Theo Tờ trình của Bộ Tài chính, mục tiêu xây dựng Nghị định mới thay thế Nghị định 43 là tạo lộ trình xoá bỏ bao cấp Nhà nước qua giá, phí dịch vụ sự nghiệp công như hiện nay theo hướng tính đủ tiền lương, chi thường xuyên phù hợp với khả năng của ngân sách nhà nước và thu nhập của người dân.
Theo lộ trình nêu trong Dự thảo Nghị định mới, đến năm 2015, mức giá tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp; đến năm 2016, tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp và chi phí quản lý (chưa tính chi phí khấu hao tài sản cố định); đến năm 2018 mức giá tính đủ chi phí, tích lũy hợp lý. Đối với giá dịch vụ công không sử dụng ngân sách nhà nước thì đơn vị tự xác định theo nguyên tắc thị trường. Bộ trưởng Tài chính Đinh Tiến Dũng cho rằng trọng tâm thực hiện đổi mới cơ chế tài chính sự nghiệp công là xây dựng giá, phí dịch vụ sự nghiệp công theo nguyên tắc thị trường, đảm bảo sự cạnh tranh bình đẳng giữa các đơn vị sự nghiệp nói chung, đồng thời chấp nhận giải thể các đơn vị sự nghiệp công lập hoạt động không hiệu quả. Ý kiến Bộ Tài chính và một số Bộ, ngành nhất trí, những đơn vị sự nghiệp công lập đã đủ điều kiện tự chủ thực hiện nhiệm vụ, tài chính, tổ chức bộ máy, nhân sự có thể chuyển sang hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp, được Nhà nước đặt hàng cung cấp dịch vụ công theo giá tính đủ chi phí (có cả chi phí khấu hao tài sản).
Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh đưa ra yêu cầu đổi mới cơ chế tài chính đơn vị sự nghiệp công lập là để đảm bảo cung cấp dịch vụ công bằng, nâng cao chất lượng dịch vụ sự nghiệp công, sử dụng hiệu quả ngân sách Nhà nước. Về việc thiết kế Nghị định, cần theo hướng thúc đẩy hoạt động sự nghiệp nói chung, đồng thời tạo động lực cho đơn vị sự nghiệp công lập đổi mới hoạt động. Về chính sách cho hoạt động đổi mới đơn vị sự nghiệp công, trước mắt dự thảo Nghị định cần vận dụng tối đa các quy định hiện hành như cổ phần hoá, giải thể, hợp tác công tư trong cung cấp dịch vụ sự nghiệp công… Những chính sách nào chưa phù hợp với pháp luật hiện hành thì nghiên cứu, kiến nghị Chính phủ trình Quốc hội xem xét. Về giá, phí dịch vụ sự nghiệp công, tiến hành theo lộ trình đối với loại hình dịch vụ chưa đủ khả năng tính đầy đủ chi phí; tiến hành ngay đối với loại hình dịch vụ có thể tính đủ chi phí hay tính đủ cả tích luỹ hợp lý vào giá
