Vụ việc đã được Thanh tra tỉnh Bình Định phát hiện sau một cuộc thanh tra. Theo đó, trong ba năm (2011-2013) hai huyện nêu trên đã chi sai 12,3 tỷ đồng do xác định không đúng đối tượng hưởng tiền phụ cấp thu hút, phụ cấp công tác lâu năm, trợ cấp lần đầu cho cán bộ, công chức xã và viên chức ngành Giáo dục tại các xã có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
Trong số đó huyện Phù Cát chi sai hơn 6,887 tỷ, huyện Phù Mỹ chi sai hơn 5,464 tỷ đồng. Sau khi có báo cáo kết quả thanh tra, Chủ tịch UBND tỉnh Bình Định đã yêu cầu UBND hai huyện Phù Mỹ và Phù Cát thu hồi toàn bộ số tiền chi sai