Thời kỳ thanh tra từ ngày 1/1/2014 đến ngày 31/12/2018.
Nội dung thanh tra tại Bộ Giáo dục và Đào tạo gồm sách giáo khoa (việc quy định tiêu chuẩn, quy trình biên soạn, chỉnh sửa sách giáo khoa, thẩm định, duyệt, xuất bản, in và phát hành sách giáo khoa); việc quản lý, triển khai, thực hiện một số dự án đầu tư cho giáo dục, đào tạo.
Theo đó, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng chính phủ cho chuyển thông tin 2 nội dung sang Bộ Công an xem xét, xử lý theo quy định gồm:
Thứ nhất, nội dung hướng dẫn sử dụng sách bài tập, sách tham khảo có dấu hiệu “lợi ích nhóm” giữa Bộ Giáo dục và Đào tạo là cơ quan quản lý nhà nước với Công ty TNHH MTV Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam trong việc in ấn, phát hành sách bài tập.
Thứ hai, nội dung lựa chọn nhà thầu cung cấp giấy in để sản xuất sách giáo khoa theo phương thức chào hàng cạnh tranh của Công ty TNHH MTV Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam có nhiều dấu hiệu bất thường, chưa đảm bảo công bằng, minh bạch và hiệu quả kinh tế.
Về kiến nghị này, Thủ tướng Chính phủ đã có ý kiến yêu cầu Thanh tra Chính phủ thực hiện theo thẩm quyền và quy định pháp luật.
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, lãnh đạo Bộ Giáo dục và Đào tạo được phân công phụ trách (theo từng thời kỳ).
Tổ chức kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định pháp luật đối với Bộ trưởng, lãnh đạo Bộ được phân công phụ trách (theo từng thời kỳ), tổ chức kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với đơn vị, người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu đơn vị thuộc Bộ (theo từng thời kỳ) có liên quan đến những thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm thuộc trách nhiệm của đơn vị.
Liên quan đến xử lý kinh tế đối với Công ty TNHH MTV Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, kết luận thanh tra nêu rõ, do thời kỳ thanh tra từ 2014-2018, trong khi đó sách giáo khoa được nhà xuất bản này thực hiện đăng ký giá từ năm 2011 nên chưa xác định được cụ thể, chính xác số tiền gia đình học sinh (là khách hàng) đã mua sách giáo khoa cao hơn giá sách giáo khoa mà nhà xuất bản phải đăng ký đúng giá từ năm 2011 đến nay.
Vì thế, nhà xuất bản phải nộp ngân sách nhà nước toàn bộ số tiền gia đình học sinh đã mua sách giáo khoa cao hơn sách giáo khoa mà nhà xuất bản phải đăng ký đúng giá từ năm 2011 đến nay, ngay sau khi Bộ Tài chính ban hành kết luận thanh tra, kiểm tra các yếu tố hình thành giá sách giáo khoa từ năm 2011. Trong đó có số tiền trên 85,1 tỷ đồng trong thời kỳ thanh tra từ 2014 đến năm 2018, do nhà xuất bản này phân bổ chi phí chung chưa đúng tỷ lệ doanh thu của sách giáo khoa, hạch toán không đúng thuế suất giá trị gia tăng đầu vào của 3 loại giấy in, tính thuế giá trị gia tăng đối với chi phí lãi vay chưa đúng quy định.
Các đơn vị trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo giảm trừ tổng dự toán, thu hồi và giảm trừ giá trị thanh toán, quyết toán tổng số tiền hơn 9,2 tỷ đồng.
Giá sách giáo khoa mới cao gấp 2-3 lần do đâu? 
Phụ huynh nóng ruột vì chưa mua được sách giáo khoa 
