Hiện TP Hồ Chí Minh có 43 nhà máy sản xuất dược phẩm, chiếm khoảng 15% tổng số nhà máy trong cả nước. Thành phố cũng là nơi tập trung nhiều cơ sở điều trị và cung cấp thuốc cho bệnh nhân: 129 bệnh viện (BV), 22 trung tâm y tế, 310 trạm y tế, 8.044 phòng khám tư nhân.
Để đáp ứng nhu cầu về sử dụng thuốc của người dân thành phố, hiện nay thành phố có 43 cơ sở sản xuất thuốc, sản xuất vaccine và sinh phẩm y tế; 1.512 cơ sở bán buôn thuốc, nguyên liệu làm thuốc, cơ sở bán buôn dược liệu, thuốc Đông y, thuốc từ dược liệu; 8.412 nhà thuốc, kệ thuốc; 357 cơ sở bản lẻ thuốc Đông y, thuốc từ dược liệu; 430 khoa Dược BV và trạm y tế, được phân bố chủ yếu ở địa bàn quận 5, quận 11, quận 6, huyện Bình Chánh và huyện Hóc Môn.
Từ ngày 19/4 - 7/5/2024, Ban VH-XH HĐND thành phố đã tổ chức khảo sát tại 7 cơ sở kinh doanh, phòng khám và 13 đơn vị. Qua đó, Ban đã có một số ghi nhận đáng lưu ý.
Một số cơ sở bán buôn thuốc chưa đảm bảo điều kiện bảo quản, kinh doanh thuốc không đúng phạm vi được cấp phép; tình trạng dược sĩ phụ trách chuyên môn vắng mặt, bán thuốc kê đơn mà không có đơn thuốc tại cơ sở bán lẻ thuốc còn phổ biến. Việc xây dựng phần mềm quản lý dữ liệu đối với các cơ sở kinh doanh thuốc chưa thống nhất và có sự kết nối giữa sở, ngành và địa phương…
Hiện nay các đơn vị không được hỗ trợ chi phí cho hội đồng đấu thầu thuốc, kỹ năng, kiến thức đấu thầu mua sắm thuốc của một số cán bộ còn hạn chế. Các trung tâm y tế gặp khó khăn trong thực hiện các gói thầu riêng lẻ để cung ứng thuốc, vì nhu cầu thuốc ít…
Việc tra cứu thông tin thuốc, tra cứu giá kê khai/kê khai lại trên trang web của Cục Quản lý dược chưa được cập nhật kịp thời và đầy đủ. Một số thuốc hiếm sử dụng trong cấp cứu, giải độc không được cung cấp kịp thời (BV không dám mua vì giá thành cao và ít sử dụng đến). Tình trạng gián đoạn trong cung ứng thuốc, vaccine thuộc Chương trình Tiêm chủng mở rộng còn xảy ra. Người dân phải đi lại nhiều lần để lấy thuốc, trẻ em chưa được tiêm chủng kịp thời.
Một số hoạt chất mới không được cập nhật kịp thời vào danh mục BHYT, gây khó khăn cho người bệnh (phải tự chi trả 100%). Danh mục thuốc tại các trạm y tế chưa đáp ứng nhu cầu của người dân, nhất là tại các địa phương đi lại khó khăn (như xã đảo Thạnh An - huyện Cần Giờ)…
Từ năm 2022-2023, Sở Y tế thành phố đã thanh tra, kiểm tra tổng cộng 261 cơ sở bán buôn thuốc, bán lẻ thuốc, khoa Dược của các cơ sở KCB. Sở đã phát hiện 117 cơ sở vi phạm, xử phạt tổng cộng hơn 3,2 tỷ đồng, đình chỉ hoạt động 4 cơ sở, tước quyền sử dụng chứng chỉ hành nghề dược có thời hạn 9 cơ sở…
Trong năm 2023, Cục Quản lý thị trường thành phố cũng đã kiểm tra và xử lý 279 vụ vi phạm, với tang vật vi phạm là gần 365 ngàn đơn vị sản phẩm (viên, vỉ, hộp) dược phẩm, thuốc chữa bệnh, thực phẩm chức năng, trị giá hàng hóa vi phạm 14,87 tỷ đồng. Phạt thu nộp ngân sách 5,74 tỷ đồng, buộc tiêu hủy toàn bộ hàng hóa vi phạm.
Nhiều mặt hàng dược phẩm, thực phẩm chức năng giả hiện nay khi phát hiện, bắt giữ phải được giám định trước khi xử lý, nhưng một số sản phẩm không có mẫu hàng thật do nhiều mặt hàng không lưu hành ở Việt Nam hoặc không có đại diện sở hữu. Điều này dẫn đến việc cơ quan chức năng không thể xử lý hình sự mà phải chuyển sang xử lý hành chính nên không đủ mang tính răn đe đối với những đối tượng vi phạm. Việc lấy mẫu thuốc, thực phẩm chức năng ở các cơ sở bán lẻ gặp nhiều khó khăn do cơ sở không hợp tác cung cấp mẫu.
Nhiều công ty sản xuất mỹ phẩm và dược phẩm vi phạm bị xử phạt nặng 
Một công ty kinh doanh dược phẩm trái phép bị phạt 154 triệu đồng 
