sản Thăng Long - Hà Nội và Viện Khảo cổ học phải có báo cáo sơ bộ và đề xuất phương án quản lý, bảo vệ khu vực đã khai quật trong thời gian chậm nhất một tháng và báo cáo khoa học trong thời gian chậm nhất một năm, gửi về Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch. Trước khi công bố kết quả của đợt khai quật, cơ quan được cấp giấy phép trao đổi, thống nhất với Cục Di sản văn hóa.
Đề xuất khai quật khảo cổ học với hiện vật nghi xác tàu cổ ở bờ biển Hội An 
