Trả lời: Theo quy định tại Điều 13, Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước thì Nhà nước có trách nhiệm bồi thường thiệt hại do hành vi trái pháp luật của người thi hành công vụ gây ra trong trường hợp sau đây: Không cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đầu tư, giấy phép và các giấy tờ có giá trị như giấy phép, văn bằng bảo hộ cho đối tượng có đủ điều kiện… và cơ quan có trách nhiệm bồi thường là cơ quan hành chính trực tiếp quản lý người thi hành công vụ có hành vi trái pháp luật gây ra thiệt hại (khoản 1 Điều 14 Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước).
Mặt khác, khoản 1 Điều 15 Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước cũng quy định: "Cá nhân, tổ chức khi cho rằng mình bị thiệt hại do người thi hành công vụ gây ra thì có quyền yêu cầu người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại xem xét, kết luận hành vi trái pháp luật của người thi hành công vụ".
Ngoài ra, tại Điều 21 Luật Khiếu nại, Tố cáo năm 1998 (đã được sửa đổi, bổ sung năm 2004, 2005) còn quy định: "Thủ trưởng cơ quan thuộc sở và cấp tương đương có thẩm quyền giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của mình, của cán bộ, công chức do mình quản lý trực tiếp".
Căn cứ những quy định nói trên, anh có quyền khiếu nại đến Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh nơi anh nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh để yêu cầu xem xét, kết luận hành vi của người đã từ chối cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có trái pháp luật hay không? Nếu không đồng ý với giải quyết của người này thì anh có quyền khiếu nại đến Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh, thành phố quản lý Phòng đăng ký kinh doanh đó.
Trong trường hợp được những người có thẩm quyền ở trên kết luận là người thi hành công vụ có hành vi trái pháp luật thì anh được bồi thường và cơ quan có trách nhiệm bồi thường là Sở Kế hoạch và Đầu tư
