Với phương châm “vừa làm, vừa rút kinh nghiệm, hoàn thiện, mở rộng dần”, đại diện các phường, xã được chọn vận hành thử nghiệm đều cho biết trong quá trình vận hành đã phát sinh những khó khăn, vướng mắc, hạn chế chủ yếu xuất phát từ nguyên nhân mang tính kỹ thuật; một số công việc chưa có cơ sở pháp lý để đưa vào nội dung vận hành, hệ thống đường truyền nội bộ chưa ổn định. Cán bộ, công chức gặp khó khăn do cùng lúc thực hiện 2 nhiệm vụ ở cả xã, phường mới và địa phương cũ. Hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính được thử nghiệm trên cổng dịch vụ công của tỉnh Đồng Nai kết nối chưa đồng bộ, có lúc còn thiếu ổn định.
Trong khi đó, hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính tại cấp xã mới thực hiện tiếp nhận các thủ tục của cấp tỉnh và có sử dụng thuật ngữ chuyên ngành, khiến cán bộ thực hành thử nghiệm còn bỡ ngỡ và lúng túng. Hệ thống phần mềm xử lý văn bản chưa cấp quyền văn thư nên khi phê duyệt hoặc đề xuất ý kiến đối với các hồ sơ tiếp nhận, xử lý gặp khó khăn. Việc phân cấp, phân quyền, vận hành phần mềm một số thủ tục hành chính chuyên ngành chưa cụ thể, gây ảnh hưởng đến thời gian và chất lượng giải quyết một số thủ tục hành chính.
Từ ngày 24/6, tỉnh Đồng Nai tiếp tục vận hành thử với 55 phường xã mới. Vì vậy, Thường trực Tỉnh ủy Đồng Nai cho rằng, việc vận hành thử nghiệm đồng loạt đối với 55 xã, phường mới từ nay đến ngày 30/6 được xem là bước tổng duyệt, nhận diện, đánh giá rất quan trọng về khả năng thích ứng linh hoạt, về năng lực lãnh đạo quản lý, điều hành của hệ thống chính trị cơ sở trong điều kiện mới, trước yêu cầu nhiệm vụ ngày càng cao.
Ông Thái Bảo, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch HĐND tỉnh Đồng Nai yêu cầu, cấp ủy xã, phường mới xây dựng kế hoạch, kịch bản, tình huống, thời gian, các bước quy trình thực hiện vận hành, phân công lãnh đạo xã, phường thường xuyên theo dõi, kịp thời giải quyết vướng mắc. Trường hợp vượt thẩm quyền thì khẩn trương báo cáo cấp trên xem xét, chỉ đạo. Đồng thời tăng cường công tác kiểm tra, giám sát hoạt động của các cơ quan, đơn vị, tuyệt đối không để xảy ra tình trạng làm việc cầm chừng, thiếu trách nhiệm, né tránh, đùn đẩy công việc. Bảo đảm thực hiện đúng chức năng phân cấp, phân quyền cho cấp xã theo đúng quy định. Lãnh đạo Tỉnh ủy Đồng Nai cũng chỉ đạo rà soát, điều chỉnh các nội dung còn bất cập trong cơ chế phối hợp, quy trình xử lý công việc để mô hình chính quyền cấp xã mới thực sự hoạt động hiệu quả, gần dân, phục vụ người dân.
Để bảo đảm mục tiêu vận hành, đi vào hoạt động chính thức của chính quyền cấp xã sau ngày 1/7, ông Võ Tấn Đức, Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai cho biết, ở thời điểm cao điểm hiện nay, Đảng ủy - UBND tỉnh đang tập trung dồn sức đẩy mạnh công tác lãnh đạo, chỉ đạo nghiêm túc, kỹ lưỡng, quyết liệt quá trình triển khai thực hiện hàng loạt công việc cấp bách. Trong đó hướng dẫn, cân đối ngân sách để bảo đảm hoạt động, trang thiết bị, cơ sở vật chất và đầu tư mở rộng trụ sở của chính quyền xã, phường mới. Đầu tư, lắp đặt về hạ tầng kỹ thuật, hệ thống thông tin, phần mềm giải quyết thủ tục hành chính; hỗ trợ về chữ ký số chuyên dùng cho các lãnh đạo khối Đảng; xem xét, đánh giá việc cấu hình quy trình xử lý 3 bước trên Hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính cho đơn giản hóa quy trình và giảm thời gian tác nghiệp.
Tiếp tục hoàn thiện phần mềm quản lý văn bản và điều hành phù hợp với tính chất công việc của từng phòng chuyên môn và tình hình thực tế tại địa phương để nâng cao hiệu năng, hiệu quả khi vận hành phần mềm. Từ đó giúp công tác chỉ đạo, điều hành công việc được đồng bộ, hiệu quả.
Chuẩn bị các điều kiện để chính quyền cấp xã mới vận hành thử nghiệm tại TP Hải Dương 
Thanh Hoá vận hành thử nghiệm chính quyền 2 cấp từ 15/6, mỗi xã không quá 32 biên chế 
