Quy trình này sẽ quyết định việc vận hành các hồ: Sơn La, Hòa Bình, Thác Bà, Tuyên Quang, Lai Châu, Bản Chát và Huội Quảng.
Theo đó, phương án vận hành liên hồ phải đảm bảo nhu cầu dùng nước tối thiểu cho hạ du, đồng thời đảm bảo tối ưu hiệu quả phát điện. Cụ thể, trong mùa cạn, tính từ ngày 16/9 đến ngày 14/6 năm sau, các hồ Thác Bà và Tuyên Quang vận hành xả nước với lưu lượng trung bình ngày không nhỏ hơn 280m3/s và 500m3/s.
Hằng ngày, hồ Hòa Bình căn cứ vào mực nước tại trạm thủy văn Hà Nội để vận hành điều tiết hồ nhằm bảo đảm duy trì liên tục mực nước tại trạm thủy văn Hà Nội không thấp hơn 2,2m.