Theo tờ trình, riêng lĩnh vực DNNN và các tổ chức tài chính ngân hàng, năm 2013, cơ quan này dự kiến kiểm toán tại 29 đầu mối (trong đó có 8 tập đoàn, tăng 6 tập đoàn so với 2012). Số lượng đầu mối kiểm toán năm 2013 chỉ tăng 2 đầu mối so với năm 2012 nhưng quy mô tài chính các doanh nghiệp được kiểm toán tăng cao. Kiểm toán Nhà nước sẽ tăng cường kiểm toán các đối tượng liên quan đến tái cơ cấu nền kinh tế, đặc biệt là các dự án, công trình phục vụ cho quản lý, điều hành, tái cấu trúc đầu tư công trong năm 2013. Việc thương mại được thực hiện "cuốn chiếu" từ năm 2013 đến 2015 để kịp thời cung cấp thông tin phục vụ cho tái cơ cấu nền kinh tế gắn với đổi mới mô hình tăng trưởng theo hướng nâng cao chất lượng, hiệu quả và khả năng cạnh tranh...
Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội đề nghị Kiểm toán Nhà nước cần lưu ý tập trung nguồn lực kiểm toán các tập đoàn, tổng công ty có quy mô lớn, sử dụng nhiều vốn và tài sản Nhà nước, sản xuất kinh doanh các mặt hàng độc quyền ảnh hưởng lớn đến sản xuất và đời sống như Tập đoàn Điện lực, Dầu khí, Than, khoáng sản, Xăng dầu... Từ đó, đưa ra các nhận định toàn diện từ mô hình tổ chức, quản lý, nguồn nhân lực, ngành nghề sản xuất kinh doanh, chiến lược phát triển, chiến lược đầu tư trong và ngoài ngành, tình hình thực hiện cổ phần hoá doanh nghiệp Nhà nước.
Bên cạnh đó, Kiểm toán Nhà nước cần tập trung nguồn lực chuyên sâu kiểm toán chính sách tiền tệ, quá trình sáp nhập, cơ cấu lại các ngân hàng thương mại, tình hình tài chính của các ngân hàng sau tái cơ cấu.
Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính, Ngân sách Phùng Quốc Hiển đề nghị, Kiểm toán cần tập trung đánh giá hiệu quả của việc điều hành chính sách tiền tệ, tín dụng trong thời gian qua; tình hình mua bán ngoại tệ và quản lý, sử dụng ngoại hối, lãi suất; nợ xấu; tình hình sử dụng nguồn vốn mà Ngân hàng Nhà nước cấp cho các tổ chức tín dụng; luân chuyển vốn sau khi sáp nhập; việc thực hiện các quy định hiện hành về sử dụng vốn của các ngân hàng thương mại và các công ty tài chính cổ phần...
