Nghị định cũng là một trong những căn cứ pháp luật quan trọng phục vụ cho việc tàu thuyền đi qua lãnh hải Việt Nam không gây hại nhằm bảo đảm an toàn hàng hải, an ninh hàng hải và phòng ngừa ô nhiễm môi trường biển.
Nghị định này áp dụng đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan đến công bố tuyến hàng hải, phân luồng giao thông và tàu thuyền tham gia giao thông trong lãnh hải Việt Nam. Theo Điều 7 của Nghị định số 168/2018/NĐ-CP về phân luồng giao thông trong lãnh hải Việt Nam thì tàu thuyền đi qua lãnh hải Việt Nam nhưng không đi vào nội thủy Việt Nam thực hiện hành trình theo tuyến hàng hải trong lãnh hải Việt Nam đã được công bố. Tàu thuyền vận chuyển hàng hóa, hành khách và hành lý hoặc tàu quân sự và các loại tàu thuyền khác không vì mục đích thương mại đi qua lãnh hải và nội thủy Việt Nam để vào cảng biển Việt Nam phải hành trình đúng tuyến luồng và thực hiện thủ tục tàu thuyền theo quy định.
Tàu thuyền đi qua lãnh hải và nội thủy Việt Nam nhưng không đến cảng biển Việt Nam thì thuyền trưởng của tàu thuyền đó phải thông báo ngay cho Cảng vụ hàng hải khu vực biết về lý do, mục đích tàu thuyền vào nội thủy Việt Nam trong các trường hợp như: Cấp cứu thuyền viên, hành khách trên tàu; Tránh, trú bão; Thực hiện hoạt động tìm kiếm, cứu nạn; chuyển giao người, tài sản, tàu thuyền đã cứu được trên biển; Khắc phục hậu quả sự cố, tai nạn hàng hải đối với tàu thuyền; Các trường hợp cấp thiết khác theo quy định của pháp luật.
Yêu cầu chung đối với tàu thuyền đi qua không gây hại trong lãnh hải Việt Nam là tất cả các loại tàu thuyền không phân biệt quốc tịch, trọng tải được phép đi qua không gây hại trong lãnh hải Việt Nam nhưng phải thực hiện trên cơ sở tôn trọng hòa bình, độc lập, chủ quyền, pháp luật Việt Nam và điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên và tuân thủ quy tắc phòng ngừa va chạm trên biển theo quy định của pháp luật.
Tàu thuyền khi đi qua lãnh hải Việt Nam phải treo cờ quốc tịch; thực hiện hành trình liên tục, nhanh chóng và thực hiện đầy đủ các quy định có liên quan của pháp luật Việt Nam và Công ước của Liên hợp quốc về Luật biển năm 1982 (UNCLOS 82); trừ các trường hợp bất khả kháng, tàu gặp sự cố hàng hải, bị tai nạn; vì mục đích cứu giúp người, tàu thuyền hoặc tàu bay đang gặp nạn trên biển hoặc theo thỏa thuận riêng giữa Chính phủ Việt Nam và Chính phủ của quốc gia mà tàu thuyền đó mang cờ. Khi đi trong lãnh hải Việt Nam, tàu ngầm và các phương tiện đi ngầm khác của nước ngoài phải hoạt động ở trạng thái nổi trên mặt nước và phải treo cờ quốc tịch theo quy định.
Khi đi trong lãnh hải Việt Nam, tàu thuyền nước ngoài chạy bằng năng lượng hạt nhân hoặc chuyên chở chất phóng xạ, chất độc hại, nguy hiểm phải có các nghĩa vụ như: Mang đầy đủ tài liệu hồ sơ kỹ thuật liên quan đến tàu thuyền và hàng hóa trên tàu, tài liệu về bảo hiểm trách nhiệm dân sự bắt buộc. Sẵn sàng cung cấp cho các cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam mọi tài liệu liên quan đến thông số kỹ thuật của tàu thuyền và hàng hóa chở trên tàu thuyền; Thực hiện đầy đủ các biện pháp phòng ngừa đặc biệt heo quy định của pháp luật Việt Nam và các điều ước quốc tế có liên quan mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên; Tuân thủ quyết định của cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam về việc áp dụng các biện pháp phòng ngừa đặc biệt, kể cả cấm không được đi qua lãnh hải Việt Nam hoặc buộc phải rời ngay khỏi lãnh hải Việt Nam trong trường hợp có dấu hiệu hoặc có bằng chứng rõ ràng về khả năng gây rò rỉ chất độc hại hoặc gây ô nhiễm môi trường.
Nội dung trong Nghị định số 16/2018/NĐ-CP cũng quy định rõ thuyền trưởng của tàu thuyền hoạt động trên tuyến hàng hải, luồng giao thông trong lãnh hải Việt Nam nhưng không vào nội thủy Việt Nam phải thông báo cho Cảng vụ Hàng hải khu vực tàu đi qua bằng các phương tiện thông tin liên lạc phù hợp. Nội dung thông báo, gồm: Tên, quốc tịch, hô hiệu, số IMO của tàu thuyền; Chiều dài, chiều rộng, chiều cao và màu sơn mạn tàu; Số lượng và loại hàng hóa chở trên tàu thuyền (nếu có); Số lượng thuyền viên, hành khách và những người khác đi theo tàu; Tên cảng rời cuối cùng và cảng đến gần nhất; Các yêu cầu về sự hỗ trợ hoặc chỉ dẫn (nếu có).
Cục Hàng hải Việt Nam sẽ tổ chức hướng dẫn các Cảng vụ Hàng hải khu vực giám sát, chỉ dẫn, điều động tàu thuyền hoạt động trên tuyến hàng hải, luồng giao thông trong lãnh hải Việt Nam. Trường hợp xảy ra sự cố an ninh hàng hải, tai nạn hàng hải hoặc ô nhiễm môi trường trong lãnh hải Việt Nam, ngay sau khi nhận được thông báo, Cảng vụ Hàng hải khu vực báo cáo ngay Cục Hàng hải Việt Nam để có biện pháp xử lý, khắc phục kịp thời.
Như vậy, những quy định trong Nghị định số 16/2018/NĐ-CP đã có những quy định rõ quyền tự do hàng hải đối với tàu thuyền nước ngoài đi qua vùng lãnh hải Việt Nam. Cùng với đó là những quy định rất chặt chẽ để quyền tự do ấy không làm phương hại đến độc lập, chủ quyền, toàn vẹn lãnh thổ và trật tự, an toàn, an ninh biển của Việt Nam. Tất cả những quy định này đều phù hợp với quy định trong Công ước của Liên hợp quốc về Luật Biển năm 1982, khẳng định rõ thái độ tôn trọng những điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc tham gia. Đây cũng là căn cứ pháp lý quan trọng để các lực lượng chức năng trên biển của Việt Nam thực thi nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền, toàn vẹn lãnh thổ và trật tự, an toàn, an ninh biển của Việt Nam.
An ninh hàng hải báo động sau chuỗi sự cố ngoài khơi Ấn Độ 
Tái khẳng định cam kết duy trì hòa bình và tự do hàng hải ở Biển Đông 
