Về quyết toán chi ngân sách, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 95 ngày 17/10/2014. Bộ Tài chính và Bộ KH&CN đã ban hành Thông tư liên tịch số 27 về cơ chế khoán, nhiệm vụ chi KH&CN có sử dụng ngân sách, theo hướng thiết kế căn cứ vào hiệu quả, kết quả đầu ra để chi ngân sách. Thông tư này giao quyền chủ động cho đơn vị chủ trì và chủ nhiệm đề tài được điều chỉnh các mục chi, nội dung chi, định mức kinh phí được giao khoán. Với kinh phí không giao khoán thì thực hiện theo đề xuất của tổ chức chủ trì và cơ quan thẩm quyền phê duyệt.
Bộ trưởng Hồ Đức Phớc cho biết, việc kiểm soát chi chuyển từ khoản chi theo hóa đơn chứng từ hồ sơ sang chi theo bảng kê công việc. Điều đó cho thấy cơ chế mở trong thực hiện khoán chi trong KH&CN, tuy nhiên hiện nay vẫn còn những tồn tại trong quá trình tuyển chọn, giao đề tài, nhiệm vụ nghiên cứu, nên kinh phí giao muộn. Bên cạnh đó, việc thực hiện giao khoán lại thực hiện theo hướng hồ sơ chứng từ, gây khó khăn trong quá trình thực hiện nghiên cứu khoa học.
Thời gian tới, Bộ KH&CN chủ trì, Bộ Tài chính sẽ phối hợp cùng các bộ, ngành khác để sửa Nghị định 95, Thông tư 27 để phù hợp hơn, trên cơ sở lấy ý kiến của nhà khoa học, nhân dân để sửa các quy định của pháp luật để đảm bảo thông thoáng chủ động, căn cứ vào kết quả đầu ra của công việc để thực hiện hiệu quả.
Về cơ chế quản lý KH&CN, Bộ trưởng Bộ Tài chính cho rằng, cần thiết kế hoàn thiện lại để phù hợp hơn, cụ thể là đối với Nhà nước, nên đặt hàng và thanh toán theo sản phẩm đặt hàng, việc đặt hàng có thể thực hiện đấu thầu, có thể chỉ định thầu, qua đó lập dự toán, căn cứ từ đó chọn những tổ chức nghiên cứu đảm bảo được sản phẩm đầu ra, giúp việc thanh toán được thuận lợi hơn. Cùng với đó, cần quy định việc chuyển giao, ứng dụng đề tài nghiên cứu vào thực tiễn để đáp ứng yêu cầu của thực tiễn.
Phát biểu giải trình thêm vấn đề này, Phó Thủ tướng Chính phủ Trần Hồng Hà cho biết, ở các nước tỷ lệ chi đầu tư cho KH&CN so với GDP cao, như ở Mỹ là 2,83%; Trung Quốc là 1,96%; Singapore là 2,6%; Malaysia 1,25%; trong khi chúng ta chỉ khoảng 0,6% - chúng ta đang ở nước đầu tư kém nhất, nên chi đầu tư cho KH&CN chưa hiệu quả. Trong khi, KH&CN và kinh tế tri thức là loại hàng hoá đặc biệt, nên cơ chế về đấu thầu, đấu giá, đặt giá lựa chọn... và chính sách với các nhà thầu cũng phải nghiên cứu làm sao đáp ứng tính đặc thù.
Đẩy mạnh ứng dụng khoa học và công nghệ phục vụ công tác công an 
Thủ tướng chủ trì Hội nghị phát triển thị trường khoa học và công nghệ 
Đổi mới sáng tạo các sản phẩm khoa học và công nghệ 
