Stephen Kappes, từng bị sa thải vào năm 2004 sau khi đối đầu với Patrick Murray - vị phụ tá cao cấp nhất của Giám đốc CIA thời đó Porter J. Goss - là cha đẻ của những phương pháp điều tra đáng sợ nhất của CIA. Nhưng nay do không thể chứng minh tính hiệu quả của những phương pháp trên, Stephen Kappes đành chấp nhận thất bại và rút lui. S.Kappes được mệnh danh là "người khôn ngoan nhất" của tổ chức. "Chiến công" lớn nhất trong sự nghiệp của S.Kappes là thuyết phục được
Nhân vật số 3 của CIA, Giám đốc Ban Tình báo, Michael J. Morell, sẽ lên thay thế ông S.Kappes và trở thành ứng cử viên hàng đầu thay cho giám đốc hiện nay, Leon E. Panetta (đến tuổi về hưu vào tháng 6/2013). Fran Moore, Phó giám đốc Ban Tình báo sẽ lên thay J. Morell, trong khi Stephanie O'Sullivan, hiện là Phó giám đốc Phụ tá, sẽ chịu trách nhiệm giám sát các chiến dịch tình báo hàng ngày. Giám đốc Sở Mật vụ quốc gia, Michael J. Sulick, có quan hệ mật thiết và cùng vây cánh của ông Kappes, có thể cũng về vườn.
Năm 2004, một cuộc chiến giữa hàng ngũ lãnh đạo CIA và chính quyền Tổng thống Bush đã nổ ra sau khi Nhà Trắng tiết lộ danh tính của điệp viên Valérie Palme để trả thù việc người chồng của nhân viên này là Đại sứ Joseph Wilson khẳng định rằng Saddam Hussein đã mua uranium của Niger. Mọi việc sau đó đã trở nên khó kiểm soát sau khi CIA cáo buộc Nhà Trắng tự tạo ra những thông tin tình báo giả mạo phục vụ cho những mưu đồ chính trị riêng và hủy hoại sự hoạt động của cơ quan tình báo này. Cuối cùng, Tổng thống George W. Bush đã cách chức Giám đốc CIA khi đó là George Tenet và đưa Porter J. Goss lên thay.
Porter J. Goss còn được chỉ định là Giám đốc Cơ quan Tình báo quốc gia. Chức vụ này không những cho phép Porter J. Goss thanh trừ và thanh lọc CIA mà còn đưa vào hoạt động nhiều cơ quan tình báo khác. Quyết định đầu tiên của ông Porter J. Goss trên cương vị mới là sa thải S.Kappes và Michael J. Sulick. Nhiều tháng sau đó, cả S.Kappes và Michael J. Sulick đã âm mưu báo thù Porter J. Goss, và góp phần rất nhiều vào sự ra đi sớm của nhân vật này. Sau khi Porter J. Goss từ chức, S.Kappes và Michael J. Sulick gia nhập nhóm điều hành của Michael Hayden.
Là nạn nhân của các nghị sĩ đảng Cộng hòa, Kappes và Sulick nhận được sự ủng hộ nhiệt thành của đảng Dân chủ, nhất là Diane Feisntein (Chủ tịch Ủy ban Tình báo Thượng viện Mỹ). S.Kappes và Michael J. Sulick là những nhân vật đã (khai sinh) ra những nhà tù bí mật của CIA và những chiến dịch ám sát bằng máy bay không người lái.
Sau khi Barack Obama đắc cử tổng thống, đảng Dân chủ định đưa Kappes lên điều hành CIA và Sulick làm Phó giám đốc thứ nhất. Tuy nhiên, Bộ trưởng Quốc phòng Robert Gates và cựu Cố vấn An ninh quốc gia Brent Scowcroft, cả hai đều thuộc đảng Cộng hòa, đã buộc Obama chọn một thành viên của Ủy ban Baker-Hamilton, Léon E. Panetta, làm giám đốc CIA. Người này cũng đã chấp nhận cho Kappes và Sulick vào êkíp của mình.
Tuy nhiên, cho tới gần đây, những phương pháp của Kappes và Sulick mới bị đặt câu hỏi. Hai nhân vật này đã cố gắng toàn cầu hóa việc quản lý các hoạt động tình báo và nhân sự tình báo. Để làm được điều đó, họ dựa vào sự cộng tác của các cơ quan tình báo nước ngoài nhưng điều này đồng nghĩa với việc họ bỏ bê công tác tuyển người tại Mỹ. Sự hợp tác với tình báo nước ngoài cho phép Mỹ bắt giữ và thủ tiêu bất cứ một thành phần đối lập nào ở bất kỳ đâu, hỏi cung và tra tấn họ ở các nhà tù bí mật tại 66 quốc gia trên thế giới. Khi vụ việc vỡ lở, Leon E. Panetta, nhân vật được biết đến bởi những quan tâm về đạo đức nghề nghiệp, đã rất tức giận với những phương pháp của hai cộng sự thân cận.
Sai lầm chết người mà CIA phạm phải là vào cuối năm 2009. Khi đó, S.Kappes đích thân thông báo với Tổng thống Obama rằng nhờ sự giúp đỡ của Cơ quan Tình báo Jordani, ông ta vừa tuyển được Khalil Abu-Mulal al-Balawi, một trong những cộng sự có thể thâm nhập vào bộ máy lãnh đạo của mạng lưới khủng bố Al-Qaeda. Với sự cài cắm này, CIA hy vọng có thể nhanh chóng chấm dứt cuộc chiến với trùm khủng bố Osama bin Laden, người vẫn được cho là còn sống và đang ẩn nấp trong các bộ lạc ở biên giới Afghanistan - Pakistan.
Nhưng đúng vào ngày 30/12/2009, bữa tiệc đón tiếp Khalil Abu-Mulal al-Balawi tại căn cứ quân sự Mỹ ở Khost (Afghanistan) đã biến thành ngày bi thương nhất trong lịch sử tình báo CIA. Khalil Abu-Mulal al-Balawi đến và cho nổ tung khối thuốc nổ quấn quanh người và cướp đi sinh mạng của rất nhiều khách mời trong đó đáng nói là 7 nhân viên tài giỏi nhất của CIA tại Afghanistan đều bị thiệt mạng.
Trong khi đó, báo chí Mỹ cũng tiết lộ một vụ CIA tra tấn tù nhân đến chết tại Afghanistan năm 2002, và cái cách mà Kappes muốn cho chìm xuồng vụ việc này.
Sau tất cả những gì xảy ra, cuối cùng một cuộc điều tra của tòa án Mỹ đã được mở nhằm làm rõ trách nhiệm của CIA trong những vụ tra tấn tù nhân tới chết. Truy cứu trách nhiệm tới cùng thì Kappes và Sulick không thể tránh khỏi. Và có lẽ đây là những lý do khiến Kappes và Sulick xin về nghỉ hưu non
