Châu thổ Cửu Long có điều kiện tự nhiên gắn với hệ thống sông ngòi, kênh, rạch; đất, nước, môi trường, hệ sinh thái, cảnh quan; các yếu tố kinh tế - xã hội (KT-XH), như: Phong tục, tập quán, sinh kế, truyền thống canh tác, mùa vụ, tạo thành một mối tổng hòa và liên kết rất chặt chẽ với nhau. Trong đó vai trò của nước được xác định là tài nguyên không gì thay thế được, là động lực phát triển chính của vùng; là nơi nước gắn với hoạt động của con người, tạo nên một nét văn hóa đặc trưng của vùng – đó là văn hóa sông nước. Nước (nước ngọt, nước mặn, nước lợ) là nguồn tài nguyên thiên nhiên để đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) phát triển kinh tế.
Tuy nhiên, châu thổ Cửu Long đang đối mặt với nhiều thách thức, như việc khai thác, sử dụng nước quá mức đã làm thay đổi dòng chảy, giảm lượng phù sa, suy giảm nguồn lợi thủy sản, xâm nhập mặn vào sâu trong nội đồng. Đặc biệt, biến đổi khí hậu (BĐKH), nước biển dâng đang diễn ra nhanh hơn dự báo, gây ra những hiện tượng thời tiết cực đoan, làm ô nhiễm môi trường, mất cân bằng sinh thái, sụt lún đất, sạt lở bờ sông, bờ biển, ngập lụt tại các đô thị, tuyến dân cư, ảnh hưởng đến sinh kế và đời sống của người dân và tác động tiêu cực đến phát triển KT-XH của toàn vùng…
Trong bối cảnh đó, các ngành, các cấp đã ban hành, thực thi nhiều chương trình, dự án, quy hoạch, kế hoạch, song những biện pháp này chủ yếu để ứng phó mang tính cục bộ theo ngành, lĩnh vực và từng địa phương riêng rẽ, mà thiếu tính tổng thể, liên kết giữa ngành, địa phương một cách dài hạn trên toàn vùng nên chưa mang lại hiệu quả thiết thực cho ĐBSCL.
Việc giải quyết các vấn đề của ĐBSCL cần phải đặt trên quan điểm tiếp cận đa ngành, đa lĩnh vực, trên cơ sở xử lý đồng bộ bài toán tổng thể với một tầm nhìn dài hạn trong sự phối hợp tham gia của tất cả các ngành kỹ thuật, KT-XH bằng những công cụ xác đáng, mang tính kết nối cao, đó là công cụ quy hoạch.
Nghị quyết 120/NQ-CP ngày 17/11/2017 của Chính phủ về phát triển bền vững vùng ĐBSCL thích ứng với BĐKH đã nhất mạnh: “Lấy tài nguyên nước là yếu tố cốt lõi, là cơ sở cho việc hoạch định chiến lược, chính sách, quy hoạch phát triển vùng, cần phải được quản lý tổng hợp trên toàn lưu vực. Bên cạnh tài nguyên nước ngọt, cần coi nước lợ, nước mặn cũng là nguồn tài nguyên thiên nhiên để phát triển kinh tế…”.
PGS-TS Văn Phạm Đăng Trí, Phó Viện trưởng Viện nghiên cứu biến đổi khí hậu, Trường Đại học Cần Thơ cho rằng, cần có phương án giảm khai thác nước dưới đất, tăng cường công tác dự trữ, sử dung nước mặt. Nước ngọt phục vụ cho sản xuất và sinh hoạt là rất cần thiết. Mỗi địa phương cần phải quy hoạch, xây dựng giải pháp thích ứng phù hợp cho từng vùng, từng địa bàn. Đặc biệt, phải quy hoạch hệ thống sông ngòi, các hồ trữ nước ngọt để phục vụ cho sản xuất và sinh hoạt của người dân trước biến đổi khí hậu như hiện nay.
Dòng chảy nguồn nước tích trữ điều tiết về cuối nguồn giao hòa với biển phải được lưu thông, chuyển động theo quy luật ảnh hưởng triều biển Đông với chế độ bán nhật triều không đều, hàng tháng có 2 kỳ nước lớn trùng với chu kỳ tuần trăng, triều cường xuất hiện vào các ngày rằm và ngày cuối tháng âm lịch, để phục hồi phần nước lợ từ bao đời đã tạo nên hệ sinh thái ven biển đặc thù phong phú.
“Biển rất cần nước ngọt của sông vì nước ngọt mang dinh dưỡng ra cho biển, làm cho độ mặn, nhiệt độ nước biển vừa phải. Cá biển rất cần vào, ra cửa sông để sinh sản và ngược lại tôm, cá sông cần biển. Chẳng hạn như tôm càng xanh là loài nước ngọt, nhưng khi mang trứng thì phải bơi ra vùng nước lợ để đẻ, sau đó tôm con di chuyển ngược dần lên vùng ngọt. Cá kèo thì sinh sản ở vùng cửa sông”, Th.s Nguyễn Hữu Thiện (chuyên gia độc lập về sinh thái ĐBSCL) cho biết.
Phân tích dữ liệu từ những đợt hạn, mặn trong mấy năm qua cho thấy, lưu lượng nước trên sông Mekong về ĐBSCL ở mức dưới 1.600m3/s, giảm trên 1.200m3/s so với mức bình quân trong quá khứ. Diễn biến trong điều kiện thời tiết cực đoan này cũng đặt ra yêu cầu các giải pháp trữ nước cần phải tính đến các tình huống lưu lượng nước ngọt thượng nguồn Mekong đổ về ĐBSCL ở mức suy kiệt và con số 422 tỉ m3/năm mà các cơ quan chức năng ghi nhận trước đây không còn phản ánh đúng hiện trạng.
Do đó, cùng với khôi phục không gian trữ nước đầu nguồn thì không gian trữ nước trong mùa mưa lũ trên đồng ruộng, kênh mương, ao hồ,… các khu đất ngập nước ở vùng giữa, giáp mặn để chủ động nguồn nước nội vùng và góp phần điều tiết tăng cường độ dòng chảy nước ngọt về phía ven biển trong mùa kiệt, giảm bớt mặn xâm nhập sâu về phía thượng nguồn cũng cần được thực hiện trên cơ sở điều chỉnh sản xuất phù hợp…
Trên thực tế, khi xây dựng Quy hoạch vùng ĐBSCL, Liên danh tư vấn Royal Haskoning DHV & GIZ đã đề xuất chia vùng thành 3 tiểu vùng, bao gồm vùng nước ngọt (lùi vùng ngọt vào khu vực an toàn tự nhiên, không can thiệp); vùng chuyển tiếp (chấp nhận ngọt - mặn theo mùa, chỉ điều tiết, không ngăn mặn) và vùng mặn (tuần hoàn nước biển, phát triển thủy sản và phục hồi sinh thái); đồng thời có các giải pháp cụ thể cho cả 3 vùng này trong cả trung và dài hạn.
Chẳng hạn, với vùng nước ngọt ở khu vực Đồng Tháp Mười và Tứ Giác Long Xuyên, giải pháp là bỏ lúa vụ 3, phát triển sinh kế dựa vào lũ; xả lũ vào ruộng; không phát triển thành vùng trữ nước quanh năm; sử dụng hệ thống cống ở đê bao hiện hữu vào mục đích điều tiết lũ cực đoan chống thiên tai… Hay với vùng nước mặn bán đảo Cà Mau, giải pháp là phát triển hệ thống tuần hoàn nước mặn; chuyển đổi nuôi trồng thủy sản độc canh sang đa canh bền vững; cấm khai thác nước ngầm ở vùng ven biển; làm đê chắn sóng bảo vệ bờ…
Quy hoạch tài nguyên nước phải đảm bảo an ninh nguồn nước quốc gia 
Lấp sông Đồng Nai là vi phạm nghiêm trọng Luật Tài nguyên nước 
