Trước ngày bầu cử, đảng Dân chủ Thống nhất đối lập đã nhiều lần lên tiếng cáo buộc KCIA có những can thiệp sai trái vào tiến trình vận động bầu cử gây bất lợi cho ứng cử viên thuộc đảng đối lập là ông Moon Jae-in.
Kết quả bầu cử sau đó cho thấy, ông Moon Jae-in thất bại trước bà Park Geun-hye với cách biệt 1 triệu phiếu bầu. Ngay sau cuộc bầu cử, các cáo buộc càng mạnh mẽ hơn khiến cảnh sát Hàn Quốc phải vào cuộc điều tra.
Trong một báo cáo sơ bộ công bố vào ngày 16/4/2013, cảnh sát cho biết có ít nhất 2 điệp viên của KCIA đã tham gia tranh luận trái phép trên mạng Internet và đưa ra những lời chỉ trích ứng cử viên đối lập Moon Jae-in. Tuy nhiên, báo cáo này đã bị dư luận đánh giá là không trung thực và có âm mưu làm giảm nhẹ tình tiết, vì trong báo cáo không hề đụng đến vai trò lớn hơn của ban lãnh đạo KCIA và âm mưu của họ nhằm gây ảnh hưởng lên cuộc bầu cử.
Cơ quan cảnh sát điều tra thừa nhận việc điều tra đối với một cơ quan bí mật như KCIA là cực kỳ khó khăn, rất nhiều trở ngại. Vì thế, từ hạ tuần tháng 4/2013, Viện Công tố quốc gia chính thức tiếp nhận cuộc điều tra. Ngày 29/4, một ngày trước khi khám xét tổng hành dinh KCIA, các công tố viên đã triệu tập thẩm vấn cựu Giám đốc KCIA Won Sei-hoon, một đồng minh thân cận của cựu Tổng thống Lee Myung-bak.
Ngoài cuộc điều tra của Viện Công tố quốc gia, các đảng phái chính trị trong Quốc hội cũng thống nhất cùng tiến hành một cuộc điều tra riêng về vai trò của KCIA trong tiến trình bầu cử vừa qua.
Vụ việc KCIA dính bê bối mới liên quan đến hoạt động chính trị và các cuộc bầu cử ở Hàn Quốc nhắc nhiều người nhớ lại lịch sử cơ quan tình báo này từ khi mới được thành lập cho đến nay, nổi cộm với các hoạt động như một công cụ chính trị của đảng cầm quyền, đặc biệt là các nhà lãnh đạo chế độ độc tài quân phiệt.
Thật vậy, KCIA ra đời vào năm 1961, cùng thời gian chế độ độc tài quân phiệt ra đời ngay sau cuộc đảo chính quân sự ngày 16/5/1961 do ông Park Chung-hee lãnh đạo và sau đó tự phong làm Tổng thống Hàn Quốc. Thời gian đầu lên nắm quyền, ông Park (cha của đương kim Tổng thống Park Geun-kye) đã phát động một chiến dịch chống Cộng và cho thành lập KCIA như một công cụ để ngăn chặn "hiểm họa Cộng sản". Mọi việc làm của mình, KCIA chỉ chịu trách nhiệm báo cáo trước Tổng thống.
Suốt những thập niên 60 và 70 thế kỷ XX, KCIA đã trở thành trung tâm chỉ huy mọi hoạt động về an ninh, đàn áp chính trị dưới quyền điều khiển của Tổng thống Park. Nhiều vụ bố ráp, bắt bớ do KCIA thực hiện trên khắp Hàn Quốc nhằm vào các đối thủ chính trị của Tổng thống Park Chung-hee, những người bị nghi ngờ là Cộng sản và cả những người có cảm tình với Cộng sản. Hàng loạt chính khách đối lập bị đàn áp, bắt bớ, bị theo dõi, quấy rối và cản trở hoạt động, tất cả nhằm tạo thuận lợi cho Tổng thống cầm quyền.
Nhiều người trong số “các đối thủ chính trị” cho đến tận bây giờ vẫn còn mang trong lòng nỗi oán hận cơ quan tình báo khét tiếng tàn ác này. Trong số những nạn nhân của chính sách chống cộng điên cuồng do KCIA chỉ huy khi đó còn có ông Kim Dae-jung (1925-2009), người sau này trở thành Tổng thống Hàn Quốc từ năm 1998 đến 2003.
Sau khi chế độ độc tài quân phiệt sụp đổ, KCIA mất đi thế lực chống lưng, vì thế sức mạnh cũng suy yếu theo. Sau khi ông Kim Young-sam lên làm Tổng thống Hàn Quốc năm 1993, đã có nhiều tiếng nói cất lên yêu cầu KCIA thôi can thiệp vào chính trị.
Tuy vậy, KCIA theo thói quen vẫn có động thái can thiệp vào đời sống chính trị. Vào năm 2005, cảnh sát cũng đã một lần khám xét tổng hành dinh KCIA trong một cuộc điều tra cáo buộc KCIA có các hoạt động nghe lén điện thoại các chính khách, doanh nhân, nhà báo và nhiều đối tượng khác trong nước.
Thời đại mới với những yêu cầu tình báo mới trong và ngoài nước, KCIA buộc phải thay đổi và chuyển hướng hoạt động sang nhiều lĩnh vực khác, như tham gia công tác tình báo đối ngoại, chia sẻ thông tin tình báo chống khủng bố với các nước đồng minh, như Mỹ.
Những bước đi chập chững trong công tác tình báo đối ngoại không mang lại nhiều kết quả, mà chủ yếu là những sai sót, thất bại. Mùa hè năm 2010, các điệp viên KCIA đã bị trục xuất ra khỏi Libya với cáo buộc "cố gắng thu thập thông tin tình báo về nhà lãnh đạo" của nước sở tại là ông Muammar Gaddafi.
Tháng 3/2011, do hành động quá vụng về nên các điệp viên KCIA lại bị phát hiện đột nhập vào phòng nghỉ của phái đoàn Indonesia tại một khách sạn ở Seoul. Hậu quả của thất bại này là phía Indonesia nghi ngờ phía Hàn Quốc cho tình báo do thám mình trước khi bước vào đàm phán mua bán vũ khí và yêu cầu chính quyền Hàn Quốc làm rõ và có câu trả lời thỏa đáng. Vụ việc sau đó không được nhắc tới nữa
