Đồng thời, cơ quan điều tra đề nghị truy tố các bị can gồm ông Nguyễn Bi, nguyên Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Vifon; bà Nguyễn Thanh Huyền, nguyên Phó Tổng Giám đốc công ty; bà Đàm Tú Liên, nguyên kế toán trưởng; bà Dương Thị Mẫn, nguyên kế toán thanh toán và bà Ka Thị Thu Hồng, nguyên thủ quỹ công ty.
Cụ thể, các bị can lập chứng từ thu chi khống để chiếm đoạt tài sản với số tiền gần 13 tỉ đồng và 290.000 USD. Từ ngày 31/12/2002 đến ngày 10/12/2003, ông Nguyễn Bi chỉ đạo bà Nguyễn Thanh Huyền thực hiện lập chứng từ giả thu, giả chi tiền thưởng năm 2002 để lấy tiền công ty chuyển sang tiền cá nhân cho ông Bi 1,796 tỉ đồng mua hơn 18.000 cổ phần Công ty Vifon cho ông Bi. Ngày 27/8/2003, bà Nguyễn Thanh Huyền lập chứng từ chi khống với nội dung chi thưởng liên doanh trình ông Nguyễn Bi duyệt. Trong vụ này, bà Huyền chiếm đoạt 80.000 USD (tương đương 1,241 tỉ đồng) của Công ty Vifon.
Trong quá trình hoạt động, Công ty Vifon và 1 đối tác nước ngoài thành lập liên doanh là Công ty TNHH Xay lúa mì Việt
Trong vụ án này, cơ quan điều tra xác định bị can Nguyễn Bi tham ô chiếm đoạt 1,796 tỉ đồng để mua cổ phần cho cá nhân; lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ tự quyết định chia thưởng trái nguyên tắc 290.000 USD để chiếm hưởng 90.000 USD. Bị can Nguyễn Thanh Huyền có hành vi tham ô 9,89 tỉ đồng. Các bị can còn lại cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây thiệt hại nhiều tỉ đồng của Nhà nước